Как работать с кодом этого сайта

Дорогие коллабораторы, этот сайт построен с помощью RMarkdown. Подробнее можно прочитать здесь http://rmarkdown.rstudio.com/rmarkdown_websites.html

Презентации сделаны в формате ioslides.

Удобнее всего работать с проектом RStudio glmintro.Rproj

git pull

Нас много, поэтому перед началом работы --- git pull

После того, как поработали (сделали несколько локальных коммитов) --- git pull

И только потом уже (возможно, после разрешения конфликтов слияния) --- git push

Особенности форматирования презентаций.

Старайтесь давать имена чанкам с графиками. После этого в директории ваша_презентация_files не будут появляться лишние дубли графиков при изменени порядка чанков.

Не нужно без крайней необходимости уменьшать текст при помощи .smaller. Шрифты итак очень мелкие --- будет не видно, если экран в аудитории небольшой. Если что-то не помещается, лучше разбить на несколько слайдов.

При двухколоночной верстке избегайте формул в колонках, т.к. в браузере Chrome пропадает большинство элементов. Формулы можно помещать до начала двухколоночного <div class="columns-2"><\div>

При двухколоночной верстке размещайте иллюстрации слева, иначе в браузере Chrome не происходит разделения на две колонки.

Обновление ioslides презентации --- из командной строки

Если кодировка файла совпадает с кодировкой системы

rmarkdown::render("02_filename.Rmd", output_format = "ioslides_presentation")

Если кодировка исходного файла другая --- указываем правильную

rmarkdown::render("02_filename.Rmd", output_format = "ioslides_presentation", encoding = "Windows-1251")

# или

rmarkdown::render("02_filename.Rmd", output_format = "ioslides_presentation", encoding = "Utf-8")

Генерация кода для студентов из Rmd--- из командной строки

Отметьте ненужные студентам чанки опцией purl=FALSE
Экстрагируйте код из файла. Весь обычный текст будет закомментирован. ВНИМАНИЕ: пока нам не лень, код помечаем словом code после номера и названия занятия: у многих студентов скрыты расширения файлов.

purl("02_filename.Rmd", documentation = 2, output = "02_filename_code.R")

Удалите вручную ненужный текст, решения задач. Оставьте только необходимые заголовки.
Проверьте, есть ли ссылка на файл с кодом в файле lectures.Rmd.
Закомитьте (и запушьте, если надо) изменения

Обновление простой html-страницы --- из командной строки

rmarkdown::render_site("filename.Rmd")

Если кодировка исходного файла не совпадает с кодировкой системы --- указываем его правильную кодировку

rmarkdown::render_site("filename.Rmd", encoding = "Windows-1251")

# или

rmarkdown::render_site("filename.Rmd", encoding = "Utf-8")

Обновление сайта целиком

через интерфейс RStudio --- на вкладке Build
из командной строки rmarkdown::render_site()

Осторожно! Это может не сработать, т.к. у нас есть файлы в разных кодировках. Лучше обновлять постранично.

Публикация сайта

Сайт располагается на github pages. Чтобы изменения появились на сайте, достаточно запушить свои коммиты в бренч master

git push origin master

varmara/glmintro