Compteur de cellules à partir d'une photographie en format PGM binaire

Auteurs : Youwan Mahé et Aziz Yahmadi

Ce programme effectue un traitement d'image afin de compter le nombre de cellules présentes sur la photographie

Compilation

Pour nettoyer le répertoire avant de compiler make clean Pour compiler le programme make

Utilisation

./bin/main INPUT_PGM

INPUT_PGM : l'adresse du fichier pgm entrant.

  $ ./bin/main images/cells.pgm
  99%
  Counter result : 18 cells

Test

1. Test de lecture des fichier PGM.

Il affiche sur le terminal la matrice des pixels de l'image en représentation avec des entiers.

./bin/test_pgm_read INPUT_PGM

INPUT_PGM : l'adresse du fichier pgm entrant.

    $./bin/test_pgm_read images/test_seed.pgm
    longueur:7 ||  largeur:7 ||  profondeur:255
    0 0 0 0 0 0 0
    0 0 0 0 0 0 0
    0 0 0 0 0 0 0
    0 0 0 0 0 0 0
    0 0 0 255 0 0 0
    0 0 0 0 0 0 0
    0 0 0 0 0 0 0

2. Test d'écriture des fichier PGM.

Il lit un fichier PGM puis créer une copie afin de tester l'écriture des fichiers PGM.

./bin/test_pgm_write INPUT_PGM OUTPUT_PGM

INPUT_PGM : l'adresse du fichier pgm entrant.

OUTPUT_PGM : le nom du fichier pgm sortant.

    $ ./bin/test_pgm_write images/morphotest1.pgm copie
    copie
    longueur:7 ||  largeur:7 ||  profondeur:255
    0 0 0 0 0 0 0
    0 255 255 255 255 255 0
    0 255 255 255 255 255 0
    0 255 255 255 255 255 0
    0 255 255 255 255 255 0
    0 255 255 255 255 255 0
    0 0 0 0 0 0 0
    Succesfully copied file to copie

3. Test de seuillage des fichiers PGM.

Ce test produit deux images en sortie. manual_threshold.pgm et auto_threshold.pgm. Il produit une image en noir et blanc à partir d'une source en niveaux de gris. Le seuil de discrimination entre les deux niveaux est déterminé par l'utilisateur pour manual_threshold.pgm et automatiquement par la méthode d'otsu pour le auto_threshold.pgm.

./bin/test_pgm_threshold INPUT_PGM THRESHOLD

INPUT_PGM : l'adresse du fichier pgm à seuiller.

THRESHOLD : Seuil manuel entre 0 et 255.

    $./bin/test_pgm_threshold images/cells.pgm 120
    Calculated threshold = 155

4. Test des fonctions booléennes.

Ce test fait des opérations booléennes sur 2 images de mêmes dimensions : l'intersection , l'union et le OU exclusif et produit une image contenant le résultat de l'opération.

./bin/test_bool MODE INPUT1 INPUT2

INPUT1 : l'adresse du 1er fichier pgm.
INPUT2 : l'adresse du 2eme fichier pgm.

MODE : "i": intersection || "u": union || "xor": OU exclusif.

    $ ./bin/test_bool i images/zones.pgm images/zones.pgm
    Mode intersection
    successful intersection

5. Test des fonctions morphologiques.

Ce test fait des opérations morphologiques sur une image : l'érosion , la dilatation, la reconstruction et l'érosion ultime et produit une image contenant le résultat de l'opération.

./bin/test_morphology MODE INPUT <SEED>

INPUT : l'adresse du fichier pgm d'entrée.
SEED : (Uniquement pour la reconstruction) c'est l'adresse du fichier pgm graine.

MODE : "er": erosion || "ex": dilatation || "re": reconstruction || "uer": érosion ultime.

    $ ./bin/test_morphology re images/reconstruct_test.pgm images/test_seed.pgm
    Reconstruction done

6. Test des fonctions de traitement d'image.

Ce test fait des opérations de traitement d'image : la suppression des cellules de bords , le bouchage des trous, la génération d'une image graine (pour les 2 fonctions précédentes) et l'érosion manuelle et produit une image contenant le résultat de l'opération.

./bin/test_image_processing MODE INPUT <N>

INPUT : l'adresse du fichier pgm d'entrée.
N : (Uniquement pour l'érosion manuelle) c'est le nombre de fois à éroder.
MODE : "b": suppression des cellules de bords || "h": remplissage" de trous || "genseed": génération d'un cadre blanc (graine) || "mer": érosion manuelle .
```
    $ ./bin/test_image_processing mer images/cells.pgm 5
    Manual erosion done
```

7. Test du comptage de cellules.

Ce test permet de compter les cellules existantes dans une image pgm (déjà traitée par les fonction de traitement d'image).

./bin/test_counter MODE INPUT

INPUT : l'adresse du fichier pgm d'entrée.

MODE : "s": comptage simple

    $ ./bin/test_counter s border_cells_removed.pgm
    Mode Comptage simple
    Counter result : 12 cells

8. Test de l'étiquettage.

Ce test permet de générer des images "numéro" et de les coller sur une image source.

./bin/test_label MODE N <INPUT>

N : c'est le numéro de l'étiquette.
MODE : "gen_num": génère une image "numéro" à partir d'un numéro (entre 0 et 9) || "l": ajoute l'image "numéro" au centre de l'image input.
INPUT :(uniquement pour le mode "l") l'adresse du fichier pgm d'entrée à numéroter.
```
    $ ./bin/test_label l 85 images/cells.pgm
    Label printed
```

youwanM/Cell-Counter