Este minitaller sobre pan-genómica y filogenómica microbiana lo imparto cada semestre en el Centro de Ciencias Genómicas - UNAM para alumnos de licenciatura, maestría y doctorado de la Universidad Autómoma del Estado de Morelos (UAEM) y de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM).
- 1a. Febrero-Marzo 2017
- 2a. Octubre-Noviembre 2017
- 3a. Febrero-Marzo 2018
- 4a. Octubre-Noviembre 2018
- 5a. Febrero-Marzo 2019
Es a partir de la segunda edición que distribuyo públicamente el matrial didáctico asociado a través de este respositorio GitHub.
Este material didáctico lo distribuyo bajo la Licencia No Comercial Creative Commons 4.0
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0
Si tienes instalado git en tu computadora, puedes clonar el repositorio con todo el material del curso con el comando:
git clone https://github.com/vinuesa/OMICAS_UAEM.git
En ubuntu es muy fácil instalar git:
sudo apt install git
Hola, me llamo Pablo Vinuesa. Soy investigador titular del Centro de Ciencias Genómicas de la Universidad Nacional Autónoma de México - UNAM. Puedes seguirme en twitter @pvinmex.
Mis líneas de investigación integran la genómica y la bioinformática con la biología y genética molecular para entender la evolución y emergencia de patógenos oportunistas a partir de microbios ambientales.
Las clases se imparten en el salón 3 de la LCG-UNAM, de 14 a 18 hrs, en los días indicados abajo.
El curso consta de tres temas. Cada uno tiene su bloque de teoría y prácticas asociadas
Dado que generalmente el trabajo en genómica se realiza en servidores UNIX o GNU/Linux de alto rendimiento, es esencial familiarizarse con este ambiente de cómputo al inicio de la formación académica. En consecuencia:
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todas las prácticas asociadas a este módulo se realizan en un servidor GNU/Linux
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iniciamos el módulo aprendiendo Linux
Práctica 2. Descarga de secuencias en formato FASTA de GenBank usando el sistema ENTREZ y parseo de los archivos usando herrramientas de filtrado
- Atma Ivancevic. The ten commandments for learning how to code. Carrer Column, Nature, 20 Feb. 2019
- Velez Rueda AJ, Benítez GI, Marchetti J, Hasenahuer MA, Fornasari MS, Palopoli N, Parisi G. Bioinformatics calls the school: Use of smartphones to introduce Python for bioinformatics in high schools. PLoS Comput Biol. 2019 Feb 14;15(2):e1006473.
- Dudley JT, Butte AJ. A quick guide for developing effective bioinformatics programming skills. PLoS Comput Biol. 2009 Dec;5(12):e1000589
Tema 2: Cómputo de homólogos a escala genómica y análisis de pan-genomas microbianos con GET_HOMOLOGUES (01-03-2019)
- Tettelin H, Riley D, Cattuto C, Medini D. Comparative genomics: the bacterial pan-genome. Curr Opin Microbiol. 2008 Oct;11(5):472-7
- Contreras-Moreira B, Vinuesa P. GET_HOMOLOGUES, a versatile software package for scalable and robust microbial pangenome analysis. Appl Environ Microbiol. 2013 Dec;79(24):7696-701.
- Vinuesa P, Contreras-Moreira B. Robust identification of orthologues and paralogues for microbial pan-genomics using GET_HOMOLOGUES: a case study of pIncA/C plasmids. Methods Mol Biol. 2015;1231:203-32.
- Contreras-Moreira B, Cantalapiedra CP, García-Pereira MJ, Gordon SP, Vogel JP, Igartua E, Casas AM, Vinuesa P. Analysis of Plant Pan-Genomes and Transcriptomes with GET_HOMOLOGUES-EST, a Clustering Solution for Sequences of the Same Species. Front Plant Sci. 2017 Feb 14;8:184.
Finalizamos el curso con una sesión de introducción a GET_PHYLOMARKERS - html, un paquete de código fuente abierto para análisis filogenómico de genes del core genómico y de matrices pan-genómicas.
- Vinuesa P, Ochoa-Sánchez LE, Contreras-Moreira B. GET_PHYLOMARKERS, a Software Package to Select Optimal Orthologous Clusters for Phylogenomics and Inferring Pan-Genome Phylogenies, Used for a Critical Geno-Taxonomic Revision of the Genus Stenotrophomonas. Front Microbiol. 2018 May 1;9:771.