/chem

Primary LanguageFortran

计算化学软件输出文件的整理脚本

gauss

用于Gaussian的log文件能量统计和坐标生成的python脚本

  • getEnergy.py
    • 运行后可以选择除能量外也统计电荷、自旋信息
    • 脚本会在当前目录下得到Energy.csv文件，里面包含了能量相关信息
    • 如果选择统计电荷和自旋，当前目录下也会得到Charges.csv文件
  • getCoordinates.py
    • 运行后会得到coordinates.xyz文件

adf

用于ADF的logfile文件坐标生成的python脚本

  • getCoordinates_ADF.py
    • 运行后会得到coordinates_ADF.xyz文件

solvent_accessible_surface

由PASCUAL-AHUIR等人开发的gepol93

dmol3

用于DMol3的outmol文件能量统计和坐标生成的python脚本

draw_energy_profile

可以根据反应中各个物质的坐标（index，energy）绘制连续的能量曲线

  • 运行前将数据保存为data.csv
    • 每一列为一个路线，主路线放到第一列。
    • 辅助路线列只添加希望画出的能量值。如果希望画出的能量值中相对主路线的坐标有空缺则在该位置填入'continue'。
    • 具体的例子参见./draw_energy_profile/data.csv和得到的profile.png