sspcloud-demo

An R demo project for datalab.sspcloud.fr.

Environment setup

create an RStudio service
log in with the following credentials:
- user: rstudio
- password: your services password (you can find it on this page https://datalab.sspcloud.fr/mon-compte)

in RStudio, clone and open this project

git2r::clone("https://github.com/RLesur/sspcloud-demo.git", "sspcloud-demo")
rstudioapi::openProject("sspcloud-demo")

install the dependencies declared in the DESCRIPTION file
you should declare your dependencies in the DESCRIPTION file!
```
remotes::install_deps()
```

Utilisation du système de stockage

Cheatsheet

Trouver le nom de son bucket personnel

Chaque utilisateur du SSP Cloud dispose d'un espace de stockage personnel sur le système de stockage du SSP Cloud. Ces espaces de stockage s'appellent des buckets.

Pour trouver le nom de son espace personnel de stockage, on peut se rendre sur la page https://datalab.sspcloud.fr/mes-fichiers. On trouve alors le nom de son bucket personnel.

Télécharger un fichier

aws.s3::save_object(object, bucket, region = "")

Uploader un fichier

aws.s3::put_object(file, object, bucket, region = "")

Exemple #1 : uploader un rapport R Markdown

Le fichier s3.Rmd présente les commandes de base pour gérer ses fichiers cloud

générer le rapport

# Modifier le bucket ci-dessous (renseignez votre bucket)
bucket <- "f7sggu"

rmarkdown::render("s3.Rmd", params = list(bucket = bucket), output_dir = "out")

uploader le rapport
```
source("_upload.R")
```

Exemple #2 : Travailler avec des données stockées sur MinIO

Un exemple minimal est présent dans le fichier datasaurus.R :

les données du datasaurus sont publiquement disponibles à cettre adresse https://minio.lab.sspcloud.fr/f7sggu/sspcloud-demo/data/datasaurus.csv
on construit un graphique ggplot qu'on sauvegarde en png et qu'on uploade sur MinIO

Pour exécuter ce pipeline :

source("datasaurus.R")