/howto_fmriprep

Полный гид по обработке рестов в fmriprep

howto_fmriprep

Полный гид по обработке рестов в fmriprep

Этапы

  1. Организация папки с сырыми данными в BIDS формате
  2. Необходимые файлы для fmriprep
  3. Запуск скрипта fmriprep
  4. Денойзинг и экстракция временных рядов

1 Организация данных в BIDS

Я пробовала использовать какие-то утилиты, которые автоматически все переименовывают и организуют в соответствии с документацией BIDS, но их очень сложно заводить, они постоянно на что-то ругаются. Вот тут есть много ссылок на них.

Поэтому оптимальный вариант, как мне кажется, привести папку с датасетом в минимальный а-ля BIDS вид, чтобы fmriprep (и другие штуки, использующие BIDS) не ругались. Для этого я переименовываю все папки и файлы как показано в примерах BIDS. Сделать универсальный код пока не дошли руки, делаю все каждый раз заново.

Главное для resting state fMRI:

  1. Для каждого человека своя папка, название которой начинается с sub-N, где N - совершенно любой идентификатор
  2. Внутри папки человека еще 2 папки: anat и func
  3. В папке anat структурный файл с названием sub-N_T1w.nii
  4. В папке func функциональные 4d файлы sub-N_task-rest_run-1_bold.nii (не уверена, будет ли работать с кучей 3d файлов вместо одного, потому что во всех примерах один файл на каждый ран). Здесь нужно обратить внимание на то, что есть в названии.

2 Необходимые файлы

3 Запуск скрипта

fmriprep доступен как приложение внутри докер-контейнера.

Пример bash скрипта для запуска докера с fmriprep на сервере:

docker run -i --rm \
    -v /data/path:/data:ro \ 
    -v /data/path/derivatives:/out \
    -v /another/path/work:/work \
    -v /home/path:/license \
    nipreps/fmriprep \
    /data /out participant \
    --participant-label sub-18604 sub-49401 sub-33259 \
    --nthreads 32 --fs-license-file /license/license.txt \
    --skull-strip-t1w skip --fs-no-reconall --skip-bids-validation \
    --work-dir /work