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Simple Processing mutation position viewer

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MutationsViewer

Simple Processing mutation position viewer

Pequeño visor que muestra la posición de una o más mutaciones dentro de los cromosomas humanos. Para ello, hace uso de 2 ficheros:

  • cytCoor.tsv: Contiene la información relativa a las citobandas dentro de los cromosomas. Las coordenadas, según el orden de aparición son el cromosoma, el brazo (p o q), el identificador de la citobanda y el par de bases en el que empieza y acaba cada una.

  • muts.tsv: Lisado de mutaciones a representar. Compuesto por dos columnas. La primera es el cromosoma en el que está situada la mutación, y la segunda la posición de la base mutada.

La salida puede ser mostrada de dos formas, en función del valor de la variable pdfOrScreen. En el caso de que el valor sea false, el resultado se mostrará por pantalla. En caso contrario se creará un archivo pdf con el resultado, denominado como result.pdf.

Para poder ejecutarlo en Processing, es necesario que estos tres ficheros estén situados dentro de una carpeta que se denomine igual que el fichero .pde.