/Cell_number

通过图像统计细胞个数分析

Primary LanguagePython

脚本解决问题: (1) 处理计算细胞个数等问题

  1. 先说下硬件要求:

例子1: i3+4g内存, 无显卡. 正常运行

  1. 需要下载的东西:

(1)Anaconda : https://www.anaconda.com/download/#download

到"Python 3.6 version"下直接点Download就行, 下载完后直接下一步到安装完就行了;

(2)MAIN文件夹下cellnumber.py和thinkder_main.py脚本,度盘:*****

  1. 搭建: (1) 开始菜单-->Anaconda3(64-bit)-->Anaconda Prompt

出现黑窗口然后, 输入以下命令, 输入一行, 回车, 安装完后继续输入下一行, 回车:

pip install tkinter

pip install Pillow

pip install cv2

(2) 全部安装完后,退出;

从开始菜单-->Anaconda3(64-bit)-->Anaconda Prompt

  1. 把玩:

(1) 首先将cellnumber.py和thinkder_main.py拷贝到一个相同目录(必须同目录);

(2) 在Anaconda Prompt 的黑白界面里面输入python /(path)/thinkder_main.py ,回车

(3) 一切顺利就可以弹出一个图像界面,可以选择的控制有:

	File Open 打开目录;
	
	colour number cut 根据不同色彩进行分割,推荐150左右;
	
	area 表示细胞的面积,低于这个数值一下的抛弃;
	
	area ratio 表示面积内的所占比例,删除一些细长的结构

(4) 结果说明:

	cell number:统计出来没有经过过滤细胞个数;
	
	Maybe cell number: 统计出经过过滤的细胞个数:
	
	number ratio:未被过滤细胞个数的比例;
	
	area ratio:过滤后的细胞占整张图上的面积;
	
	图片四张,分别是黑白图和色彩图,并且在第二张图上标记统计个数对应细胞

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后期转化准备