操作说明
- download_ref_genome.sh 下载参考基因组
目录说明
. ├── analy │ ├── cmd_cuffdiff.sh │ ├── cmd_cufflink.sh │ ├── cmd_cuffmerge.sh │ └── cmd_tophat.sh ├── analysis │ ├── htseq-count │ │ ├── cmd_htseq_count.sh │ │ └── cmd_select_gene.sh │ └── read_aln │ ├── cmd1_hisat2_aln.sh │ ├── cmd2_sam2bam.sh │ └── cmd3_hisat2_aln_bam_sort.sh ├── data │ ├── RAN_seq │ │ └── cmd2_sra2fastq.sh │ ├── raw_data ------------------------------------------ │ │ ├── cmd1_download_sra.sh │ │ └── cmd2_sra2fastq.sh │ └── reference -----------------------------------------参考基因组 │ └── cmd1_build_index.sh └── script ------------------------------------------------脚本文件 ├── DEG_detection.ipynb ├── DEseq2.ipynb ├── RNASeq_analysis.ipynb ├── Untitled.ipynb ├── bowtie.ipynb └── cummeRbund.ipynb