microgenomics/Workshop-PUC

Repositorio para el taller de "Bioinformática: secuenciación masiva y genómica" realizado en la Universidad Católica (sede San Joaquín), Santiago, Chile. Dictado por el Dr. Eduardo Castro-Nallar, CBIB, Universidad Andres Bello. Mayo 2017

Microbial Genomics Lab

Eduardo Castro-Nallar - Sandro Valenzuela-Diaz - Katterinne Mendez

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Workshop-PUC

Bienvenidos al repositorio del taller teórico-práctico de Bioinformática: secuenciación masiva y genómica. Aquí encontrarán todo el material que necesitan para completar el taller.

Día 1:

• Teórico: Tecnologías de secuenciación masiva
• Práctico: Introducción a la Terminal y R.
  • Anexo: Commandos Básicos
  • Anexo: Instalación de Requisitos para Linux
  • Anexo: Instalación de Requisitos para Mac OS X

Día 2:

• Teórico: Fundamentos de ensamblaje de genomas, expresión génica. PDF
• Práctico: Preprocesamiento de datos propios, Control de calidad. Análisis básicos en R.

Día 3:

• Teórico: Fundamentos de técnicas de representación reducida del genoma (GBS, RADSeq, exome sequencing). PDF
• Práctico: Procesamiento de datos propios.:
• Práctico alternativo: Este es un práctico alternativo para los participantes interesados en análisis de datos de RNASeq. Pueden trabajar desde Windows sin problemas ya que se trabaja completamente desde la plataforma R, RStudio y Bioconductor. Les recomendamos comenzar desde la sección "Starting from SummarizedExperiment".

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