yangmqglobe/depipe

自动化的 ChIP-Seq 分析流程

depipe 是一个自动化的 ChIP-Seq 分析流程，在完成配置后，可以自动进行可复现、高并行的 ChIP-Seq 数据分析。

流程总览

依赖安装

使用 mamba 自动安装所有依赖

mamba env create -f environment.yml
conda activate depipe

运行流程

首先需要创建一个本次分析的配置文件

mkdir project
cd project
cp dapipe/config.yaml .

浏览检查配置文件内的所有配置项（所有配置项都是必须的），并按照注释进行更改。然后运行流程

snakemake --snakefile dapipe/Snakefile -j 10 --configfile config.yaml -- all

其中的 -j 是允许流程使用的最大进程数。注意最后的位置参数 all，使用这个 rule 代表运行所有的流程，包括富集差异、超级增强子以及核心转录因子。可选的流程有 basic_all 仅进行 peak calling；compare_all 进行富集差异分析；rose_all 分析超级增强子了；crcmapper_all 分析核心转录因子。不同的流程可以相互组合。