difficult installing tombo on mac os Monterey; python version important
mikeds211 opened this issue · 2 comments
mikeds211 commented
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As an exercise, I found installation using conda on a macbook air (early 2015) with Mojave operating system was fine. The only issue was one flagged after using the plot command on files generated with this tool, which recommended the solution:
export KMP_DUPLICATE_LIB_OK=true
That allowed subsequent use of that command. Since a macbook air is not sufficiently robust to handle large datasets, what I wanted to do was install on an iMac, and that is where the problems began (see part 4 for what worked for me) -
Installation on an iMac (Retina 5K, 27-inch, 2019) running Monterey (12.5.1) there was some difficulty in installing this program. In previous posts on installation problems it was suggested to try using strict channel priority, which I did.
The result using conda with strict channel priority failed with:
%conda install -c bioconda ont-tombo
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: /
Found conflicts! Looking for incompatible packages.
This can take several minutes. Press CTRL-C to abort.
failed
UnsatisfiableError: The following specifications were found
to be incompatible with the existing python installation in your environment:
Specifications:
- ont-tombo -> python[version='2.7.*|3.5.*|3.6.*|>=2.7,<2.8.0a0|>=3.6,<3.7.0a0|>=3.7,<3.8.0a0|>=3.5,<3.6.0a0']
Your python: python=3.9
If python is on the left-most side of the chain, that's the version you've asked for.
When python appears to the right, that indicates that the thing on the left is somehow
not available for the python version you are constrained to. Note that conda will not
change your python version to a different minor version unless you explicitly specify
that.
Note that strict channel priority may have removed packages required for satisfiability.
- Since strict channel priority failed, I tried using flexible channel priority.
% conda config --set channel_priority false
Then, in my tombo environment I tried to install tombo, and it hung for at least 40 minutes, after which I cancelled it:
(tombo) % conda install -c bioconda ont-tombo
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: -
[At this point it hangs for at least 40 min, using 100% cpu for python3.9. I quit the installation here.]
- Since the previous error indicated a problem with python, and my macbook air was OK on python 3.6.10, I tried setting a specific python version within my tombo environment. This also hung for a while at the same spot as above but eventually asked for multiple installations, and finally installed tombo. Which worked.
% conda create --name tombo python=3.6.10
% conda activate tombo
% conda install -c bioconda ont-tombo
Collecting package metadata (current_repodata.json): done
Solving environment: failed with initial frozen solve. Retrying with flexible solve.
Solving environment: failed with repodata from current_repodata.json, will retry with next repodata source.
Collecting package metadata (repodata.json): done
Solving environment: done
## Package Plan ##
environment location: /Users/*****/miniconda3/envs/tombo
added / updated specs:
- ont-tombo
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
_r-mutex-1.0.1 | anacondar_1 3 KB conda-forge
backports-1.0 | py_2 4 KB conda-forge
backports.zoneinfo-0.2.1 | py36hfa26744_3 45 KB conda-forge
bwidget-1.9.14 | h694c41f_1 119 KB conda-forge
cached-property-1.5.2 | hd8ed1ab_1 4 KB conda-forge
cached_property-1.5.2 | pyha770c72_1 11 KB conda-forge
cairo-1.16.0 | he8db5a5_1006 1.3 MB conda-forge
cctools_osx-64-973.0.1 | h2b95895_10 1.9 MB conda-forge
clang-14.0.4 | h694c41f_0 126 KB conda-forge
clang-14-14.0.4 |default_h55ffa42_0 971 KB conda-forge
clang_osx-64-14.0.4 | h3a95cd4_2 16 KB conda-forge
clangxx-14.0.4 |default_h55ffa42_0 126 KB conda-forge
clangxx_osx-64-14.0.4 | he1dbc44_2 16 KB conda-forge
compiler-rt-14.0.4 | h7fcd477_0 83 KB conda-forge
compiler-rt_osx-64-14.0.4 | h6df654d_0 15.0 MB conda-forge
curl-7.71.1 | hbdca1c0_1 133 KB conda-forge
fontconfig-2.13.1 | h10f422b_1005 271 KB conda-forge
freetype-2.12.1 | h3f81eb7_0 915 KB conda-forge
fribidi-1.0.10 | hbcb3906_0 64 KB conda-forge
future-0.18.2 | py36h79c6626_3 714 KB conda-forge
gettext-0.19.8.1 | haf92f58_1004 3.2 MB conda-forge
gfortran_impl_osx-64-9.5.0 | h2221f41_25 18.6 MB conda-forge
gfortran_osx-64-9.5.0 | h18f7dce_0 23 KB conda-forge
gmp-6.2.1 | h2e338ed_0 774 KB conda-forge
graphite2-1.3.13 | h2e338ed_1001 85 KB conda-forge
gsl-2.6 | h71c5fe9_2 3.0 MB conda-forge
h5py-3.1.0 |nompi_py36h9252a2b_100 1.1 MB conda-forge
harfbuzz-2.7.2 | h73e2de6_1 1.6 MB conda-forge
hdf5-1.10.6 |nompi_hc5d9132_1114 3.1 MB conda-forge
icu-67.1 | hb1e8313_0 12.6 MB conda-forge
isl-0.22.1 | hb1e8313_2 790 KB conda-forge
jinja2-3.0.3 | pyhd8ed1ab_0 99 KB conda-forge
jpeg-9e | hac89ed1_2 260 KB conda-forge
krb5-1.17.2 | h60d9502_0 1.2 MB conda-forge
ld64_osx-64-609 | h1e06c2b_10 1.5 MB conda-forge
libblas-3.9.0 |16_osx64_openblas 13 KB conda-forge
libcblas-3.9.0 |16_osx64_openblas 13 KB conda-forge
libclang-cpp14-14.0.4 |default_h55ffa42_0 14.2 MB conda-forge
libcurl-7.71.1 | he6690cf_1 295 KB conda-forge
libedit-3.1.20191231 | h0678c8f_2 103 KB conda-forge
libgfortran-5.0.0 |10_4_0_h97931a8_25 146 KB conda-forge
libgfortran-devel_osx-64-9.5.0| hc2d6858_25 461 KB conda-forge
libgfortran5-11.3.0 | h082f757_25 1.9 MB conda-forge
libglib-2.66.3 | h2575888_0 2.8 MB conda-forge
libiconv-1.16 | haf1e3a3_0 1.3 MB conda-forge
liblapack-3.9.0 |16_osx64_openblas 13 KB conda-forge
libllvm14-14.0.4 | h41df66c_0 26.8 MB conda-forge
libopenblas-0.3.21 |openmp_h429af6e_3 9.6 MB conda-forge
libpng-1.6.37 | h5481273_4 312 KB conda-forge
libssh2-1.10.0 | h7535e13_3 222 KB conda-forge
libtiff-4.2.0 | h1167814_3 592 KB conda-forge
libwebp-base-1.2.4 | h775f41a_0 385 KB conda-forge
libxml2-2.9.10 | h2c6e4a5_2 1.2 MB conda-forge
llvm-tools-14.0.4 | h41df66c_0 13.1 MB conda-forge
make-4.3 | h22f3db7_1 249 KB conda-forge
mappy-2.24 | py36h57c6881_1 152 KB bioconda
markupsafe-2.0.1 | py36hfa26744_0 21 KB conda-forge
mpc-1.2.1 | hbb51d92_0 103 KB conda-forge
mpfr-4.1.0 | h0f52abe_1 400 KB conda-forge
numpy-1.19.5 | py36h08b5fde_2 5.0 MB conda-forge
ont-tombo-1.5.1 |py36r36h290ccbe_2 616 KB bioconda
pango-1.42.4 | ha86e081_5 526 KB conda-forge
pcre-8.45 | he49afe7_0 220 KB conda-forge
pixman-0.40.0 | hbcb3906_0 615 KB conda-forge
r-assertthat-0.2.1 | r36h6115d3f_2 70 KB conda-forge
r-backports-1.2.1 | r36h28b5c78_0 96 KB conda-forge
r-base-3.6.3 | h280a0cc_4 22.9 MB conda-forge
r-bit-4.0.4 | r36h28b5c78_0 623 KB conda-forge
r-bit64-4.0.5 | r36h28b5c78_0 515 KB conda-forge
r-blob-1.2.1 | r36h6115d3f_1 63 KB conda-forge
r-cachem-1.0.5 | r36h28b5c78_0 71 KB conda-forge
r-cli-2.5.0 | r36hc72bb7e_0 533 KB conda-forge
r-colorspace-2.0_1 | r36h28b5c78_0 2.5 MB conda-forge
r-crayon-1.4.1 | r36hc72bb7e_0 145 KB conda-forge
r-dbi-1.1.1 | r36hc72bb7e_0 643 KB conda-forge
r-dbplyr-2.1.1 | r36hc72bb7e_0 821 KB conda-forge
r-desc-1.3.0 | r36hc72bb7e_0 547 KB conda-forge
r-digest-0.6.27 | r36h9951f98_0 204 KB conda-forge
r-dplyr-1.0.6 | r36h9951f98_1 1.1 MB conda-forge
r-ellipsis-0.3.2 | r36h28b5c78_0 40 KB conda-forge
r-evaluate-0.14 | r36h6115d3f_2 81 KB conda-forge
r-fansi-0.4.2 | r36h28b5c78_0 187 KB conda-forge
r-farver-2.1.0 | r36h9951f98_0 1.4 MB conda-forge
r-fastmap-1.1.0 | r36h9951f98_0 68 KB conda-forge
r-generics-0.1.0 | r36hc72bb7e_0 83 KB conda-forge
r-ggplot2-3.3.3 | r36hc72bb7e_0 4.0 MB conda-forge
r-glue-1.4.2 | r36h066c5db_0 139 KB conda-forge
r-gridextra-2.3 | r36h6115d3f_1003 1.0 MB conda-forge
r-gtable-0.3.0 | r36h6115d3f_3 423 KB conda-forge
r-isoband-0.2.4 | r36h9951f98_0 2.2 MB conda-forge
r-labeling-0.4.2 | r36h142f84f_0 67 KB conda-forge
r-lattice-0.20_44 | r36h28b5c78_0 1.1 MB conda-forge
r-lifecycle-1.0.0 | r36hc72bb7e_0 97 KB conda-forge
r-magrittr-2.0.1 | r36h066c5db_1 209 KB conda-forge
r-mass-7.3_54 | r36h28b5c78_0 1.1 MB conda-forge
r-matrix-1.3_3 | r36hc2c5f09_0 3.9 MB conda-forge
r-memoise-2.0.0 | r36hc72bb7e_0 56 KB conda-forge
r-mgcv-1.8_35 | r36hc2c5f09_0 3.0 MB conda-forge
r-munsell-0.5.0 | r36h6115d3f_1003 246 KB conda-forge
r-nlme-3.1_152 | r36h59bb11e_0 2.3 MB conda-forge
r-pillar-1.6.1 | r36hc72bb7e_0 970 KB conda-forge
r-pkgconfig-2.0.3 | r36h6115d3f_1 24 KB conda-forge
r-pkgload-1.2.1 | r36h9951f98_0 169 KB conda-forge
r-plogr-0.2.0 | r36h6115d3f_1003 19 KB conda-forge
r-praise-1.0.0 | r36h6115d3f_1004 23 KB conda-forge
r-purrr-0.3.4 | r36h28b5c78_1 408 KB conda-forge
r-r6-2.5.0 | r36hc72bb7e_0 89 KB conda-forge
r-rcolorbrewer-1.1_2 | r36h6115d3f_1003 59 KB conda-forge
r-rcpp-1.0.6 | r36h815b84a_0 2.0 MB conda-forge
r-rlang-0.4.11 | r36h28b5c78_0 1.1 MB conda-forge
r-rprojroot-2.0.2 | r36hc72bb7e_0 110 KB conda-forge
r-rsqlite-2.2.5 | r36h9951f98_0 1.2 MB conda-forge
r-rstudioapi-0.13 | r36hc72bb7e_0 281 KB conda-forge
r-scales-1.1.1 | r36h6115d3f_0 558 KB conda-forge
r-testthat-2.3.2 | r36hc5da6b9_1 1.1 MB conda-forge
r-tibble-3.1.2 | r36h28b5c78_0 733 KB conda-forge
r-tidyselect-1.1.1 | r36hbe3e9c8_0 195 KB conda-forge
r-utf8-1.2.1 | r36h28b5c78_0 157 KB conda-forge
r-vctrs-0.3.8 | r36h28b5c78_1 1.0 MB conda-forge
r-viridislite-0.4.0 | r36hc72bb7e_0 1.3 MB conda-forge
r-withr-2.4.2 | r36hc72bb7e_0 220 KB conda-forge
rpy2-2.9.4 |py36r36hfc83f80_3 276 KB conda-forge
scipy-1.5.3 | py36h4f136de_1 16.9 MB conda-forge
sigtool-0.1.3 | h57ddcff_0 209 KB conda-forge
simplegeneric-0.8.1 | py_1 7 KB conda-forge
tapi-1100.0.11 | h9ce4665_0 196 KB conda-forge
tktable-2.10 | h49f0cf7_3 79 KB conda-forge
tqdm-4.7.2 | py36_0 55 KB bioconda
tzlocal-3.0 | py36h79c6626_2 27 KB conda-forge
zstd-1.5.2 | hfa58983_4 470 KB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 233.3 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
_r-mutex conda-forge/noarch::_r-mutex-1.0.1-anacondar_1
backports conda-forge/noarch::backports-1.0-py_2
backports.zoneinfo conda-forge/osx-64::backports.zoneinfo-0.2.1-py36hfa26744_3
bwidget conda-forge/osx-64::bwidget-1.9.14-h694c41f_1
bzip2 conda-forge/osx-64::bzip2-1.0.8-h0d85af4_4
cached-property conda-forge/noarch::cached-property-1.5.2-hd8ed1ab_1
cached_property conda-forge/noarch::cached_property-1.5.2-pyha770c72_1
cairo conda-forge/osx-64::cairo-1.16.0-he8db5a5_1006
cctools_osx-64 conda-forge/osx-64::cctools_osx-64-973.0.1-h2b95895_10
clang conda-forge/osx-64::clang-14.0.4-h694c41f_0
clang-14 conda-forge/osx-64::clang-14-14.0.4-default_h55ffa42_0
clang_osx-64 conda-forge/osx-64::clang_osx-64-14.0.4-h3a95cd4_2
clangxx conda-forge/osx-64::clangxx-14.0.4-default_h55ffa42_0
clangxx_osx-64 conda-forge/osx-64::clangxx_osx-64-14.0.4-he1dbc44_2
compiler-rt conda-forge/osx-64::compiler-rt-14.0.4-h7fcd477_0
compiler-rt_osx-64 conda-forge/noarch::compiler-rt_osx-64-14.0.4-h6df654d_0
curl conda-forge/osx-64::curl-7.71.1-hbdca1c0_1
fontconfig conda-forge/osx-64::fontconfig-2.13.1-h10f422b_1005
freetype conda-forge/osx-64::freetype-2.12.1-h3f81eb7_0
fribidi conda-forge/osx-64::fribidi-1.0.10-hbcb3906_0
future conda-forge/osx-64::future-0.18.2-py36h79c6626_3
gettext conda-forge/osx-64::gettext-0.19.8.1-haf92f58_1004
gfortran_impl_osx~ conda-forge/osx-64::gfortran_impl_osx-64-9.5.0-h2221f41_25
gfortran_osx-64 conda-forge/osx-64::gfortran_osx-64-9.5.0-h18f7dce_0
gmp conda-forge/osx-64::gmp-6.2.1-h2e338ed_0
graphite2 conda-forge/osx-64::graphite2-1.3.13-h2e338ed_1001
gsl conda-forge/osx-64::gsl-2.6-h71c5fe9_2
h5py conda-forge/osx-64::h5py-3.1.0-nompi_py36h9252a2b_100
harfbuzz conda-forge/osx-64::harfbuzz-2.7.2-h73e2de6_1
hdf5 conda-forge/osx-64::hdf5-1.10.6-nompi_hc5d9132_1114
icu conda-forge/osx-64::icu-67.1-hb1e8313_0
isl conda-forge/osx-64::isl-0.22.1-hb1e8313_2
jinja2 conda-forge/noarch::jinja2-3.0.3-pyhd8ed1ab_0
jpeg conda-forge/osx-64::jpeg-9e-hac89ed1_2
krb5 conda-forge/osx-64::krb5-1.17.2-h60d9502_0
ld64_osx-64 conda-forge/osx-64::ld64_osx-64-609-h1e06c2b_10
libblas conda-forge/osx-64::libblas-3.9.0-16_osx64_openblas
libcblas conda-forge/osx-64::libcblas-3.9.0-16_osx64_openblas
libclang-cpp14 conda-forge/osx-64::libclang-cpp14-14.0.4-default_h55ffa42_0
libcurl conda-forge/osx-64::libcurl-7.71.1-he6690cf_1
libedit conda-forge/osx-64::libedit-3.1.20191231-h0678c8f_2
libgfortran conda-forge/osx-64::libgfortran-5.0.0-10_4_0_h97931a8_25
libgfortran-devel~ conda-forge/noarch::libgfortran-devel_osx-64-9.5.0-hc2d6858_25
libgfortran5 conda-forge/osx-64::libgfortran5-11.3.0-h082f757_25
libglib conda-forge/osx-64::libglib-2.66.3-h2575888_0
libiconv conda-forge/osx-64::libiconv-1.16-haf1e3a3_0
liblapack conda-forge/osx-64::liblapack-3.9.0-16_osx64_openblas
libllvm14 conda-forge/osx-64::libllvm14-14.0.4-h41df66c_0
libopenblas conda-forge/osx-64::libopenblas-0.3.21-openmp_h429af6e_3
libpng conda-forge/osx-64::libpng-1.6.37-h5481273_4
libssh2 conda-forge/osx-64::libssh2-1.10.0-h7535e13_3
libtiff conda-forge/osx-64::libtiff-4.2.0-h1167814_3
libwebp-base conda-forge/osx-64::libwebp-base-1.2.4-h775f41a_0
libxml2 conda-forge/osx-64::libxml2-2.9.10-h2c6e4a5_2
llvm-openmp conda-forge/osx-64::llvm-openmp-14.0.4-ha654fa7_0
llvm-tools conda-forge/osx-64::llvm-tools-14.0.4-h41df66c_0
make conda-forge/osx-64::make-4.3-h22f3db7_1
mappy bioconda/osx-64::mappy-2.24-py36h57c6881_1
markupsafe conda-forge/osx-64::markupsafe-2.0.1-py36hfa26744_0
mpc conda-forge/osx-64::mpc-1.2.1-hbb51d92_0
mpfr conda-forge/osx-64::mpfr-4.1.0-h0f52abe_1
numpy conda-forge/osx-64::numpy-1.19.5-py36h08b5fde_2
ont-tombo bioconda/osx-64::ont-tombo-1.5.1-py36r36h290ccbe_2
pango conda-forge/osx-64::pango-1.42.4-ha86e081_5
pcre conda-forge/osx-64::pcre-8.45-he49afe7_0
pixman conda-forge/osx-64::pixman-0.40.0-hbcb3906_0
pyfaidx bioconda/noarch::pyfaidx-0.7.0-pyh5e36f6f_0
r-assertthat conda-forge/noarch::r-assertthat-0.2.1-r36h6115d3f_2
r-backports conda-forge/osx-64::r-backports-1.2.1-r36h28b5c78_0
r-base conda-forge/osx-64::r-base-3.6.3-h280a0cc_4
r-bit conda-forge/osx-64::r-bit-4.0.4-r36h28b5c78_0
r-bit64 conda-forge/osx-64::r-bit64-4.0.5-r36h28b5c78_0
r-blob conda-forge/noarch::r-blob-1.2.1-r36h6115d3f_1
r-cachem conda-forge/osx-64::r-cachem-1.0.5-r36h28b5c78_0
r-cli conda-forge/noarch::r-cli-2.5.0-r36hc72bb7e_0
r-colorspace conda-forge/osx-64::r-colorspace-2.0_1-r36h28b5c78_0
r-crayon conda-forge/noarch::r-crayon-1.4.1-r36hc72bb7e_0
r-dbi conda-forge/noarch::r-dbi-1.1.1-r36hc72bb7e_0
r-dbplyr conda-forge/noarch::r-dbplyr-2.1.1-r36hc72bb7e_0
r-desc conda-forge/noarch::r-desc-1.3.0-r36hc72bb7e_0
r-digest conda-forge/osx-64::r-digest-0.6.27-r36h9951f98_0
r-dplyr conda-forge/osx-64::r-dplyr-1.0.6-r36h9951f98_1
r-ellipsis conda-forge/osx-64::r-ellipsis-0.3.2-r36h28b5c78_0
r-evaluate conda-forge/noarch::r-evaluate-0.14-r36h6115d3f_2
r-fansi conda-forge/osx-64::r-fansi-0.4.2-r36h28b5c78_0
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Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
Retrieving notices: ...working... done
(tombo) ~ %
When I tested the presence of tombo, it responded correctly. All looks good.
(tombo) @ ~ % tombo --help
usage: tombo [-h] [-v]
{resquiggle,preprocess,filter,detect_modifications,text_output,build_model,plot}
...
********** Tombo *********
Tombo is a suite of tools primarily for the identification of modified nucleotides from nanopore sequencing data.
Tombo also provides tools for the analysis and visualization of raw nanopore signal.
Tombo command groups (additional help available within each command group):
resquiggle Re-annotate raw signal with genomic alignment from existing basecalls.
preprocess Pre-process nanopore reads for Tombo processing.
filter Apply filter to Tombo index file for specified criterion.
detect_modifications Perform statistical testing to detect non-standard nucleotides.
text_output Output Tombo results in text files.
build_model Create canonical and alternative base Tombo models.
plot Save plots to visualize raw nanopore signal or testing results.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version show Tombo version and exit.
Lucas-Servi commented
I could finally install it using python=3.5
Adding this to documentation would be great!
Thanks
sarah872 commented
This was the only way I could install tombo:
conda create --prefix conda_tombo python=3.6.10 -y
conda activate conda_tombo
conda install mamba -c conda-forge -y
mamba install -c bioconda ont-tombo -y