Este GibHub es un Git vivo en el que iré incorporando un montón de información, prácticas y documentos de interés en el mundo de la secuenciación masiva de segunda generación (sistemas NGS)
Realizaremos un análisis mediante FastQC de las secuencias correspondientes a lecturas RNA-Seq provenientes de un secuenciador Illumina y las obtenida con un equipo SOLiD.
Tras haber valorado la calidad de las secuencias obtenidas mediante la plataforma Illumina realizaremos un trimming de lecturas de varios límites de calidad con los scripts y programas incluidos en la suite FastX-Toolkit.
Para adquirir práctica real, tendréis que estudiar y analizar todos los programas incluidos en esta suite. Deberéis escoger el programa adecuado para hacer el trimming, y además, explicar en vuestra página WEB cuál es la utilidad del resto de los programas, por lo que tendréis que investigar.
Con las lecturas SOLiD simplemente veremos el patrón característico de calidad que se obtiene con esta plataforma de secuenciación, para su consideración.
En esta segunda práctica descargaremos secuencias obtenidas mediante un equipo Illumina desde bases de datos públicas, y las ensamblaremos con el programa Velvet.
Esta práctica implica la instalación de los programas, su compilacion en caso de ser necesarios, y todos los pasos que sean requeridos