/MT_intens

Calculate intensity of MT

Primary LanguagePython

Измерение интенсивности МТ в зависимости от времени и определение параметров

На входе программы последовательность изображенией nd2, а так же z-project в формате jpg, полученный в ImageJ. На изображении двойным щелчком выделяются один и второй конец МТ, после этого можно увидеть картинку, повернутую так, чтобы выбранная МТ была горизонтальна, а так же выделенных участок. МТ обводится прямоугольником, у которого фиксированная ширина (6px), но длина зависит от конкретной МТ. Прямые, ограничивающие наклонную МТ рассчитываются математически и используются для того, чтобы рассчитывать интенсивность в выбранной области. Интенсивность фона берется из области с такими же размерами, но сдвинутыми относительно исходной МТ на 10Px только по Ox. Разница интенсивностей Мт и фона для каждой выбранной МТ сохраняется в массив и изображается на графике от времени. Этот график аппроксимируется спадающей экспонентой, и из параментров получаем показатель tau.

Последовательность действий:
1. Подать на вход программы файлы для обработки. В консоле вначалее введите путь к z-project в формате C:\\Users\\YummyPolly\\Documents\\LAB\\02-04-2023\\MED_TIRF_10laser_1to5_labe.jpg, а затем для последовательности nd2 такого же вида. 
2. В открывшемся информационном окне нажать OK после прочтения
3. На изображениии, которое отрылось затем, нажать двойным щелчком на один из концов МТ, а затем еще раз на другой ее конец. НА экране появятся окна с выделенной областью. В первоначальном окне можно выделеить таким же образом другие МТ.
4. Нажать Enter для начала обработки. Откроется несколько окон с графиками для каждой МТ.
5. Результаты программы запишутся в текстовый файл.

Можно воспроизвести последовательность nd2 как видео, для этого можно запустить код interface.py
В  файле requirements.txt лежат все необходимые библиотеки, их можно как-то автоматически подгрузить в новый environment, чтобы были все необходимые версии