上游分析见：https://mp.weixin.qq.com/s/L_jpPh7TrGc-cU7EPnYhXw
最先在生信技能树有过一些教程：
我们技能树的学习者为这个项目专门在单细胞天地公众号有非常详细的教程：
- 单细胞实战(一)数据下载
- 单细胞实战(二) cell ranger使用前注意事项
- 单细胞实战(三) Cell Ranger使用初探
- 单细胞实战(四) Cell Ranger流程概览
- 单细胞实战(五) 理解cellranger count的结果
- �服务器准备（16核心64G）
- 下载软件和数据库文件
- 下载文章的sra数据
- 把sra文件转换为fastq文件并介绍
- 根据cellRanger说明书对fastq改名
- 跑cellRanger的count步骤
下游分析主要是R代码，这里简要介绍。
一一介绍如下：
- Output_2018-03-12 文件夹是文章附件数据，作者提供的
- figures是文章里面需要重现的图表
- output是我们代码出图后集中存放
- seurat-v2和seurat-v3是使用不同版本的Seurat包对Output_2018-03-12 文件夹文章数据走标准流程得到的细胞分群结果
本视频课程内容下游分析内容目录是：
- 使用seurat包进行细胞分群（计算量消耗大）
- 根据marker对细胞亚群命名
- 使用monocle包进行差异分析
- 查看指定基因表达量
- 是否一定要使用R包，以及3大R包的异同