使用Python的matplotlib高仿各种生信工具的绘图结果。
High imitation some bioinformatics tools result by python matplotlib.
$ python pyfile.py <INPUT-FILE>本仓库中的大多数脚本都是这样使用的。
Most script of this repository use like this way.
只能运行在Python3环境下，依赖包括但不限于以下的包：
Python3 only and they requirement packages include but not only:
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docopt 用于解析参数 use to parse command line args
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biopython 生信必备，你懂的 uah, you know it is for bioinformatics
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matplotlib 用于绘图 use to plot
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numpy 数据统计 data statistics
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qualityboxplot.py
这个脚本绘制了在测序质量检测中最重要的质量分布盒状图，原图
使用我的脚本绘制的图片
整体视觉是差不多的，但是fastqc考虑到整体的效果，对中间的一些位置进行的合并，也即其并没有完全绘制出所有位置的质量效果。目前存在的问题是，如果reads输入很多，那么整个质量矩阵将非常大，那么首先内存可能就撑不住，可能处理上就会有问题。
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qualitylineplot.py
这个脚本绘制了质量分布的曲线图，原图如下
使用我的脚本绘制的图片
依然是几乎一致的视觉效果，同样也绘制了所有的位置，本身这个图和前面就一本是一致的。