volledige namen van functies

[rvosa]

De code in Niche_Overlap.Rmd laadt nu ongeveer twintig packages:

trait-geo-diverse-ungulates/script/Niche_Overlap.Rmd

Lines 16 to 37 in 2b3edbf

	library(raster, quietly = T)
	library(knitr, quietly = T)
	library(maxent, quietly = T)
	library(maps, quietly = T)
	library(rJava, quietly = T)
	library(maptools, quietly = T)
	library(jsonlite, quietly = T)
	library(caret, quietly = T)
	library(ENMeval, quietly = T)
	library(repmis, quietly = T)
	library(CoordinateCleaner, quietly = T)
	library(dismo, quietly = T)
	library(virtualspecies, quietly = T)
	library(sp, quietly = T)
	library(rgeos, quietly = T)
	library(ape, quietly = T)
	library(adehabitatMA, quietly = T)
	library(ade4, quietly = T)
	library(raster, quietly = T)
	library(SDMTools, quietly = T)
	library(factoextra, quietly = T)
	library(ecospat, quietly = T)

1. Zijn die allemaal nodig? Het is nu moeilijk te begrijpen wat we daadwerkelijk gebruiken.
2. Als ze inderdaad nodig zijn dan zou het handig zijn als we de volledige namen van de functies die we aanroepen in die packages gaan gebruiken.

Om een voorbeeld te geven: er zijn meerdere packages die een maxent functie hebben (dismo::maxent() en maxent::maxent()). Welke we nu aanroepen is afhankelijk van de volgorde waarin we packages laden, wat een nogal riskante vorm van action at a distance is.

Het is dus beter om expliciet aan te geven welke functie we aanroepen: dat maakt de code begrijpelijker en voorkomt bugs die puur komen door veranderingen in de volgorde waarin we packages laden.