Importer le depot gtdrift_template
git clone https://github.com/simonpenel/gtdrift_template.git
Aller dans le repertoire gtdrift_template/pipeline/scripts/analyses
cd gtdrift_template/pipeline/scripts/analyses
Moifier le fichier environment_path.json : remplacer 'my_directory' par le repertoire dans lequel se trouve gtdrift_template
Aller dans le repertoire collecting_genome_annotation et lancer snakemake
cd collecting_genome_annotation
snakemake collect_everything --configfile config.json --cores 1
Aller dans le repertoire frêre prdm9_protein_analysi et lancer snakemake
cd ../prdm9_protein_analysis/
snakemake -s process_stats_prdm9.smk --cores 1
Tester la config necessaire: dans chaque repertoire de "analyses" le script "testconf.sh" permet de tester si les programmes, utilitaires et modules nécessaires sont installés.