/echo-3D-sample

A PyTorch implementation for training 3D-CNN models for cardiac echocardiography.

Primary LanguageJupyter Notebook

生データの配置

まずは生データを配置する必要があります. normal 群の avi ファイルを data/raw/normal に配置 abnormal 群の avi ファイルを data/raw/abnormal に配置

データの resize と FileList.csv の作成

続いて,配置した生データを resize して,さらに train/valid/test の FileList を作成します. data/FileList_Maker.ipynb をの前半部分は,生データを 112x112px に resize し, data/videos/original に保存 後半部分は FileList.csv を作成して保存

データオーグメンテーション

data/data_augmentation.ipynb でデータオーグメンテーション を行います. 使用するライブラリ vidaug を別途インストールする必要があります.手順がちょっとややこしいのですが,コード内にインストール方法を記載しています.

スタンフォードのR2+1Dの学習済みの重み

wget https://github.com/douyang/EchoNetDynamic/releases/download/v1.0.0/r2plus1d_18_32_2_pretrained.pt

学習

train.ipynb で学習を行います.