新しい環境でcloneしてきた場合は
$ ./dev_init.sh
ってすると、適当にgit submodule updateとか、シンボリックリンクとか貼られる。
その環境独自の設定とかを加える場合はブランチを切って、そこで管理する。
$ git checkout -b `hostname`
基本は.vim/bundle/以下にぶち込めばいい。gitリポジトリがあるプラグインなら
$ git submodule add https://github.com/scrooloose/nerdtree .vim/bundle/nerdtree
とかしてsubmoduleとして管理する。