musicjae/GNN-StellarGraph

Graph NN with StellarGraph

Table of Contents

• Intro

• Embedding 모형

  • Node2Vec
  • Metapath2Vec
  • Attri2Vec
  • DGI(deep graph infomax)

• GCN기반 모형

  • GCN
  • RGCN
  • SGC
  • Cluster-GCN

• GraphSAGE 기반 모형

  • GraphSAGE
  • HinSAGE

• GAT기반 모형

  • Watch Your Step

• Comparison

  • Supervised

    • Dataset
    • Node Classification
    • Link Prediction

  • Unsupervised

    • Node Embedding

• Reference

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Intro

• GNN에 대해서 처음 접하면서 관련된 정보를 찾던 중 stellargraph라는 패키지를 알게되었습니다.
• 기본적인 구현이 생각보다 폭넓게 되어있다고 생각되어 관련논문을 읽고 어떻게 구현되어있는지를 알아보고자 하였습니다.
• 처음 접하는 만큼 논문을 읽으면서 완전히 깊이 이해하기 보다 큰그림을 이해하려고 하였습니다.
• 평가 및 비교는 실험데이터를 가지고 하였으며 각 모형마다 최적화는 하지 않았습니다.
  • 이로 인해 논문에서 주장한 결과와 상이하게 나올 수 있습니다.
• Cora 파일에 설명이 있고 나머지는 비교를 위한 파일들로 구성되어 있습니다.

stellargraph 사용법

• stellargraph 객체를 만드는 방법
• python API만 다루며 networkx관련하여는 추후 필요시 추가

python API

1. nodes, edges, features에 관한 dataframe을 준비

   • node와 feature는 한 dataframe에 표현 가능

     • 이 때 node는 feature의 인덱스칼럼이 됨

   • 여러 타입의 node/edge를 함께 사용할 수 있음(개별 dataframe으로 준비)

   • 이 때 edge의 column은 source와 target으로 분류(수정 가능)

# node
all_features = pd.read_table('../datasets/twitter/users_hate_all.content', 
                             header=None, index_col=0) # index칼럼이 node명이 됨

# edge
edges = pd.read_table('../datasets/twitter/users.edges', header=None, sep=' ')
edges.columns = ['source', 'target'] # should be follow this column name

2. stellargraph 객체 생성
   • node와 edge정보만 있으면 생성할 수 있음

import stellargraph as sg
G = sg.StellarGraph(edges=edges, nodes=all_features)

# 여러 노드 정보 활용가능
StellarGraph(nodes={"foo": foo_nodes, "bar": bar_nodes}, edges)

# 여러 edge정보와도 결합가능
StellarGraph(
            nodes={"foo": foo_nodes, "bar": bar_nodes},
            edges={"h": horizontal_edges, "v": vertical_edges, "d": diagonal_edges})

3. 추가적으로 생성시 directed 여부 등을 설정할 수 있음
   • directed그래프 지원 모델
     • GraphSAGE
     • GAT

Embedding 모형

• 임베딩 모형은 그래프 구조에서 노드와 노드사이의 관계를 어떻게 latent space로 매핑할지에 대해 다룹니다.
• 임베딩한 결과를 바탕으로 classification문제 등으로 확장할 수 있습니다.

Node2Vec

• 가장 처음 접한 GNN기반 임베딩모형입니다.
• 이웃 노드를 찾는 과정에서 DFS/BFS를 일반화하는 식을 만들어 탐색합니다.

Metapath2Vec

• heterogeneous networks를 다루기 위해 고안된 방법입니다.
• 서로 다른 타입(class)의 노드들이 있는 경우 활용합니다.

Attri2Vec

• 그래프의 구조뿐만 아니라 그 특성(attribute)까지 파악하여 임베딩하는 방법입니다.
• 이전의 결과들을 결합하여 성능을 향상시켰습니다.

DGI(deep graph infomax)

• 가장 최근에 나온 모형인 만큼 성능면에서 뛰어난 결과를 보여줬습니다.
• 구현 단계에서 bagging이나 boosting등에 활용과 비슷하여 새로웠습니다.

GCN기반 모형

• 보다 분석의 초점을 맞춘 모형들입니다.
• GCN의 개념이 처음 나오고 다양하게 변형되고 있는것 같습니다.
• 주요 목적으로는 node classification(NC), link prediction(lp)가 있습니다.

GCN

• 가장 기본적이고 처음 접한 모형입니다.
• spectral decomposition 방식으로 접근합니다.
• 초기 버전임에도 상당히 괜찮은 결과를 보여줍니다.
• 이 후 논문들은 이 모형을 기반으로 보완/발전해 나가는 모습을 보여줍니다.

RGCN

• 관계형 데이터의 그래프구조를 표현하기 위한 모형입니다.
• 그래프에서의 관계형 구조를 제대로 이해하지 못해 제대로 구현하지 못하였습니다.

SGC

• GCN의 simplify 버전입니다.
• GCN의 힘이 non-linear형식이 아니라 local-averaging으로 부터 온다고 가정하여 식을 간단히합니다.
• 계산량은 줄이면서 성능은 크게 떨어지지 않는 효과를 기대하며 사용합니다.

Cluster-GCN

• GCN방식을 clustering을 적용하여 이웃탐색 과정 없이 훈련하도록 디자합니다.
• 이로 인해 시간적/공간적으로 효율성을 높인다고 합니다.
• 그래프 clustering방식으로 하면 더 성능 향상을 볼 수 있는데 관련한 metis에 대해서 잘 알지 못하여 실험해보지 못하였습니다.

GraphSAGE 기반 모형

GraphSAGE

• GCN에서 영감을 받아 발전한 형태입니다.
• GCN의 transductive한 방식을 inductive한 방식으로 발전시켰습니다.
• 방향그래프에도 적용할 수 있습니다.

HinSAGE

• 패키지에서 구현한 변형 모형입니다.
• heterogeneous network에도 적용할 수 있도록 개량한 버전입니다.

GAT기반 모형

GAT

• attention 기술을 적용시켜 발전시킨 모형입니다.
• 행렬에 대한 decomposition을 하지 않기 때문에 상당히 빠르게 작동합니다.
• 마찬가지로 방향그래프에 사용할 수 있습니다.
• 활용도가 가장 높다고 생각합니다.

Watch Your Step

• 어텐션 매커니즘을 적용한 방식입니다.
• 임베딩을 위한 모형임에도 위의 이유로 GAT기반 모형에 분류하였습니다.
• 파라미터 선택에 민감한 것을 극복하고자 디자인되었습니다.

Comparison

Supervised

• Almost every method can be applied
• Parameter Setting:
  • layers = [32, 32]
  • activation = 'elu'
  • dropout = 0.5
• model specific parametrs are preserved

Dataset

관계형 자료나 복수의 type을 갖는 graph는 포함시키지 않음

• Cora
  • nodes: 2,708
  • edges: 5,278
• Twitter(local)
  • nodes: 100,386
  • edges: 2,194,979
• Citeseer
  • nodes: 3,312
  • edges: 4,715
• Pubmed
  • nodes: 19,717
  • edges: 44,338

Node Classification

• GCN의 성능이 상대적으로 높아서 놀라움
• 실험 세팅이 편향되지 않았나 추측함
• 속도면에서는 GAT모형이 상당히 빠르게 나타남

	Data	F1_micro	F1_macro
GCN	Cora	0.844	0.836
	Twitter	0.929	0.790
	CiteSeer	0.739	0.65
	PubMed	0.875	0.87
GraphSAGE	Cora	0.849	0.83
	Twitter	0.917	0.788
	CiteSeer	0.731	0.632
	PubMed	0.869	0.867
GAT	Cora	0.838	0.827
	Twitter	0.916	0.716
	CiteSeer	0.729	0.666
	PubMed	0.857	0.852
ClusterGCN	Cora	0.837	0.825
	Twitter	OOM	OOM
	CiteSeer	0.739	0.684
	PubMed	0.864	0.86

Link Prediction

	Data	F1_micro	F1_macro
GCN	Cora	0.711	0.697
GraphSAGE	Cora	0.691	0.681
GAT	Cora	0.731	0.718

Unsupervised

• A few methods can be applied:
  • having own embedding strategy

Node Embedding

• Every result is that of logistic regression after embedding

	Data	Fl_micro	F1_macro	NC_iteself
Node2Vec	Cora	0.818	0.808	0.236
- Word2Vec
WatchYourStep	Cora	0.7	0.688	0.754
DGI	Cora	0.845	0.831	0.300

Reference

[1] SEMI-SUPERVISED CLASSIFICATION WITH GRAPH CONVOLUTIONAL NETWORKS(GCN)

[2] Inductive Representation Learning on Large Graphs(GraphSAGE)

[3] node2vec: Scalable Feature Learning for Networks

[4] GRAPH ATTENTION NETWORKS

[5] Watch Your Step Learning Node Embeddings via Graph Attention

[6] metapath2vec: Scalable Representation Learning for Heterogeneous Networks

[7] Modeling Relational Data with Graph Convolutional Networks

[8] Simplifying Graph Convolutional Networks

[9] Cluster-GCN: An Efficient Algorithm for Training Deep and Large Graph Convolutional Networks

[10] Attributed Network Embedding via Subspace Discovery

[11] Deep Graph Infomax