Bioinformatika 1 laboratorinis darbas

Aprašykite, kaip skaičiavote atstumo funkciją:

Atstumui skaičiuoti pasirinkau Euklido atstumo formulę, kuri tarp taškų A ir B, esančių tiesėje, apibrėžia kvadratinę šaknį iš jų X koordinačių skirtumų kvadrato:

d (A, B) = √ ((XB - XA) ^ 2)

Šis apibrėžimas garantuoja, kad: atstumas tarp dviejų taškų visada yra teigiamas dydis. Ir kad atstumas tarp A ir B yra lygus atstumui tarp B ir A.

Kokie medžiai gavosi su kodonais ir dikodonais:

Medžiai gavosi praktiškai identiški, labai sunku įžvelgti kažkokius esminius skirtumus. (Nuotraukų negaliu įkelti, nes kai ruošiau atsakaitą negaliu pasiekti puslapio, atnaujinsiu, jei pradės veikti puslapis)

Ar skiriasi kodonų ir dikodonų dažnis tarp žinduolių ir bakterijų virusų, kaip klasterizuojasi virusai. Gal kažkuris virusas labai išsiskyrė? Kokie kodonai/dikodonai labiausiai varijuoja?

Nagrinėjant rezultatus (pridėta nuotrauka) - galime teigti, kad žinduolių ir batkerijų virusų tiek kodonų, tiek dikodonų dažnis yra labai skirtingas. Akivaizdžiai galime teigti, kad tas dažnis buvo kur kas didesnis bakteriniuose virusuose nei kad žinduolių. Na, o žvelgiant į medžius - pastebim, kad virusai klasterizjuoasi į tokias grupes:

  • B1, B3, B4
  • M1, M2, B2

Labiausiai išsiskyrė - M3

image