GAWM: Genome Analyst with Mongodb
# rm ~/share/mongodb/data/mongod.lock
numactl --interleave=all ~/share/mongodb/bin/mongod --config ~/share/mongodb/mongod.cnf
cd ~/Scripts/gawm
# drop db if exists
mongo S288c_gc --eval "db.dropDatabase();"
# generate
perl gen_mg.pl -d S288c_gc -n S288c --dir ~/data/alignment/example/scer/Genomes/S288c --parallel 1
# GC
perl insert_gcwave.pl -d S288c_gc --batch 1 --parallel 8
# CV
perl update_sw_cv.pl -d S288c_gc --batch 1 --parallel 8
# bed count
perl count_bed.pl -d S288c_gc --run insert -f doc/spo11_hot.bed --batch 1 --parallel 1
perl count_bed.pl -d S288c_gc --run count --batch 1 --parallel 8
# stats
perl stat_mg.pl -d S288c_gc --index
cd ~/Scripts/gawm
mongo S288c_spo11 --eval "db.dropDatabase();"
perl gen_mg.pl -d S288c_spo11 -n S288c --dir ~/data/alignment/example/scer/Genomes/S288c --parallel 1
perl insert_bed.pl -d S288c_spo11 -tag spo11 -f doc/spo11_hot.bed --batch 1 --parallel 8
perl update_sw_cv.pl -d S288c_spo11 --batch 1 --parallel 8
perl stat_mg.pl -d S288c_spo11 --index --by tag --replace ofg="DSBs"
cd ~/Scripts/gawm
# drop db if exists
mongo S288c_prof --eval "db.dropDatabase();"
# generate
perl gen_mg.pl -d S288c_prof -n S288c --dir ~/data/alignment/example/scer/Genomes/S288c/VII.fa --parallel 1
# GC
perl -d:NYTProf insert_gcwave.pl -d S288c_prof --batch 1 --parallel 4
nytprofhtml --open
# CV
perl -d:NYTProf update_sw_cv.pl -d S288c_prof --batch 1 --parallel 4
nytprofhtml --open
# stats
perl stat_mg.pl -d S288c_prof