docs/INSTALLATION.md
python3 train.py train_config.yaml
python3 test.py test_config.yaml
python3 test_single.py test_single_config.yaml
1.将待测试的.svs
文件放到下面的路径中:
CLAM_CRC/test_model/testData
注:可以是多个测试文件
2.将待测试文件的真实标记信息放到下面的路径中:
CLAM_CRC/test_model/test.csv)
注:可以在
test_single_config.yaml
中修改这个文件的路径
3.将待测模型(.pt文件),train.py
训练出的的模型存于下面的路径中:
CLAM_CRC/results
可将.pt文件移到CLAM_CRC/test_model
下并改名为best_model.pt
,或者直接修改配置文件中test_single_config.yaml
的参数ckpt_path
来读取待测模型位置。
输出文件存于CLAM_CRC/test_model/{model_name}.csv
文件中,输出样式如下:
slide_id,Y,Y_hat,p_0,p_1
Col_PNI2021chall_train_0002.svs,0.0,1.0,0.32284075021743774,0.6771592497825623
输出文件从左到右的列分别表示:图像编号(图像名)、真实值、预测值、预测为0类的概率(自行设置0类的含义)、预测为1类的概率。
1.修改病理图像(.svs文件)读取位置,需修改以下两个配置文件中的参数:
CLAM_CRC/extract_features_config.yaml
source: /home/webace/Colon_Data
CLAM_CRC/create_patches_config.yaml
data_slide_dir : /home/webace/Colon_Data
1.标记文件(.csv)示例
(CLAM_CRC/dataset_csv/label.csv)
case_id,slide_id,label
Col_PNI2021chall_train_0002.svs,Col_PNI2021chall_train_0002.svs,subtype_3
Col_PNI2021chall_train_0003.svs,Col_PNI2021chall_train_0003.svs,subtype_3
Col_PNI2021chall_train_0012.svs,Col_PNI2021chall_train_0012.svs,subtype_4
Col_PNI2021chall_test_0001.svs,Col_PNI2021chall_test_0001.svs,subtype_3
Col_PNI2021chall_test_0002.svs,Col_PNI2021chall_test_0002.svs,subtype_4
Col_PNI2021chall_test_0003.svs,Col_PNI2021chall_test_0003.svs,subtype_4
Col_PNI2021chall_test_0004.svs,Col_PNI2021chall_test_0004.svs,subtype_3
Col_PNI2021chall_test_0005.svs,Col_PNI2021chall_test_0005.svs,subtype_4
Col_PNI2021chall_test_0006.svs,Col_PNI2021chall_test_0006.svs,subtype_3
Col_PNI2021chall_test_0007.svs,Col_PNI2021chall_test_0007.svs,subtype_3
Col_PNI2021chall_test_0008.svs,Col_PNI2021chall_test_0008.svs,subtype_4
2.修改标记文件(.csv文件)读取位置,需修改以下三个配置文件中的参数:
CLAM_CRC/create_splits_config.yaml
csv : dataset_csv/label.csv
CLAM_CRC/train_config.yaml
csv : dataset_csv/label.csv
CLAM_CRC/test_config.yaml
csv : dataset_csv/label.csv
可根据实际情况对下列配置文件中的参数进行修改
#预处理、提取特征相关
CLAM_CRC/create_patches_config.yaml
CLAM_CRC/extract_features_config.yaml
#训练集、测试集、验证集划分
CLAM_CRC/create_splits_config.yaml
#训练和测试
CLAM_CRC/train_config.yaml
CLAM_CRC/test_config.yaml
一.提取出的图像特征
CLAM_CRC/output/feat_dir
CLAM_CRC/results/exp_sx(x是训练序列号)
CLAM_CRC/eval_results