/Stage_2022

Mes scripts de mon stage volontaire à l'IBMP. / My scripts from my internship at IBMP. Theme : Analyse des données de séquençage d'A. thaliana. Mise en place d'un pipeline en python pour la détection des niveaux de méthylation. Analyse graphique des données sur R.

Primary LanguagePythonMIT LicenseMIT

Stage_2022

Mes scripts de mon stage volontaire à l'IBMP. / My scripts from my internship at IBMP.

Theme : Analyse des données de séquençage d'A. thaliana. Mise en place d'un pipeline en python pour la détection des niveaux de méthylation. Analyse graphique des données sur R.

Installation

conda create -n methylation python=3.9

pip3 install tqdm pandas pysam biopython

Description

Diagramme explicatif : https://drive.google.com/file/d/1euW_eSfDgnDULG62Csubbuf5YOSQ8eeX/view?usp=sharing

Uses argparse for arguments.

Exemple :

python3.9 pos.py --fasta /exemple/test/fasta.fasta --gff /exemple/test/genes_transposons.gff

python3.9 data.py --reference /exemple/test/ReferencePosC.txt --bismark /exemple/test/bismark.CX_report.txt --debug

Resultats

Pos.py : txt files

Data.py : txt files

Use the rmarkdown file to get graphs (the functions come from the R file). You can also get tables from the R file.