Class project for BME205.
Probility of K-mers modeled with Markovian(2). The program reads FASTA files from stdin and output to stdout.
Example output:
sequence: reverse count Expect Zscore
AAAATTTA:TAAATTTT 835 1737.66 -21.66
GATTAATA:TATTAATC 550 1326.89 -21.33
AATTAATA:TATTAATT 929 1839.72 -21.24
AATTAATC:GATTAATT 977 1861.79 -20.51
ATAATTAA:TTAATTAT 1033 1926.49 -20.36
GAAATTTA:TAAATTTC 378 1031.07 -20.34
CCGATCGC:GCGATCGG 1323 2284.74 -20.12
GCGATCGA:TCGATCGC 1221 2121.78 -19.56
ACGATCGC:GCGATCGT 1188 2035.31 -18.78
GTTTAAAA:TTTTAAAC 519 1151.17 -18.63
AAATATTA:TAATATTT 738 1444.79 -18.60
AAAATTTG:CAAATTTT 857 1591.95 -18.42
CATTAATC:GATTAATG 479 1037.49 -17.34
ATATATAA:TTATATAT 271 736.19 -17.15
ATTTAAAG:CTTTAAAT 419 941.16 -17.02
AAATATTG:CAATATTT 687 1287.74 -16.74
CAAATTTA:TAAATTTG 670 1265.24 -16.74
CTTTAAAC:GTTTAAAG 468 995.13 -16.71