friendly2MR

写给观众老爷们的话:

首先,这是一个非常简约的R包,目前主要是孟德尔随机化中的一些辅助简单步骤,目前实现了以下功能:

1.查询多个暴露对一个结局的阳性结果:find_anyexposur_outcome():一个一个跑,有点慢,凑合着跑吧!

2.查询一个暴露对多个结局的阳性结果:find_exposur_anyoutcome():同样,一个一个跑,有点慢,凑合着跑吧!

3.填充工具变量中插补SNP的eaf:主要是调用1000基因组数据做的填充,与原暴露或结局中GWAS中SNP的eaf或有所不同,谨慎使用!

4.查找工具变量相关的混杂因素:这个主要是调用了[phenoscanner](http://www.phenoscanner.medschl.cam.ac.uk/)函数,但存在SNP在该数据库中找不到的情况,此种情况下,将默认无混杂因素.

安装和加载

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE))install.packages("remotes")
remotes::install_github("xiechengyong123/friendly2MR")
library(friendly2MR)

如果安装出现错误请参考具体的安装教程

使用链接

b站视屏链接

后续计划

  • 模块:特色功能
  • 模块:双样本单变量的MR分析(一键生成)
  • 模块:双样本多变量的MR分析(一键生成)
  • 模块:双向因果效应(一键生成)
  • 模块:中介MR(一键生成)
  • 模块:共定位
  • 模块:计算PRS
  • 模块:非线性孟德尔随机化
  • 模块:GSMR分析功能
  • 模块:药物靶点的孟德尔分析(SMR)
  • 模块:SMR结合QTL分析
  • 模块:添加TWAS(FUSION)分析功能

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更新日志:

1.添加了四个函数:分别是batch_ukbb_chrpos2rsID,clump_data_local,find_multiexposure_multioutcome_epigraphdb,gwasvcf2TwosampleMR_local;

batch_ukbb_chrpos2rsID:调用ukbb数据库的参考数据variants.tsv.gz对ukbb中的GWAS数据批量化进行SNP位点注释;

clump_data_local:调用ieugwasr包,在本地电脑进行去连锁不平衡,此功能可用于工具变量较多,在线进行clump时总是报错的情况;

find_multiexposure_multioutcome_epigraphdb:调用epigraphdb数据库的数据,对多个暴露和/或多个结局进行快速筛选;

gwasvcf2TwosampleMR_local:将从IEU官网下载到本地的gwasvcf文件转换为TwosampleMR的暴露或结局格式;

2.修改函数名称:原包中的find_anyexposur_outcome和find_exposur_anyoutcome函数名称进行更改:

find_anyexposur_outcome-->find_multiexposure_outcome;

find_exposur_anyoutcome-->find_exposure_multioutcome;

3.添加了函数和参数的注释,便于观众老爷们的理解。

关于该包的使用和安装问题欢迎大家来聊*(⑅˃◡˂⑅)

---------------------------------------------------2023年-4月-9日-------------------------------------------------------------