This repository is for Utilities on Illumina sequencing.
check_sheet.pl
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SampleSheetが定められた書式で書かれているかを確認します。
＜確認していること＞
(1) カラム数 :10
(2) ヘッダ行のカラム名
(3) Lane番号：1-8
(4) FCID : ランディレクトリ名の中の要素と一致している。
(5) SampleID、SampleProject にspaceと下記の使用不許可文字と全角文字が含まれていないこと。
? ( ) [ ] / \ = + < > : ; " ' , * ^ | & .
※使用不許可文字の詳細はCASAVAのマニュアルの「Illegal Characters」の項をご参照ください。
(6) Index：A or C or G or T
(7) Lane内でindexが重複していないこと。
(8) シート全体で行の重複がないこと。
＜コマンド＞
./check_sheet.pl <run_dir_name> <path_to_SampleSheet>
run_dir_name : ランディレクトリ名
path_to_SampleSheet : SampleSheetファイルへのパス（絶対／相対パスどちらでも可）
例）150817_D00001_0033_B11111ACXX のSampleSheetを確認する
./check_sheet.pl 150817_D00001_0033_B11111ACXX SampleSheet.csv