HSE Bioinformatics Minor 2021-2022 HW-3: Gene expression
Ссылка на Google Colab: часть 1 (Python)
Ссылка на Google Colab: часть 2 (R)
Статистика из MultiQC:
Таблица со статистикой по образцам
| ID образца | Тип образца | Общее кол-во исходных чтений | Кол-во и процент чтений, которые были успешно откартированы на геном | Кол-во и процент уникально откартированных чтений | Общее кол-во чтений, которые попали на гены |
|---|---|---|---|---|---|
| SRR3414635 | control | 20956475 | 20395865 (97.32%) | 18428317 (87.94%) | 16275997 |
| SRR3414636 | control | 20307147 | 19757059 (97.29%) | 17825380 (87.78%) | 15757580 |
| SRR3414637 | control | 20385570 | 19847291 (97.36%) | 17844858 (87.54%) | 15736978 |
| SRR3414629 | reprogramming | 21106089 | 20510113 (97.18%) | 18375888 (87.06%) | 16049609 |
| SRR3414630 | reprogramming | 15244711 | 14832680 (97.30%) | 13186139 (86.50%) | 11465324 |
| SRR3414631 | reprogramming | 24244069 | 23547686 (97.13%) | 20928945 (86.33%) | 18408851 |
MA plot
Тепловые карты
Для нескольких генов, которые наиболее значимо поменяли свою экспрессию -- графики со значениями "Normalized counts" в контрольных и перепрограммированных образцах
