Bespreken donderdag
Closed this issue · 1 comments
Ik heb een aantal punten die voor mij nog niet helemaal duidelijk zijn. Misschien kunnen we die donderdag bespreken:
-
Hoe gaan we de OMI gebruiken --> nu gebruiken we alleen maar de tabel met de genormaliseerde waarden, maar mischien kunnen we de OMI ook nog plotten als contmap.
-
Zullen we dit weekend meteen alles op 5 min runnen? dan zijn dat meteen de goede resultaten.
-
In de results staat een clustering grafiek. Is die normale verdeling gemaakt over de volledige dataset of alleen over de domesticates? Of kan je in deze grafiek zien dat de APD voor domesticates kleiner (dus die rode streep) is dan die van de rest van de dataset.
-
Gaan we ook een mantel test doen tussen onze boom en een echte phylogenetic trees?
-
waar komen de phylogenetic trees vandaan?
-
In het script niche traits bij het kopje r domestication haal je of de standardized.averages.csv op of je maakt er zelf een maar dat zijn de gemiddelden?
-
In het script niche traits bij het kopje r phylo wordt een phylogenetic tree ingeladen en dan wordt er steeds een voorspellingsmodel gemaakt met verschillende abiotic variabelen? en het model met de laagste AIC is het beste in het voorspellen van domesticates gebaseerd op een x aantal variabelen? Ik snap hier eigenlijk ook niet waarom dit op de phylogenetic tree wordt gedaan en waarom niet gewoon op een dataframe met daarbij domesticate of wild?
-
In het script niche traits bij het kopje r filter wordt gekeken of er nog andere niet gedomesticeerde soorten binnen de gedomesticeerde kenmerken vallen?
-
afspraak maken met erica voor mid term gesprek en eindgesprek
We zouden dus als resultaten kunnen laten zien
- De dendrogram op basis van schoeners D
- tabel met gemiddelde traits per soort
- grafiek met de afwijking van APD (average pairwise distance) ten opzichte van de rest
- een model waarin een voorspelling wordt gedaan op de phylogenetic tree en welke variabelen daar belangrijk voor zijn
- plots met de belangrijke variabelen op de dendogram geplot