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High imitation some bioinformatics tools result by python matplotlib.

Primary LanguagePythonMIT LicenseMIT

bioplot

使用Python的matplotlib高仿各种生信工具的绘图结果。

High imitation some bioinformatics tools result by python matplotlib.

使用 Usage

$ python pyfile.py <INPUT-FILE>

本仓库中的大多数脚本都是这样使用的。

Most script of this repository use like this way.

依赖 Requirement

只能运行在Python3环境下,依赖包括但不限于以下的包:

Python3 only and they requirement packages include but not only:

  • docopt 用于解析参数 use to parse command line args

  • biopython 生信必备,你懂的 uah, you know it is for bioinformatics

  • matplotlib 用于绘图 use to plot

  • numpy 数据统计 data statistics

详细说明 description 

  1. qualityboxplot.py

    这个脚本绘制了在测序质量检测中最重要的质量分布盒状图,原图

    qualityboxplot_by_fastqc.png

    使用我的脚本绘制的图片

    qualityboxplot_by_myscript.png

    整体视觉是差不多的,但是fastqc考虑到整体的效果,对中间的一些位置进行的合并,也即其并没有完全绘制出所有位置的质量效果。目前存在的问题是,如果reads输入很多,那么整个质量矩阵将非常大,那么首先内存可能就撑不住,可能处理上就会有问题。

  2. qualitylineplot.py

    这个脚本绘制了质量分布的曲线图,原图如下

    qualitylineplot_by_fastqc.png

    使用我的脚本绘制的图片

    qualityboxplot_by_myscript.png

    依然是几乎一致的视觉效果,同样也绘制了所有的位置,本身这个图和前面就一本是一致的。