See detail in Flep_seq2_polya_analysis.ipynb.
Or you can view the html file via the link : https://htmlpreview.github.io/?https://github.com/ZhaiLab-SUSTech/flep_seq2_polya_analysis/blob/main/Flep_seq2_polya_analysis.html.
Files:
├── Flep_seq2_polya_analysis.ipynb
├── mRNA_median_length
│ ├── seedling.polya_length.txt
│ ├── seedling_rep1.polya_length.txt
│ ├── seedling_rep2.polya_length.txt
│ └── ...
├── orthofinder
│ ├── ath__v__maize.tsv
│ ├── ath__v__rice.tsv
│ ├── ath__v__soybean.tsv
│ ├── rice__v__maize.tsv
│ ├── soybean__v__maize.tsv
│ └── soybean__v__rice.tsv
├── alternative_spliced_isoform
│ ├── ath
│ │ ├── isoform.bed
│ │ ├── isoform.info.txt
│ │ └── isoform_polya_length_stat.txt
│ └── ...
├── bugv
├── genome_bed
│ ├── ath.bed
│ ├── maize.bed
│ ├── rice.bed
│ └── soybean.bed
├── read_info
│ ├── seedling_rep1.info.txt.gz
│ ├── seedling_rep2.info.txt.gz
│ └── ...
├── bam
│ ├── seedling_rep1.bam
│ ├── seedling_rep1.bam.bai
│ ├── seedling_rep2.bam
│ ├── seedling_rep2.bam.bai
│ └── ...
└── tmp_gene_bam