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bde-ml

分子の結合解離エネルギー（BDE）を予測する回帰モデルを作成するプログラムおよび実行環境

回帰モデルについて

• 分子の構造をSMILES形式で与えることで、結合のBDEを予測する。
• 精密に計算すると数時間かかるBDEを瞬時に予測できる。
• C, N, H, Oのみを含む分子が対象。
• BDEを予測できるのは、「単結合」かつ「環状構造に含まれない結合」

解析の流れ

解析の流れと.ipynbのコメントを参照。

実行手順

1. 実行環境を起動する。

   docker compose up

2. ブラウザでhttp://localhost:8888/labにアクセス。

3. 0_create_training_data.ipynb, 1_training.ipynb, 2_use_trained_model.ipynbの順で実行。
   ※ 0_create_training_data.ipynbの実行には非常に時間がかかる。
   ※ 順に実行しなくても動作する。1から実行したり、2のみ実行しても動作する。

参考

• 結合解離エネルギーデータ
  https://doi.org/10.6084/m9.figshare.10248932
  St. John, P.C., Guan, Y., Kim, Y. et al. Prediction of organic homolytic bond dissociation enthalpies at near chemical accuracy with sub-second computational cost. Nat Commun 11, 2328 (2020). https://doi.org/10.1038/s41467-020-16201-z
• 特徴量化プログラム
  http://sourceforge.net/projects/unlpredict
  Qu, X., Latino, D.A. & Aires-de-Sousa, J. A big data approach to the ultra-fast prediction of DFT-calculated bond energies. J Cheminform 5, 34 (2013). https://doi.org/10.1186/1758-2946-5-34