/DGU2020_COVID_back

융합캡스톤디자인 팀프로젝트(Backend)

Primary LanguagePython

Django 기본

1. 가상환경 생성

$ pip install pipenv
$ pipenv shell

2. 필요한 라이브러리

  1. pip install django
  2. pip install djangorestframework
  3. pip install django-cors-headers

3. 프로젝트 생성

$ django-admin startproject project이름

4. 앱 생성

manage.py 파일이 있는 경로로 이동하여

$ python manage.py startapp app이름

그 다음 상위 경로에서 프로젝트 이름과 같은 폴더로 이동하여 settings.py의 INSTALLED_APPS에 생성한 앱 이름 추가

INSTALLED_APPS = [
...
'app이름',
]

5. 서버 실행

manage.py 파일이 있는 경로로 이동하여 python manage.py runserver 입력

6. 슈퍼유저

/admin으로 어드민 페이지 접속

ID : super
PW : tbvjdbwj (슈퍼유저 영타에서 그대로 입력)

실행 방법 for Windows 10

환경 설정

  1. Python 3 설치

  2. 필요한 Python 라이브러리 설치

    1. pip install django
    2. pip install djangorestframework
    3. pip install django-cors-headers
    4. pip install pymysql

  3. MySQL 다운로드하여 설치

    1. Terminal에서 mysql 프로그램을 바로 실행할 수 있도록 환경변수 등 준비
    2. 서버에서는 user name이 dgucovid이고 비밀번호가 COVID@dgu2020인 계정을 사용하므로 지금 만들어야 함
    3. Terminal을 열어서 다음 명령어들을 입력하여 계정 추가
      1. mysql -u root -p
      2. MySQL 설치할 때 설정한 root 계정의 비밀번호 입력
      3. CREATE USER 'dgucovid'@'localhost' IDENTIFIED BY 'COVID@dgu2020';
      4. GRANT ALL PRIVILEGES ON *.* TO 'dgucovid'@'localhost';
      5. FLUSH PRIVILEGES;

  4. BLAST+

    1. Windows의 경우
      • 이곳에서 버전에 맞는 installer를 다운로드
      • bin 폴더 위치를 찾아 환경변수의 path에 추가
      • 기본값 : C:\Program Files\NCBI\blast-2.10.1+\bin
      • 환경변수 BLASTDB_LMDB_MAP_SIZE를 추가하여 값을 1000000으로 설정
    2. Linux의 경우
      • sudo apt install ncbi-blast+
    3. makeblastdb -version, blastn -version 두 명령어를 terminal에 입력하여 제대로 설치되었나 확인

  5. Muscle

    1. Windows의 경우
      • 이곳에서 exe 파일을 다운로드한 뒤, 그 파일이 terminal에서 muscle 명령어만으로 실행될 수 있도록 세팅해야 됨
      • 가장 편한 방법은 파일 이름을 바꾼 뒤 레포 루트 폴더에 넣는 것
    2. Linux의 경우
      • sudo apt install muscle
    3. muscle -version 명령어를 입력하여 제대로 설치되었나 확인

  6. 깃 레포지토리 클론

    1. 서브모듈도 다운로드 해야 하기 때문에 아래와 같은 명령어로 클론
    2. git clone --recurse-submodules -j8 https://github.com/hayunyun/DGU2020_COVID_back
    3. 클론이 완료된 레포지토리 폴더 안에서 terminal을 열어 python manage.py runserver이 되나 테스트한 후 Ctrl+C로 종료

데이터베이스 생성

  1. 필요한 파일 준비

    1. 압축파일 {repo}/extern/DGU2020_covid_database/database/sequences_2020-11-13_07-24.fasta.gz.xz를 찾아 압축 해제하여 sequences.fasta 파일을 database 폴더 안에 배치
    2. 압축파일 {repo}/extern/DGU2020_covid_database/database/metadata_2020-11-13_07-22.tsv.gz를 찾아 압축 해제하여 metadata.tsv 파일을 database 폴더 안에 배치

  2. BLAST

    1. 레포지토리 루트 폴더에서 terminal을 실행하여 python manage.py gen_blast_db "./extern/DGU2020_covid_database/database"를 실행
    2. generated blast db successfully라고 뜨면 성공한 것

  3. MySQL

    1. 레포지토리 루트 폴더에서 terminal을 실행하여 python manage.py populate_mysql_db "./extern/DGU2020_covid_database/database" 명령어 실행

서버 실행

  1. python manage.py runserver
  2. 웹브라우저를 열어 주소창에 localhost:8000/api/echo/ 입력
  3. 텍스트를 입력할 수 있는 페이지가 뜨면 성공