Для работы вам понадобится несколько библиотек и инструментов. Установить на ubuntu их можно следующей командой:
sudo apt install nasm binutils gcc gdb cmake libgmp-dev
Для всех дз кроме asm советуется использовать какое-либо ide (CLion подойдёт), понимающее структуру проекта из CMakeLists.txt
В репозитории должны находиться только исходные файлы, т.е. никаких артефактов сборки и бинарных файлов. .gitignore как-то разумно настроен для данного репозитория, но мы всегда открыты к предложениям.
В некоторых дз есть отдельные README, содержащие специфичные для них указания. Настоятельно рекомендуется прочитать их все прежде чем приступать к сдаче/выполнению дз.