This repo uses GNU stow to manage dotfiles. Each top-level directory represents an application, and any files in it will be symlinked to the root of your home directory. So, rather than placing config files in your home directory, place them in ~/dotfiles instead, and then stow some-app-name will symlink them.
The easy way to install the files is:
sudo apt-get install stow && \
git clone ssh://git@github.com/onelesd/dotfiles.git ~/dotfiles && \
stow *
├── README.md
├── emacs
│ ├── .spacemacs
│ └── .spacemacs.env
├── git
│ ├── .gitconfig
│ └── .gitignore
├── hammerspoon
│ └── .hammerspoon
│ └── init.lua
├── i3
│ ├── .compton.conf
│ ├── .config
│ │ ├── akregatorrc
│ │ ├── albert
│ │ │ ├── albert.conf
│ │ │ ├── core.db
│ │ │ ├── last_used_version
│ │ │ ├── org.albert.extension.snippets
│ │ │ │ └── snippets.db
│ │ │ ├── org.albert.extension.websearch
│ │ │ │ └── engines.json
│ │ │ └── org.albert.frontend.qmlboxmodel
│ │ │ └── style_properties.ini
│ │ ├── autostart
│ │ │ ├── org.gnome.Calendar.desktop
│ │ │ └── psensor.desktop
│ │ ├── autostart-scripts
│ │ ├── baloofilerc
│ │ ├── bluedevilglobalrc
│ │ ├── breezerc
│ │ ├── bumblebee-status
│ │ ├── clipit
│ │ │ └── clipitrc
│ │ ├── configstore
│ │ │ ├── nodemon.json
│ │ │ ├── update-notifier-nodemon.json
│ │ │ └── update-notifier-npm.json
│ │ ├── dconf
│ │ │ └── user
│ │ ├── dunst
│ │ │ ├── dunstrc
│ │ │ └── reload
│ │ ├── emaildefaults
│ │ ├── enchant
│ │ │ ├── en_US.dic
│ │ │ └── en_US.exc
│ │ ├── eog
│ │ ├── evolution
│ │ │ └── sources
│ │ │ ├── 49caed1b3e6f98548957a9f02d586a00b472f9f3.source
│ │ │ ├── 8301b9555020a12ea014d7ba0af2a5c950dddbc1.source
│ │ │ ├── 8f6d412811e1c164cf63968f89d719f53618c907.source
│ │ │ ├── birthdays.source
│ │ │ ├── dc461be2b23a6994e679e658cb329774071d3de4.source
│ │ │ ├── system-calendar.source
│ │ │ └── system-proxy.source
│ │ ├── fontconfig
│ │ │ └── fonts.conf
│ │ ├── geary
│ │ │ ├── goa_account_1553029840_0
│ │ │ │ └── geary.ini
│ │ │ └── goa_account_1553030094_0
│ │ │ └── geary.ini
│ │ ├── gedit
│ │ │ └── accels
│ │ ├── gnome-control-center
│ │ │ └── backgrounds
│ │ │ ├── last-edited-lock.xml
│ │ │ └── last-edited.xml
│ │ ├── gnome-gmail
│ │ │ └── gnome-gmail.conf
│ │ ├── gnome-initial-setup-done
│ │ ├── gnome-session
│ │ │ └── saved-session
│ │ ├── goa-1.0
│ │ │ └── accounts.conf
│ │ ├── gtk-2.0
│ │ │ └── gtkfilechooser.ini
│ │ ├── gtk-3.0
│ │ │ ├── bookmarks
│ │ │ └── settings.ini
│ │ ├── gtk-4.0
│ │ │ └── settings.ini
│ │ ├── gtkrc
│ │ ├── gtkrc-2.0
│ │ ├── htop
│ │ │ └── htoprc
│ │ ├── i3
│ │ │ └── config
│ │ ├── ibus
│ │ │ └── bus
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-unix-0
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-unix-1
│ │ │ ├── ff3330224ac80051c64766385cbd2e79-unix-0
│ │ │ └── ff3330224ac80051c64766385cbd2e79-unix-1
│ │ ├── kaccessrc
│ │ ├── kactivitymanagerdrc
│ │ ├── kactivitymanagerd-statsrc
│ │ ├── kateschemarc
│ │ ├── kcmfonts
│ │ ├── kcminputrc
│ │ ├── kconf_updaterc
│ │ ├── kded5rc
│ │ ├── kded_device_automounterrc
│ │ ├── kdeglobals
│ │ ├── kfontinstuirc
│ │ ├── kgammarc
│ │ ├── kglobalshortcutsrc
│ │ ├── khotkeysrc
│ │ ├── kmixrc
│ │ ├── knotifyrc
│ │ ├── krunnerrc
│ │ ├── kscreenlockerrc
│ │ ├── ksmserverrc
│ │ ├── ksplashrc
│ │ ├── ktimezonedrc
│ │ ├── kupfer
│ │ ├── kwalletmanager5rc
│ │ ├── kwalletrc
│ │ ├── kwinrc
│ │ ├── kwinrulesrc
│ │ ├── kxkbrc
│ │ ├── libfm
│ │ │ └── libfm.conf
│ │ ├── libinput-gestures.conf
│ │ ├── mimeapps.list
│ │ ├── monitors.xml
│ │ ├── mono.addins
│ │ │ ├── addin-db-001
│ │ │ │ ├── addin-data
│ │ │ │ │ └── 1
│ │ │ │ │ ├── DefaultEffects,1.6.maddin
│ │ │ │ │ ├── DefaultTools,1.6.maddin
│ │ │ │ │ └── Pinta,1.6.maddin
│ │ │ │ ├── addin-dir-data
│ │ │ │ │ └── usr_lib_pinta_d4a7042e.data
│ │ │ │ ├── fdb-lock
│ │ │ │ ├── fdb-update-lock
│ │ │ │ ├── host-index
│ │ │ │ └── hosts
│ │ │ │ └── Pinta.addins
│ │ │ ├── addins-setup.config
│ │ │ └── repository-cache
│ │ ├── nautilus
│ │ │ ├── desktop-metadata
│ │ │ └── search-metadata
│ │ ├── neofetch
│ │ │ ├── config.conf
│ │ │ └── neofetch
│ │ │ └── config.conf
│ │ ├── nvim
│ │ │ ├── init.vim
│ │ │ ├── .netrwhist
│ │ │ └── plugs
│ │ │ ├── Colorizer
│ │ │ ├── gruvbox
│ │ │ ├── indentpython.vim
│ │ │ ├── nerdtree
│ │ │ ├── SimpylFold
│ │ │ ├── syntastic
│ │ │ ├── tmuxline.vim
│ │ │ ├── vim-airline
│ │ │ ├── vim-airline-themes
│ │ │ ├── vim-flake8
│ │ │ ├── vim-fugitive
│ │ │ ├── vim-hyperstyle
│ │ │ └── YouCompleteMe
│ │ ├── pcmanfm
│ │ │ └── default
│ │ │ └── pcmanfm.conf
│ │ ├── Pinta
│ │ │ ├── layouts.xml
│ │ │ ├── palette.txt
│ │ │ └── settings.xml
│ │ ├── plasma-localerc
│ │ ├── plasma-org.kde.plasma.desktop-appletsrc
│ │ ├── plasmarc
│ │ ├── plasmashellrc
│ │ ├── plasma-workspace
│ │ │ ├── env
│ │ │ └── shutdown
│ │ ├── polybar
│ │ │ ├── config
│ │ │ └── launch.sh
│ │ ├── powerdevilrc
│ │ ├── powermanagementprofilesrc
│ │ ├── procps
│ │ ├── pulse
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-card-database.tdb
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-default-sink
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-default-source
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-device-manager.tdb
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-device-volumes.tdb
│ │ │ ├── 5bc8dde65c340f2fa5336d425c9159aa-stream-volumes.tdb
│ │ │ ├── cookie
│ │ │ ├── ff3330224ac80051c64766385cbd2e79-card-database.tdb
│ │ │ ├── ff3330224ac80051c64766385cbd2e79-default-sink
│ │ │ ├── ff3330224ac80051c64766385cbd2e79-default-source
│ │ │ ├── ff3330224ac80051c64766385cbd2e79-device-volumes.tdb
│ │ │ └── ff3330224ac80051c64766385cbd2e79-stream-volumes.tdb
│ │ ├── ranger
│ │ ├── rofi
│ │ │ └── config
│ │ ├── session
│ │ │ └── kwin_1014111213799000155570937000000063020004_1555711744_133899
│ │ ├── startupconfig
│ │ ├── startupconfigfiles
│ │ ├── startupconfigkeys
│ │ ├── s-tui
│ │ │ └── hooks.d
│ │ ├── systemsettingsrc
│ │ ├── terminator
│ │ │ ├── config
│ │ │ └── plugins
│ │ │ ├── terminator-themes.py
│ │ │ └── terminator-themes.pyc
│ │ ├── Thunar
│ │ │ ├── accels.scm
│ │ │ └── uca.xml
│ │ ├── tilix
│ │ │ └── schemes
│ │ │ └── Dracula.json
│ │ ├── totem
│ │ │ └── state.ini
│ │ ├── touchpadrc
│ │ ├── Trolltech.conf
│ │ ├── ukuu.json
│ │ ├── ukuu-notify.sh
│ │ ├── ulauncher
│ │ │ ├── extensions.json
│ │ │ ├── settings.json
│ │ │ └── shortcuts.json
│ │ ├── Unknown Organization
│ │ │ └── zoom.conf
│ │ ├── user-dirs.dirs
│ │ ├── user-dirs.locale
│ │ ├── vlc
│ │ │ ├── vlc-qt-interface.conf
│ │ │ └── vlcrc
│ │ ├── xfce4
│ │ │ └── xfconf
│ │ │ └── xfce-perchannel-xml
│ │ │ └── thunar.xml
│ │ ├── Zeal
│ │ │ └── Zeal.conf
│ │ └── zoomus.conf
│ ├── .local
│ │ └── bin
│ │ ├── barista
│ │ ├── chrome
│ │ ├── dpi.pl
│ │ ├── i3exit
│ │ ├── monitors.sh
│ │ ├── natural_scrolling.sh
│ │ └── xbanish
│ ├── .screenlayout
│ │ └── oc_originate_office.sh
│ └── .Xresources
├── tmux
│ └── .tmux.conf
├── vim
│ └── .vimrc
└── zsh
└── .zshrc