/gwas

Genome wide association study with CUDA

Primary LanguageCuda

GWAS - genome wide association study.

Format danych wejsciowych (liczby oddzielone spacja w kazdej lini) pierwsza linia: num_objects num_vars result_size a_priori opisujaca kolejno liczbe obiektow, liczbe zmiennych

druga linia: num_vars zmiennych decyzyjnych (0 lub 1)

kolejne num_vars lini (numerowanych od i=0 do num_vars) zawiera: num_objects zmiennych opisowych (0, 1 lub 2) (numerowanych od j=0 do num_objects) gdzie zmienna opisowa var_ij opisuje zmienna dla wartosci opisowej numer i oraz obiektu numer j.

Aby odpalic testy nalezy uzyc komendy ./test.sh. Mozliwe jest ze beda male roznice, spowodowane losowym wygenerowaniem mniejszej liczby wartosci (poprzez obliczenie thresholdu) lub male zamienienie kilku wartosci spowodowane bledem precyzji.