日本バイオロギング研究会会報No.126号に掲載された解析Tips「Rでトラッキングデータをいじる」に用いたサンプルコード集です。Sample codes for handling tracking data on R. Original article was posted in the JSBLS newsletter No. 126.
バイオロギング研究会会報記事「Rでトラッキングコードをいじる」を作成するにあたり、テスト用に作成したトラッキングコードの生成からggplot2を使った移動軌跡の描画、海洋環境データの読み込みと作図、統計解析用のコード等を記載しています。 このリポジトリに含まれている各Rコードの説明は以下の通り。
- maketrackingdata.r -----トラッキングデータ生成及び描画
- readSST.r -----NOAAのAVHRR-OIからSSTをダウンロードし、ヒートマップ及びコンター図を作成
- extractSST.r -----maketrackingdata.rとreadSST.rで作成した水温データを組み合わせて、移動軌跡上の水温データを抽出して比較
- kerneldens.r -----カーネル密度を地図上に描画
各自でダウンロードし、お手持ちのデータに合わせて改変してご利用ください。 右上の緑ボタン「Clone or download」を押し「Download ZIP」をクリックすると 全ファイルがZIPファイルでダウンロードされます。gitを使ってる人は適宜cloneしてください。 利用にあたってはR base以外に追加パッケージ"plyr", "dplyr", "ggplot2", "R.utils", "raster", "maps", "marmap"が必要です(Rのコンソール上でinstall.packages("パッケージ名")でインストール)。またRのコンソール上で直接AVHRR-OIからSSTをダウンロードするには、Windowsの場合 "wget for Windows"などのツールのインストールおよび設定(参照http://assimane.blog.so-net.ne.jp/2013-01-21)が必要となりますのであらかじめご留意くださいませ(Macは不要…のはず)。
その他不明点はotthii80s(Gmail)までご連絡ください。