nkrivoshchapov/l2_scripts

Скрипты для расчетов на Ломоносове-2

1. Сборка программ на C++:

mpicxx prog.cpp -o prog.exe
mpicxx prog_bug.cpp -o prog_bug.exe

2. Положите папку с гауссианом по адресу l2_scripts/g16sse

3. Скопируйте всю директорию на сетевой диск и перейдите туда:

cp -R . ~/_scratch/my_calculations
cd ~/_scratch/my_calculations

4. Создать папку с инпут-файлами и куда надо сохранять логи:

mkdir inputfiles; cd inputfiles
scp *gjf lomonosov2:~/_scratch/my_calculations/inputfiles/ # На своем компьютере

5. Создать файл со списком расчетов do_calc.dat:

for i in *gjf
do
echo inputfiles/$i >> do_calc.dat
done
mv do_calc.dat ~/_scratch/my_calculations/inputfiles/

6. Поправить файл calc.sh. Впишите правильное число нодов в строку #SBATCH -N 5 и, если не хотите, чтобы каждый нод делал больше одного расчета, то поменяйте в последней строке ./prog_bug.exe на ./prog.exe. ПОСТАВЬТЕ РАЗДЕЛ compute, ЛИМИТ 7 ДНЕЙ И ПУТЬ #SBATCH -D /mnt/scratch/users/kostya_2100/my_calculations

7. Запустите расчет командой sbatch calc.sh.