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Primary LanguageR

ljx-project

tf处理数据图

一、tf数据处理（文件名以“~”分界，前面为增强子里的tf类名，后面为启动子里的tf类名）

1.合并同序列相同类名的两列（突变前后）数据，增强子为pre\preva1，启动子为pre/preva2

2.将合并好的数据使用r语言调用包画成箱线图（一、前后各一个 二、“按列”）

3.增强子、启动子各一个大图，然后合并

二、根据P/E.csv文件将增强子和启动子家族进行分类

1、合并同序列相同家族名的两列（突变前后）数据，增强子为pre\preva1，启动子为pre/preva2 2、计算MSE根据P/E.csv文件给给家族分配类的标签（颜色对应） 3、非堆叠并排分组柱状图

三、考虑一对互作的表达关系图如何绘制

5.22

对之前图做修改

1.全部去p值重画图（>0.05）

（p1-增强子 ;p2-启动子） 两部分数据

2.第二部分图例改为下方

3.R语言英文改成新罗马字体

4.提前设置好颜色（可区分）

5.导出成pdf形式

新工作：重新计算MSE值挑出前N个大小文件做第一部分图（一对突变）

1.用原始文件class_d筛选p3

2.挑出前N个文件

3.按第一部分思路（avg-——avg3）作图“突变前后”

新工作二：

1.根据启动子筛选P（<0.05）+(突变后值下降)

2.“>500”筛选（已知/其他）同类+（avg-avg3）差值画箱线图

3.剩下的标出最大最小中位数（尝试R语言导出）

特例：（REL+RELA+RELB）