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Modelagem da epidemia de covid-19

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Modelagem Covid-19 - IM/UFRJ - Período 2020/1

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Notas sobre modelagem matemática da epidemia de Covid-19.

Ricardo M. S. Rosa.

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Observações

  • As notas de aula estão dispostas na forma de uma coleção de cadernos Jupyter e estão disponíveis no subdiretório contentes/notebooks. As notas serão escritas e disponibilizadas ao longo do curso/projeto.

  • Há uma Página Inicial exibindo a coleção de cadernos de forma estruturada, com links para cada caderno.

  • Os anexos (imagens, dados) estão em no subdiretório contents/input.

  • Alguns artigos relevantes em contents/bibliography

  • Uma biblioteca python com códigos para a simulação de epidemia usando variados modelos está sendo elaborada no subdiretório contents/episiming.

  • Um servidor Jupyter Hub próprio para o curso está disponível em Jupyter Hub ModCovid19, onde cada aluno terá uma conta e todo o ambiente computacional necessário para a execução dos notebooks.

  • O servidor Jupyter Hub ModCovid19 foi instalado em uma instância da Amazon EC2 (Amazon Elastic Compute Cloud), do tipo t2.micro, com apenas 1 vCPU, 1Gb RAM, 8Gb SSD. Não é muito, mas serve para uma primeira experiência e serve para a execução dos trabalhos a serem entregues via nbgrader. Mas, para uso geral, recomendamos uma máquina local ou uma das outras nuvens de computação (Binder, Google Colab, Kaggle, por exemplo).

  • Cada aluno deverá enviar, para o email do professor, o seu nome, sobrenome, email e o nome de usuário que deseja ter no Jupyter Hub ModCovid19.

  • Ao longo do período, é esperado que os alunos modifiquem os cadernos existentes e criem os seus próprios cadernos para resolver os exercícios, os testes e escrever os trabalhos/mini-projetos e o projeto final.

  • Todo o conteúdo do repositório pode ser baixado para uma máquina local através do botão Clone or Download da página inicial rmsrosa/modcovid19 e escolhendo a opção Download ZIP.

  • Cada caderno também pode ser baixado individualmente para uma máquina local clicando-se no ícone Raw. O conteúdo que aparecer no navegador é um arquivo fonte de cadernos jupyter, com a extensão ".ipynb".

  • As alterações nos cadernos deste repositório e a criação de novos cadernos podem ser feitas localmente, em máquinas com o Python versão 3.8 e os devidos pacotes devidamente instalados.

  • A lista dos pacotes python necessários para a execução do conjunto de cadernos aparece no arquivo requirements.txt. Esse arquivo não é apenas uma referência, ele é necessário caso deseja-se acessar o notebook no Binder, mas para isso o repositório deve estar com acesso público.

Licença

Os textos neste repositório estão disponíveis sob a licença CC-BY-NC-ND license. Mais informações sobre essa licença em Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0.

Os códigos neste repositório, nos blocos de código dos jupyter notebooks, estão disponíveis sob a licença GNU-GPL. Mais informações sobre essa licença em GNU GENERAL PUBLIC LICENSE Version 3.