Module GeoNature permettant de proposer un tableau de bord contenant plusieurs graphiques et cartes basés sur les données présentes dans la synthèse de GeoNature.
Développé par Elsa Guilley, stagiaire au Parc national des Ecrins en 2019.
Démo vidéo : https://geonature.fr/docs/img/2019-09-GN-dashboard-0.1.0.gif
Fonctionnalités :
- Nombre d'observations et de taxons par année
- Nombre d'observations et de taxons par zonage (communes, mailles...)
- Répartition des observations par rang taxonomique
- Nombre d'observations par cadre d'acquisition par année
- Taxons recontactés, non recontactés et nouveaux par année
- Filtres divers sur chaque élément
Présentation :
- Rapport de stage de Elsa Guilley : https://geonature.fr/documents/2019-09-rapport-stage-Elsa-Guilley-Dashboard-Validation.pdf
- Présentation de soutenance de stage de Elsa Guilley : https://geonature.fr/documents/2019-09-soutenance-stage-Elsa-Guilley-Dashboard-Validation.pptx
- Installez GeoNature (https://github.com/PnX-SI/GeoNature)
- Téléchargez la dernière version stable du module
(
wget https://github.com/PnX-SI/gn_module_dashboard/archive/X.Y.Z.zip
ou en cliquant sur le bouton GitHub "Clone or download" de cette page) dans/home/myuser/
- Dézippez la dans
/home/myuser/
(unzip X.Y.Z.zip
) - Renommer le répertoire
mv gn_module_dashboard-X.Y.Z gn_module_dashboard
- Placez-vous dans le répertoire
backend
de GeoNature et lancez les commandessource venv/bin/activate
puisgeonature install-packaged-gn-module <chemin_vers_le_module> <module_code>
pour installer le module (exemplegeonature install-packaged-gn-module ~/gn_module_dashboard DASHBOARD
) - Complétez la configuration du module dans le fichier
config/conf_gn_module.toml
à partir des paramètres présents dansconfig/conf_gn_module.toml.example
, dont vous pouvez surcoucher les valeurs par défaut. Relancez la mise à jour de la configuration depuis le répertoiregeonature/backend
avec les commandessource venv/bin/activate
puisgeonature update_module_configuration DASHBOARD
- Vous pouvez sortir du venv en lançant la commande
deactivate
- Relancez GeoNature et rebuilder le front
sudo systemctl restart geonature
cd geonature/frontend
nvm use
npm run build
Un certain nombre de paramètres permettent de customiser le module en
modifiant le fichier conf/conf_gn_module.toml
(vous pouvez vous
inspirer du fichier conf_gn_module.toml.example
qui liste l'ensemble
des paramètres disponibles et leurs valeurs par défaut) :
- Paramétrage du niveau de simplification des zonages sur la carte
"Synthèse par entité géographique" :
SIMPLIFY_LEVEL
. Passer un nombre entier : plus cet entier est grand et plus la simplification est importante. Ce paramètre est nécessaire pour alléger le temps d'affichage des zonages. - Paramétrage des zonages affichables sur la carte "Synthèse par
entité géographique" :
AREA_TYPE
. Passer un tableau detype_code
(tableref_geo.bib_areas_types
). La première valeur de ce tableau sera la valeur utilisée par défaut pour le graphique de synthèse par entité géographique. - Paramétrage du nombre de classes sur la carte "Synthèse par entité
géographique" :
NB_CLASS_OBS
(mode 'nombre d'observations') etNB_CLASS_TAX
(mode 'nombre de taxons'). - Paramétrage de l'affichage des graphiques du dashboard :
DISPLAY_XXXX_GRAPH
. Renseigner 'true' pour afficher le graphique en question et 'false' pour le masquer. - Paramétrage par défaut du graphique "Synthèse par entité
géographique" du dashboard :
DISPLAY_NBOBS_LEGEND_BY_DEFAULT_IN_GEO_GRAPH
Renseigner 'true' si vous souhaitez afficher par défault les observations, 'false' si vous souhaitez les taxons
Dans un souci de performance, des vues matérialisées ont été mises en place. Elles sont renseignées lors de l'installation du module. Il est nécessaire de rafraichir régulièrement ces vues matérialisées. Pour cela vous pouvez mettre en place un CRON pour l'automatisation de cette tâche.
Ouvrez le fichier /etc/cron/geonature
s’il est existant, sinon créez le. Renseignez le commande geonature dashboard refresh-vm
.
0 0 * * 0 <UTLIATEUR LINUX GEONATURE> <CHEMIN_VERS_GEONATURE>/backend/venv/bin/geonature dashboard geonature dashboard refresh-vm chiro
Exemple (exécuté tous les dimanches à 00h00):
0 0 * * 0 geonatadmin /home/geonatadmin/backend/venv/bin/geonature geonature dashboard refresh-vm chiro
Cette commande peut être effectuée à tout moment depuis l’environnement virtuel de GeoNature :
source backend/venv/bin/activate
Lancer la commande :
geonature dashboard refresh-vm
Cette commande utilise notamment la requête SQL suivante :
SELECT gn_dashboard.refresh_materialized_view_data();
-
Téléchargez la nouvelle version du module
wget https://github.com/PnX-SI/gn_module_dashboard/archive/X.Y.Z.zip unzip X.Y.Z.zip rm X.Y.Z.zip
-
Renommez l'ancien et le nouveau répertoire
mv /home/`whoami`/gn_module_dashboard /home/`whoami`/gn_module_dashboard_old mv /home/`whoami`/gn_module_dashboard-X.Y.Z /home/`whoami`/gn_module_dashboard
-
Rapatriez le fichiers de configuration
cp /home/`whoami`/gn_module_dashboard_old/config/conf_gn_module.toml /home/`whoami`/gn_module_dashboard/config/conf_gn_module.toml
-
Réinstaller les librairies et relancer la compilation en mettant à jour la configuration
cd /home/`whoami`/geonature/frontend npm install /home/`whoami`/gn_module_dashboard/frontend cd /home/`whoami`/geonature/backend source venv/bin/activate pip install -e ~/gn_module_dashboard/ geonature update_module_configuration DASHBOARD sudo systemctl restart geonature cd ~/geonature/frontend nvm use npm run build
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