https://x.com/Yodosha_grant 羊土社 科研費獲得の方法とコツ (@Yodosha_grant) / X
https://x.com/kakenhi_com 科研費.com (@kakenhi_com) / X
https://x.com/kakenhi_g_rant 児島将康 (@kakenhi_g_rant) / X
https://x.com/kakenhi_g_rant/status/1824914315796963504 児島将康 on X: "科研費の新しい記載項目である(6)国際性だが、書いていない人がしばしばいる。変更を知らないのかと思っていたが、どうもそうではなく、「関係するものがないから」書いていないようだ。ここは評価項目なので、書かないと間違いなく、*が付く。絶対に書いてください。 #科研費 #申請書 #添削" / X
http://sfcbus.jp/ 慶応大学本館前
カウントダウン http://sfcbus.jp/kh-weekday.html 時刻表(平日) http://sfcbus.jp/kh-weekday-j.html
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https://helpfeel.com/SFCHelp/タクシー-635699d1fe226f002362c282 SFCHelp - タクシー 「デルタ館前」のように場所を指定してタクシーを呼ぶことができます 相愛交通: 0120-87-2610
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6:05 PM · Aug 1, 2024 https://x.com/seitaemori/status/1818936025068036275 Seita Emori(気候変動の解説のおじさん 江守正多) on X: "#何もしないともっと暑くなる 国連による気候変動を解決するための #10の行動 や、わかってる。ちょっと待って。 いろいろ言いたいことある人いると思う。 僕もあります。 各項目について、僕個人の受け止めを書いていこうと思います。異論は受け付けます。 #1.5℃の約束 https://t.co/ptso0dcG4u https://t.co/9UVXizIbib" / X
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Brady S.G., Litman J.R., Danforth B.N. Rooting phylogenies using gene duplications: An empirical example from the bees (Apoidea) Molecular Phylogenetics and Evolution. 2011;60(3):295–304. [PubMed] [Google Scholar]
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2022-10-19
http://www.baifukan.co.jp/cgi-bin/db/baifu_new_search.pl?ISBN=4-563-07832-8 書籍名 Web連携テキスト バイオインフォマティクス 基礎から応用
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https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/textbook/chapter3/W3.2.pdf W3.2 PAMの求め方に関する補足資料です。
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/textbook/chapter3/W3.3.pdf W3.3 BLOSUMの求め方に関する補足資料です。
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/textbook/chapter6.html 第6章 生物配列統計学
1:17 AM · Oct 15, 2022 https://twitter.com/jlsteenwyk/status/1580956067755720710 🧬Jacob L Steenwyk on Twitter: "NEW Publication🥳 Molecular #evolution studies often rely on single-copy orthologs (SC-OGs), resulting in large gene families—like transporters—being ignored. We present OrthoSNAP, software for identifying subsets of SC-OGs within larger gene families. 🔗https://t.co/2rWsRLsamn https://t.co/0d0SpvcRmw" / Twitter
4:25 PM · Apr 24, 2024 https://twitter.com/KawataMasakado/status/1783034509971329326 Masakado Kawata on X: "抜粋紹介されているのは「集団選択」が働いた例です。 血縁選択も、集団選択の一様式であると見なすこともできます。詳しくは『ダーウィンの進化論はどこまで正しいのか』の第3章参照 https://t.co/B1zNiEkD4y「自分を犠牲にする行動」は進化できるのか」 @gendai_biz https://t.co/qJUV3BUkmZ" / X https://gendai.media/articles/-/127170 「自分を犠牲にする行動」は進化できるのか…個体にとって不利なのに進化する「不思議な仕組み」(河田 雅圭) | 現代ビジネス | 講談社(1/3)
4:00 PM · Apr 17, 2024 https://twitter.com/KawataMasakado/status/1780491468194685048 Masakado Kawata on X: "進化について誤解されやすいトピックスを題材に、進化学の基礎を分かりやすく解説しました。リンクから「はじめに」全文が読めます。是非、ご一読ください。 『ダーウィンの進化論はどこまで正しいのか?』|河田雅圭|光文社新書 @kobunsha_shin #光文社新書 #私の仕事 https://t.co/bFQKUl0QuX" / X https://shinsho.kobunsha.com/n/na78453f8e457?sub_rt=share_pw 心配性なのは進化のせいでもある!? 身近にあふれる「進化」の話|河田雅圭|光文社新書
https://twitter.com/KawataMasakado Masakado Kawata (@KawataMasakado) / X
https://note.com/masakadokawata/ 河田 雅圭|note
https://note.com/masakadokawata/n/nb015a606e935 新型コロナウイルスの進化と感染症の傾向|河田 雅圭
https://note.com/masakadokawata/n/n2dfc4217831e 進化における「適応」という言葉をめぐって|河田 雅圭|note 2022年10月8日 19:53
https://note.com/masakadokawata/n/n41079da12807 「種の保存のための進化」はどこが誤りなのか|河田 雅圭|note 2022年3月20日 16:00
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Vignettes:
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Reference database preparation with the 'bioseq' package https://cloud.r-project.org/web/packages/bioseq/vignettes/ref_database.html
4:56 AM · Mar 18, 2022 https://twitter.com/_sam_forster_/status/1504547290564153344 Sam Forster on Twitter: "Excited to share some new work on the movement of #antibioticresistance from the #microbiome to #pathogens with @Junyan_Liu_ @kumarnitin85 @DrEmilyGulliver @LawleyLab @Forster_Lab @Hudson_Research @sangerinstitute https://t.co/yTIIcgTr1g" / Twitter https://www.nature.com/articles/s41467-022-29096-9 Strain-level characterization of broad host range mobile genetic elements transferring antibiotic resistance from the human microbiome | Nature Communications
12:07 AM · Feb 22, 2022 https://twitter.com/goyoiraola/status/1495777167631962117 Gregorio Iraola on Twitter: "A very recent study showed that public human #microbiome data are dominated by highly developed countries. We can't understand and mitigate microbiome-associated diseases without data from underrepresented regions. https://t.co/jjMxQTLYab" / Twitter
https://genomemedicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13073-022-01020-2 Exploiting genomics to mitigate the public health impact of antimicrobial resistance
4:26 PM · Jan 20, 2022 https://twitter.com/LauraPiddock/status/1484064663621021696 Laura Piddock 💙 on Twitter: "Very important paper👇🏻while the world focuses on #COVID19 the ‘silent’ pandemic of #AMR continues unabated - ‘Global burden of bacterial antimicrobial resistance in 2019: a systematic analysis’ https://t.co/y5YOHuGfY8" / Twitter
9:21 AM · Jan 22, 2022 https://twitter.com/bbcnewsjapan/status/1484682472969359367 BBC News Japan on Twitter: "BBCニュース - 抗生物質が効かない感染症、1年で120万人超が死亡=国際研究チーム https://t.co/5tpEfSV6d6" / Twitter
https://www.bbc.com/japanese/60064329 抗生物質が効かない感染症、1年で120万人超が死亡=国際研究チーム - BBCニュース
12:36 AM · Feb 17, 2022 https://twitter.com/Baker_Lab_Cam/status/1493972456465444871 Stephen Baker on Twitter: "New review out today. I think illumina sequencing didn’t exist when we started it, so been updated a few times. Glad it saw the light of day. Big up to waddo, christine B @meganecarey @EllenHigginson @vbalaji7 @GenomeMedicine https://t.co/EN1JqRPNk6" / Twitter
https://twitter.com/WvSchaik/status/1148526049300496384 Willem van Schaik on Twitter: "Next up: Eduardo Rocha on the diversity of mobile genetic elements. Sequenced 1305 natural E. coli isolates: up to a third of the pan-genome can be in plasmids and phages #FEMS2019" 5:35 AM - 9 Jul 2019
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28539477 Sci Transl Med. 2017 May 24;9(391). pii: eaah6500. doi: 10.1126/scitranslmed.aah6500. Bacterial colonization and succession in a newly opened hospital. Lax S1,2, Sangwan N2,3, Smith D4, Larsen P2, Handley KM1, Richardson M1, Guyton K3, Krezalek M3, Shogan BD3, Defazio J3, Flemming I3, Shakhsheer B3, Weber S5, Landon E5, Garcia-Houchins S5, Siegel J6,7, Alverdy J3, Knight R8,9, Stephens B10, Gilbert JA11,2,3.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/688465v1 PhyloMagnet: Fast and accurate screening of short-read meta-omics data using gene-centric phylogenetics | bioRxiv
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/653592v1 Not just BLAST nt: WGS database joins the party | bioRxiv
6:55 AM · May 11, 2021 https://twitter.com/mikerappe/status/1391874644332802052 Michael Rappe on Twitter: "Looking for good citations that reveal genomic heterogeneity between bacteria with identical 16S rRNA genes. Anyone have a favorite to share?" / Twitter
10:53 AM · Mar 6, 2021 https://twitter.com/hornistyf/status/1368016916825051137 Sequence identityの計算法いろいろ。 On the definition of sequence identity https://lh3.github.io/2018/11/25/on-the-definition-of-sequence-identity
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758108515/ ネイティブが教える英語論文・グラント獲得・アウトリーチ 成功の戦略と文章術 - 羊土社
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/special/biomedical_writer/index.html ウィズコロナ・アフターコロナの研究者応援企画 翻訳書「ネイティブが教える英語論文・グラント獲得・アウトリーチ 成功の戦略と文章術」の一部を無料公開します! - 羊土社
2020.11.25 https://www.asca-co.com/blog/study/entry20201125120800.html 査読者の"脳"をつかむ!:第2回 論文執筆術ウェビナー『成功の戦略と文章術』 | セミナー | トピックス | 医薬翻訳のアスカコーポレーション
11:30 AM · Jul 15, 2020 https://twitter.com/yodosha_em/status/1283227283633827840 羊土社 実験医学 on X: "「ネイティブが教える英語論文・グラント獲得・アウトリーチ 成功の戦略と文章術」の一部無料公開、第2回をお届けします! 今回は、文章に一貫性をもたせることについて解説。プライミング効果、新近効果、Head-Body-Foot構造などのキーワードが登場。 https://t.co/S7HqSto6HE" / X
https://theoreticalecology.wordpress.com/2023/10/23/time-to-leave-species-richness-behind-as-it-serves-no-scientific-purpose-on-x-or-y-axis/ Time to leave “species richness” behind, as it serves no scientific purpose on x- or y-axis | theoretical ecology
8:55 AM · Apr 5, 2024 https://mt-rgslack.slack.com/archives/G01CYCBL8KT/p1712282742676019?thread_ts=1705387059.484789&cid=G01CYCBL8KT Tat🍣 Matsuba🌴 on X: "t-SNEとかK-means使う人は、まず shima_shimaさんの「クラスタリング」の資料だけは熟読して欲しい。 https://t.co/0gjDRQihgm" / X
Science Fictions あなたが知らない科学の真実 https://twitter.com/search?q=Science%20Fictions&src=typed_query&f=top
https://www.diamond.co.jp/book/9784478113400.html Science Fictions あなたが知らない科学の真実 | 書籍 | ダイヤモンド社 紙版 電子版 スチュアート・リッチー 著/矢羽野 薫 訳 発行年月:2024年01月 [予約受付中] ISBN:9784478113400
たちよみする https://www.diamond.co.jp/_itempdf/0201_biz/11340-0/?pNo=1&detailFlg=0
https://twitter.com/kosuke_yasukawa 安川康介@米国内科専門医 (@kosuke_yasukawa) / X
https://naokoiwanaga.theletter.jp/ 医療記者、岩永直子のニュースレター
https://naokoiwanaga.theletter.jp/posts/c3b82470-e824-11ee-a5fb-e7f00b9eb817 麻疹で「感染して免疫をつければいい」は実弾を込めた銃でのロシアンルーレット 2回のワクチンで予防を | 医療記者、岩永直子のニュースレター
https://www.keisoshobo.co.jp/book/b620100.html 生物学者のための科学哲学 - 株式会社 勁草書房 https://keisobiblio.com/2023/02/01/atogakitachiyomi_seibutsugakushanotamenokatetsu/
https://shorebird.hatenablog.com/entry/2023/05/28/154828 書評 「生物学者のための科学哲学」 - shorebird 進化心理学中心の書評など
2:00 AM · Nov 30, 2023 https://twitter.com/ASMicrobiology/status/1729908083344691626 ASM on X: "💠How are viruses transmitted indoors? 💠Can a virus cause disease if it settles onto a surface and is resuspended into the air? 💠What can be done to prevent the spread of viruses in buildings? This article provides some answers. ➡️https://t.co/nfJmKCmGvU" / X Nov. 29, 2023 https://asm.org/Articles/2023/November/How-Viruses-Spread-Indoors-What-to-Do-About-It How Viruses Spread Indoors and What to Do About It
https://furuse-yukihiro.info/2023covidcolumn09/ 微生物との戦争――ヒトと動物、環境と微生物の葛藤(1) | MONOLOGUE
https://gendai.media/list/author/Yh_Taguchi 田口 善弘 Y-h. Taguchi | 現代新書 https://gendai.media/list/books/gendai-shinsho/9784065346921 学び直し高校物理 | 現代新書 | 講談社
October 23, 2023 https://theoreticalecology.wordpress.com/2023/10/23/time-to-leave-species-richness-behind-as-it-serves-no-scientific-purpose-on-x-or-y-axis/ Time to leave “species richness” behind, as it serves no scientific purpose on x- or y-axis | theoretical ecology
https://twitter.com/arakencloud 荒木健太郎 (@arakencloud) / X
雲研究者・気象庁気象研究所主任研究官・学術博士。防災・減災のために、雲の仕組みを研究してます。映画『天気の子』気象監修。出演:情熱大陸/ドラえもんなど。著書:すごすぎる #天気の図鑑 シリーズ/雲の超図鑑/読み終えた瞬間、空が美しく見える気象のはなし/雲の教室/雲を愛する技術など。発信は個人見解です
9:44 PM · Feb 4, 2024 https://twitter.com/arakencloud/status/1754123821328867674 荒木健太郎 on X: "大雪への備えまとめです。 関東の皆さま、いま一度ご確認ください。 https://t.co/eoytT5yIaq" / X
https://twitter.com/kutsunasatoshi 忽那賢志 (@kutsunasatoshi) / Twitter
https://twitter.com/metacovid19 メタコビ公式
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https://twitter.com/mph_for_doctors 手を洗う救急医Taka(木下喬弘) (@mph_for_doctors) / Twitter
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https://twitter.com/Jameshearsawho/status/1722929271994224908 James Horton on X: "Are you interested in the evolution of bacteria? If so, myself and @TaylorLabGroup have recently penned ✍️ a review article for @MicrobioSoc titled Mutation Bias and Adaptation in Bacteria: (https://t.co/GosL31Cjb3). A short 🧵 on why we should care about mutation bias below (1/7" / X
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/37943288/ Review Microbiology (Reading) . 2023 Nov;169(11):001404. doi: 10.1099/mic.0.001404. Mutation bias and adaptation in bacteria James S Horton 1, Tiffany B Taylor 1 https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/micro/10.1099/mic.0.001404 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC10710837/
2024-03-10
8:33 AM · Mar 10, 2024 https://twitter.com/Yh_Taguchi/status/1766608324588347643 田口善弘@発言は私の個人としての見解であり**大学やその機関の意見を代表するものではありません on X: "拙著紹介記事第ニ十四弾です🔥" / X https://gendai.media/articles/-/125454 いまとなっては「トンデモ仮説」…熱素説を科学者が信じてしまったのはなぜなのか?(田口 善弘) | 現代新書 | 講談社(1/2)
2:02 AM · Mar 10, 2024 https://twitter.com/jlsteenwyk/status/1766509988632014996 🧬Jacob L Steenwyk on X: "NEW publication: Phylogenomics of 725 genomes reveals extensive strain misidentification in a lineage of microbial pathogens. These analyses pave way for genome-scale approaches to answer a fundamental question — what did I just sequence? #bioinformatics #genomics #evolution https://t.co/ZQUFbg1NsE" / X
Our phylogenomic tree of Aspergillus species helped resolve ongoing taxonomic controversies, identified new ones, and revealed extensive strain misidentification. Specifically, 7.59% of strains (🤯
This analysis also enabled us to propose a new genome-scale phylogeny of Aspergillus, providing roadmap for the study of biomedically and technologically relevant traits, knwon to be widely present in this lineage
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38445873/ Microbiol Spectr . 2024 Mar 6:e0398023. doi: 10.1128/spectrum.03980-23. Online ahead of print. Phylogenomics reveals extensive misidentification of fungal strains from the genus Aspergillus Jacob L Steenwyk 1 2 3, Charu Balamurugan 2 3, Huzefa A Raja 4, Carla Gonçalves 2 3, Ningxiao Li 5 6, Frank Martin 6, Judith Berman 7, Nicholas H Oberlies 4, John G Gibbons 8 9 10, Gustavo H Goldman 11, David M Geiser 12, Jos Houbraken 13, David S Hibbett 14, Antonis Rokas 2 3 15
1:53 AM · Jun 28, 2023 https://twitter.com/jlsteenwyk/status/1673736267081867265 🧬Jacob L Steenwyk on Twitter: "Why haven't we resolved the Tree of Life? In a NEW publication out in @NatureRevGenet, we discuss #biological and analytical factors contributing to #incongruence in the #phylogenomic era and synthesize current best practices for addressing them. 🔗: https://t.co/6wUJB0TZ3Q https://t.co/BcAAuVULux" / Twitter
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2:57 AM · Mar 31, 2023 https://twitter.com/MicrobiomeJ/status/1641499976424386560 Microbiome on Twitter: "Beehives reveal city health and metagenomes - these could have real world implications for monitoring #epidemics and #pandemics! @lschriml @joyemwatts @IanDEALidbury @jac_ravel @sharonhuws https://t.co/o6OcIA5FiK" / Twitter
9:05 PM · Apr 4, 2023 https://twitter.com/NatGeoMagJP/status/1643223278000168960 ナショナルジオグラフィック日本版 on Twitter: "ミツバチの巣から都市に潜む微生物がわかる、東京などで調査: ニューヨークなど世界5都市で調査。それぞれに固有の特徴が見つかりました。都市の環境や動物、そして人間の健康状態を知るのに役立つ可能性があります。 https://t.co/ct9a2G1W6p #ナショジオ" / Twitter
https://news.yahoo.co.jp/articles/fdbbd73372a41f2cf656b326bc90afb144e13cce?page=2 ミツバチの巣から都市に潜む微生物がわかる、世界5都市で調査、東京で見つかったのはなんと!(ナショナル ジオグラフィック日本版) - Yahoo!ニュース
https://news.goo.ne.jp/article/natgeo/world/natgeo-0000BKXf.html?page=2 ミツバチの巣から都市に潜む微生物がわかる、東京などで調査(ナショナル ジオグラフィック日本版) - goo ニュース
11:32 AM · Mar 7, 2023 https://twitter.com/M123Takahashi/status/1632932093461397507 高橋将宜 Masayoshi Takahashi on Twitter: "添付の図は,1標本t検定,2標本t検定,回帰分析,共分散分析を図で表したものです.それぞれの細かい説明は,次ページ以降に続きます.(1/5) https://t.co/xISeUu1sNQ" / Twitter
https://note.com/kgcssk/n/n86abb18d46b4 0048 最初が肝心|海洋性ゴリラ研究者|note
https://sites.google.com/view/shiraki/2?pli=1 ShirakiLab(公式) - 2 学ぶ目的と方法 つい忘れがちだが、大学は学びの場所である。では学びとは何か
https://www.sbj.or.jp/wp-content/uploads/file/sbj/9711/9711_career_academia_1.pdf M1で論文を書く研究室の運営 白木賢太郎
2023年03月 刊行
https://www.kinpodo-pub.co.jp/book/1950-8/ 超入門! Rでできるビジュアル統計学 解析編 学会・論文発表に役立つデータ可視化マニュアル - 株式会社 金芳堂 ISBN 978-4-7653-1950-8
8:45 AM · Mar 8, 2023 https://twitter.com/RF_epidemiol/status/1633252484448747521 Ryosuke Fujii (Ryo) 🦒 藤井亮輔 on Twitter: "【拡散歓迎】可視化本の[続編]が出ます🎉(1/n) 推測統計をメインに可視化の実践まで学習できる一冊です! 『超入門!Rでできるビジュアル統計学 解析編 学会・論文発表に役立つデータ可視化マニュアル』3,400円+税(フルカラー184ページ) #visR2023 @kinpodo_pub https://t.co/cQsMSAB18v" / Twitter
2013.08.28
https://www.nttpub.co.jp/search/books/detail/100002272 自然を名づける なぜ生物分類では直感と科学が衝突するのか|書籍出版|NTT出版
https://shorebird.hatenablog.com/entry/20131014/1381746998 「自然を名づける」 - shorebird 進化心理学中心の書評など
2013年09月12日 https://honz.jp/articles/-/32302 『自然を名づける―なぜ生物分類では直感と科学が衝突するのか』 分類学の進化 - HONZ
2010-09-20 https://shorebird.hatenablog.com/entry/20100920/1284933356 「進化論はなぜ哲学の問題になるのか」 - shorebird 進化心理学中心の書評など
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758112161/6.html PEAK books:人類は感染症とともに生きていく〜学校では教えてくれないパンデミックとワクチンの現代史 - 羊土社 PEAK books 人類は感染症とともに生きていく 学校では教えてくれないパンデミックとワクチンの現代史 ミーラ・センティリンガム,Meera Senthilingam/著,石黒千秋/翻訳 2020年12月18日発行 四六判 207ページ ISBN 978-4-7581-1216-1
https://peak.yodosha.jp/book_list/978-4-7581-1216-1/ 人類は感染症とともに生きていく 〜学校では教えてくれないパンデミックとワクチンの現代史 | PEAK books ピークブックス:科学と医療をこよなく愛する編集者が生み出した書籍レーベル
2020/12/25 13:39 https://note.com/peakbooks/n/nb44cee2b6734 『人類は感染症とともに生きていく 〜学校では教えてくれないパンデミックとワクチンの現代史』 【編集後記】|PEAK books(ピークブックス)|note
https://twitter.com/search?q=%22ウイルスの世紀%22&src=typed_query&f=top https://twitter.com/search?q=%22ウイルスの意味論%22&src=typed_query
https://twitter.com/bonohu/status/1418747488136163329 トクニンティヌス on Twitter: "“Dockerを使うべきか、使わざるべきか / そのツールのインストールに難があるとか、ヘテロな実行環境での利用を教える必要がある時など、ものすごくメリットがある。 特に、新たなツールを導入するときによく…” / “ぼうのブログ” https://t.co/AuI7mvfJFE" / Twitter http://bonohu.jp/blog/to-docker-or-not-to-docker.html ぼうのブログ To Docker or Not to Docker Dockerを使うべきか、使わざるべきか
https://twitter.com/kagakubarKIWI/status/1417781842829221892 大人の科学バー on Twitter: "【Web科学バーを更新しました!】新連載「進化の目で見る生き物たち」がスタート! 進化生物学者である著者が、世界中で長年撮りためた貴重な写真と文章で思いのままに「生き物」を語ります。◎第1話「コウモリの自然史」https://t.co/564EcIMar9 文と写真:長谷川政美。写真:コウモリの翼の構造。 https://t.co/6ybjRrqO8k" / Twitter https://kagakubar.com/creature/01.html 進化の目で見る生き物たち|科学バー
9:47 AM · May 20, 2021 https://twitter.com/kagakubarKIWI/status/1395179277767696384 大人の科学バー on Twitter: "【Web科学バーの最新話】好評連載「ウイルスという存在」第31話はエピローグです。昨年10月から始まり半年以上にわたった当連載は今回で終了。文献に基づいた信頼できるウイルスの話をまとめて。https://t.co/ImyYTfPNEt 文:長谷川政美(進化生物学者)。写真:エルンスト・マイヤー(1904~2005年) https://t.co/wTTGhwKlbw" / Twitter https://kagakubar.com/virus/31.html ウイルスという存在|科学バー ーヒトの進化にどうかかわってきたのかー 第31話 エピローグ 文と写真 長谷川政美 完
https://twitter.com/setsunanpharm/status/1409678406321532931 微生物学担当教員 on Twitter: "Nature ダイジェストの新型コロナウイルス感染と換気に関する記事を紹介します。換気の悪い室内空間は最も危険な感染のホットスポットになり得ると述べています。ウイルス量を測定できなくても二酸化炭素濃度で換気の良し悪しが分かるようです。https://t.co/jrBIOazUAT" / Twitter 室内という、最も危険な感染ホットスポット | Nature ダイジェスト | Nature Portfolio:
https://magattaca.hatenablog.com/entry/2021/08/14/153214 多重配列アラインメントに含まれる構造情報について ~ Potts modelとついでにTransformer~ - magattacaのブログ
https://twitter.com/ong8181/status/1426481056568381442 M.Ushio on Twitter: "ブログ更新しました。「定量的な環境DNAメタバーコーディング」 について書きました。 https://t.co/LsZzsohkrX" / Twitter https://ushio-ecology-blog.blogspot.com/2021/08/20210814blogger0016.html Ushio's blog: 定量的な環境 DNA メタバーコーディング
2021-11-25
スティーブン・ジェイ・グールド
https://www.kousakusha.co.jp/BOOK/ISBN978-4-87502-535-1.html 進化理論の構造 2/工作舎 https://www.kousakusha.co.jp/BOOK/ISBN978-4-87502-534-4.html 進化理論の構造 1/工作舎
6:51 PM · Dec 2, 2021 https://twitter.com/n0rr/status/1466344203936415744 カブトムシゲノム読み柱誇張しのぶ on Twitter: "p.0020 "ダーウィンは、その一節を付け加えることで、腹心の友であるトマス・ヘンリー・ハクスリーが主唱する、科学とは「系統立てられた良識」であるという世に名高い定義へも異議を唱えた。" スティーブン・J・グールド 渡辺政隆 訳 進化理論の構造 Ⅰ 工作舎 The structure of evolutionary theory" / Twitter
10:28 AM · Nov 18, 2021 https://twitter.com/leeswijzer/status/1461144246782935040 Minaka Nobuhiro 『読む・打つ・書く』の人 on Twitter: "[蒐書日誌]せっかく “塩漬け” 原稿を心機一転して再起動しようとしたら,絶妙なタイミングで計2,000ページの “鈍器本” が新宿から着弾なう.ご恵贈まことにありがとうございます. “鈍器本” というネーミングはこの本のためにあるようなもの. https://t.co/wBrT03N6Fl" / Twitter
9:29 PM · Sep 26, 2021 https://twitter.com/leeswijzer/status/1442104033490001926 Minaka Nobuhiro 『読む・打つ・書く』の人 on Twitter: "[蒐書日誌]スティーヴン・ジェイ・グールド[渡辺政隆訳]『進化理論の構造(1・2)』(2021年11月刊行予定,工作舎 https://t.co/6f7gKbLSiR )※究極の “鈍器本” が満を持して(いったい何年待っただろうか)翻訳出版されるとの予告.全2巻で2,000ページ! この際,価格はどうでもいいのだ." / Twitter
2021年12月10日 三中信宏氏 https://www.works-i.com/works/series/academia/detail011.html 人事のアカデミア体系学 「分類」と「系統樹」を使って多様な世界を理解する https://www.works-i.com/works/series/academia/detail011.html
9:17 PM · Dec 24, 2021 https://twitter.com/9w9w9w92/status/1474353642673426432 尾上正人 on Twitter: "石川統・斎藤成也・佐藤矩行・長谷川眞理子編(2005)『進化学の方法と歴史 シリーズ進化学7』岩波書店 https://t.co/xPqxa9hnLi https://t.co/7CxQmPRE1r https://t.co/f7BRKnyy0k https://t.co/NJtPX92q2Y https://t.co/SutNj9TOp9 ぃょぃょクライマックス!!w" / Twitter
8:51 PM · Nov 27, 2021 https://twitter.com/9w9w9w92/status/1464562444005568517 尾上正人 on Twitter: "石川統・斎藤成也・佐藤矩行・長谷川眞理子編(2006)『遺伝子とゲノムの進化 シリーズ進化学2』岩波書店 https://t.co/NJtPX9jt4Y" / Twitter
https://twitter.com/9w9w9w92/status/1467383743984074759 尾上正人 on Twitter: "小林一三[!!]「ゲノムはなぜ変わるのか——原核生物を中心に」107-75頁" / Twitter
「染色体二重鎖DNAの『G/Cという塩基対について、Gがリーディング鎖のほうに多い』という、『GCスキュー』と呼ばれる現象が発見されている。…その程度は、遺伝子間領域とコドン第3文字目という共に選択圧の弱いサイトで大きいので、突然変異生成の偏りが原因と考えられている」112-3頁
「ゲノム解読と近縁ゲノム比較解析が進んだことで明らかになってきたのは、ゲノムの著しい流動性であった…ゲノム配列は、『絶えず動き続けるゲノムのひとつのスナップショットにすぎない』とよく言われる」113頁
4:10 PM · Dec 5, 2021 https://twitter.com/9w9w9w92/status/1467390895385452551 尾上正人 on Twitter: "「ピロリ菌…は、集団遺伝学で言う『連鎖平衡』が成り立っていることが知られている生物である。それほど高い見かけ上の組換え率は、『ひとつの系列が1人のヒトの胃に棲み着き、他の系列から隔離される』というライフ・スタイルのため…他の系列との競争にさらされずそこで生き続けるわけである 117-8" / Twitter
9:57 AM · Nov 22, 2021 https://twitter.com/9w9w9w92/status/1462585929349021697 尾上正人 on Twitter: "石川統・斎藤成也・佐藤矩行・長谷川眞理子編(2004)『マクロ進化と全生物の系統分類 シリーズ進化学1』岩波書店 研究室の積ん読解消がだいたい終わったので、職場図書館の積ん読解消を始めましたw(文系大学なのでそんなにたくさんはありませんが)" / Twitter
3:54 PM · Sep 2, 2018 https://twitter.com/9w9w9w92/status/1036145347897131013 尾上正人 on Twitter: "石川統・斎藤成也・佐藤矩行・長谷川眞理子編(2006)『ヒトの進化 シリーズ進化学5』岩波書店" / Twitter
6:07 AM · Jul 19, 2021 https://twitter.com/Yh_Taguchi/status/1416867223570829312 田口善弘 on Twitter: "拙著販促ショートショート第3話です 話せない男性の脳波を完全な文章に「翻訳」 世界初の装置開発 米 https://t.co/42EYB40UIf 巷で話題の7/16に流れたこの話題↑ですが、この技術が発達した先にあるものをショートショートで考察しました。 1話:https://t.co/eUnB0foShA 2話:https://t.co/x2pV36qO9a" / Twitter
2:32 AM · Nov 24, 2021 https://twitter.com/Sakura_Med_DSci/status/1463198829755330562 さくら🌸医療統計・データサイエンス on Twitter: "ランダム化比較試験のような介入研究(研究目的で薬剤投与する等)の場合、見たい効果量を検出できるサンプルサイズを研究前に設定します。 この時、必要以上にサンプルサイズが大きすぎると良くないです。 なぜでしょうか? (続)" / Twitter
2021-10-02
https://github.com/veg/hyphy/issues?q=GARD
https://github.com/veg/hyphy/issues?q=GARD+is%3Aclosed
veg/hyphy#1404 How to interpret GARD results ? · Issue #1404 · veg/hyphy
veg/hyphy#1392 GARD output for selection analyses · Issue #1392 · veg/hyphy
veg/hyphy#1288 Question about GARD output · Issue #1288 · veg/hyphy
veg/hyphy#895 interpreting GARD results: p-value differences across breakpoint · Issue #895 · veg/hyphy
veg/datamonkey-js#188 GARD results description confusing (at least) · Issue #188 · veg/datamonkey-js
2021-09-27
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33397505/ Comment Microbiome . 2021 Jan 4;9(1):3. doi: 10.1186/s40168-020-00950-6. Comment on "Conserved phylogenetic distribution and limited antibiotic resistance of class 1 integrons revealed by assessing the bacterial genome and plasmid collection" by A.N. Zhang et al Paul H Roy 1 2, Sally R Partridge 3, Ruth M Hall 4 https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00950-6 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/pmc/articles/PMC7784347/
https://www.pnas.org/content/118/35/e2104685118 Classifying mobile genetic elements and their interactions from sequence data: The importance of existing biological knowledge
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https://github.com/haruosuz/evolve/blob/master/references/README.evolve.tools.md
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https://github.com/haruosuz/evolve/blob/master/references/README.evolve.jargon.md#outgroup
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https://github.com/haruosuz/evolve/blob/master/references/README.evolve.jargon.md#root
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http://phylobotanist.blogspot.com/2015/01/how-to-root-phylogenetic-tree-outgroup.html How to root a phylogenetic tree: outgroup, midpoint and other methods
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http://cabbagesofdoom.blogspot.com/2012/06/how-to-root-phylogenetic-tree.html How to root a phylogenetic tree Unrooted. Midpoint Rooting. Outgroup Rooting. Why does the root matter? Related post: How to read a phylogenetic tree.
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https://nextstrain.org/help/general/how-to-read-a-tree How to interpret the phylogenetic trees
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https://github.com/haruosuz/weblog/blob/master/references/README.academic.md#2012-11-21 2012-11-21 論理が伝わる 世界標準の「書く技術」
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https://github.com/haruosuz/weblog/blob/master/references/README.academic.md#2001-01-01 2001-01-01 どう書くか ―理科系のための論文作法―
- AMR
- https://asm.org/Articles/2020/November/Some-Good-News-for-World-Antimicrobial-Awareness-W
- https://www.cdc.gov/drugresistance/biggest-threats.html
人と物の移動により微生物が移動する
出典: Zhu et al. (2017) Science. 357(6356):1099-1100. "Microbial mass movements."
Faria et al. (2016) Science. 352(6283):345-349. "Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings.”
https://www.primate.or.jp/serialization/109%EF%BC%8Eブラジルでの小頭症は1個のアミノ酸が置換し/ ブラジルにウイルスが持ち込まれた経路については、2014年のサッカー・ワールドカップ(6月から7月)、その直後のリオデジャネイロでのカヌー競技(8月)、2013年6月のコンフェデレーション・カップが候補に挙げられていた。ジカウイルスのゲノムでは、1年間に1000塩基中の1個の割合で変異が起きていると推定されている。この分子進化速度に基づいて計算すると、ウイルスがアメリカ大陸に持ち込まれた時期は、ワールドカップやカヌー競技よりも前で、コンフェデレーション・カップの時期に一致していた。しかし、この競技はポリネシアで最初のジカウイルス感染が確認される前に終わっていたため、このイベントとは関係ないと考えられた(1)。
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/27013429/ Science . 2016 Apr 15;352(6283):345-349. doi: 10.1126/science.aaf5036. Epub 2016 Mar 24. Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetic findings https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4918795/ https://science.sciencemag.org/content/352/6283/345.long
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/32265315 mSystems. 2020 Apr 7;5(2). pii: e00245-20. doi: 10.1128/mSystems.00245-20. 2019 Novel Coronavirus (COVID-19) Pandemic: Built Environment Considerations To Reduce Transmission. Dietz L#1, Horve PF#2, Coil DA3, Fretz M1,4, Eisen JA5,6,3, Van Den Wymelenberg K1,4. https://msystems.asm.org/content/5/2/e00245-20 人工環境(built environment; BE)の微生物学研究と新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)に関する既知の情報を統合し、感染を減らすための実行可能なガイダンスを提供
- 室内温度では、相対湿度(RH)40%以上は一般的なウィルスの生存に有害である(63, 66, 67)
- 高いRHは感染性インフルエンザウイルスを減少させる(67)
- 高いRHはウイルス粒子の空気中の飛散を減少させる(63, 68, 69)
- 高湿度は、脂質膜に影響を与え、ウイルスを不活性化する(70, 71)
- 湿度の変化は、個人がウイルス粒子による感染を受けやすいかどうか(72)、ウイルス粒子がどの程度まで気道に沈着しやすいか(68)に影響を与える可能性
- RHの低下は、侵入した病原体の気道粘液線毛クリアランス mucociliary clearance (MCC)を減少させ、自然免疫応答を弱める(72-74)
- しかし、RH80%以上は、カビの増殖を促進する(健康に有害な)可能性(75)
相対湿度(RH)40-60%を推奨 https://40to60rh.com
https://twitter.com/VirusesImmunity/status/1320430656481120256 Prof. Akiko Iwasaki @VirusesImmunity As we approach the cold winter months in the Northern Hemisphere, I want to share these movies of mucociliary clearance (MCC) in the trachea of mice housed at 10% vs. 50% relative humidity (RH). Captured by @ericsongg (1/n)
12:48 PM · Nov 29, 2020 https://twitter.com/antiplastics/status/1332894189185421312 もじゃもじゃのほう (Koki Tsuyuzaki) on Twitter: "「バイオインフォ分野におけるtidyなデータ解析の最新動向」 の発表資料を公開しました #mishimasyk https://t.co/87XxMi6iK6" / Twitter Published on Nov 29, 2020 https://www2.slideshare.net/antiplastics/tidy-239579849 バイオインフォ分野におけるtidyなデータ解析の最新動向
2018-08-31 https://www.krsk-phs.com/entry/simpsonparadox データ分析の不思議、シンプソンのパラドックスを統計的因果推論から考える - Unboundedly
Published: September 11, 2014 https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1003833 Ten Simple Rules for Better Figures
EVOLVE、TAXA、生物学基礎論研究会MLのみなさま(重複ご容赦ください)
会津大学の網谷祐一です。先日拙著『種を語ること、定義すること』(勁草書房)についての投稿をいたしましたが、 二つ補足の情報をお伝えします。
1)拙著の前書きが勁草書房のウェブサイト「けいそうビブリオフィル」にて公開されています。https://keisobiblio.com/2020/12/15/atogakitachiyomi_shuwokatarukoto/
2)プロモーションの一環として執筆した記事が「現代ビジネス」にて公開されています。 https://gendai.ismedia.jp/articles/-/78398 こちらは本の内容そのものではなく、哲学と科学の関係についての簡単な考察になっています。
https://shorebird.hatenablog.com/entry/2020/11/26/103746 書評 「生物群集を理解する」 - shorebird 進化心理学中心の書評など
https://www.kyoto-up.or.jp/books/9784876983438.html シリーズ群集生態学 1 生物群集を理解する 大串 隆之・近藤 倫生・難波 利幸 編
2019年1月15日
https://www.nikkeibp.co.jp/atclpubmkt/book/19/P89600/ FACTFULNESS(ファクトフルネス)10の思い込みを乗り越え、データを基に世界を正しく見る習慣|日経BPブックナビ【公式サイト】 ISBN 978-4-8222-8960-7
※電子書籍は価格や一部内容が異なる場合がございます。
https://www.flierinc.com/summary/1784 FACTFULNESS / 10の思い込みを乗り越え、データを基に世界を正しく見る習慣 | 本の要約サイト flier(フライヤー)
2016-02-10
https://y-mattu.hatenablog.com/entry/2016/02/28/203515 『R言語徹底解説』(原著 "Advanced R")を読んだので感想を書く - ★データ解析備忘録★
https://www.amazon.co.jp/dp/432012393X 電子版、かつ英語に抵抗がなければ、http://adv-r.had.co.nz/ から同じ内容が無料で読める。
http://adv-r.had.co.nz/ Welcome · Advanced R.
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320123939 R言語徹底解説 / Hadley Wickham 著 石田 基広 市川 太祐 高柳 慎一 福島 真太朗 訳 | 共立出版 ISBN 978-4-320-12393-9
2016年02月12日 https://qiita.com/nakamichi/items/3d52e292789bfcfc9dc8 「R言語徹底解説」入門 - Qiita
2017-11-28
http://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320124264 Rプログラミング本格入門 ―達人データサイエンティストへの道― / Kun Ren 著 湯谷 啓明 松村 杏子 市川 太祐 訳 株式会社ホクソエム 監訳 | 共立出版 発売日 2017年11月28日
本書のサポートサイト
http://estrellita.hatenablog.com/entry/2017/11/30/174650 Rプログラミング本格入門をご恵贈頂きました - INPUTしたらOUTPUT!
https://www.mita-hyoron.keio.ac.jp/features/2020/ 特集|三田評論ONLINE
https://ocoshite.me/how-to-use-paperpile Googleと相性抜群の文献管理ソフト「Paperpile」 | minoblog
https://yokazaki.hatenablog.com/entry/2019/10/17/233545 琵琶湖の細菌・ウイルスのゲノムカタログ - yokaのblog
https://yokazaki.hatenablog.com/entry/2019/06/16/232833 登った山からの景色は楽しまなければならない - yokaのblog
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/31608575/ Environ Microbiol . 2019 Dec;21(12):4740-4754. doi: 10.1111/1462-2920.14816. Epub 2019 Nov 6. Genome-resolved viral and cellular metagenomes revealed potential key virus-host interactions in a deep freshwater lake Yusuke Okazaki 1 2, Yosuke Nishimura 3 4 5, Takashi Yoshida 3, Hiroyuki Ogata 4, Shin-Ichi Nakano https://sfamjournals.onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1462-2920.14816
http://cse.naro.affrc.go.jp/minaka/R/R-top.html 租界〈R〉の門前にて 『農業と環境』に2012年8月から2013年8月まで連載されました. ■農環研ウェブ高座「農業環境のための統計学」 掲載リスト http://www.naro.affrc.go.jp/archive/niaes/magazine/157/mgzn15702.html 農環研ウェブ高座 「農業環境のための統計学」 第9回 (農業と環境 No.157 2013.5)
3:23 AM · May 20, 2020 https://twitter.com/Chjulian/status/1262811239048253440 Ch. Julian Villabona-Arenas on Twitter: "Genome sequences of SARS-CoV-2 allow phylogenetic investigation. @BillHanage, @DamienTully & I advise caution interpreting these phylogenies w/o additional (epidemiological) information. Sequences may exhibit limited variability and sampling may be biased. https://t.co/DskfVKHPcv" / Twitter https://www.nature.com/articles/s41564-020-0738-5 Phylogenetic interpretation during outbreaks requires caution | Nature Microbiology
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-030-38281-0 The Pangenome Diversity, Dynamics and Evolution of Genomes
3:07 AM · May 5, 2020 https://twitter.com/jomcinerney/status/1257371283819462658 James McInerney on Twitter: "#OA New book chapter with @alanmcn1 @Evol_Molly @whelanfj @blackpassiflora McInerney JO, Whelan FJ, Domingo-Sananes MR, McNally A, O’Connell MJ (2020) Pangenomes and Selection: The Public Goods Hypothesis. In: Tettelin H., Medini D. (eds) The Pangenome https://t.co/EoLCWAO9pL https://t.co/QLyjSBXRUg" / Twitter
10:45 PM · May 4, 2020 https://twitter.com/XavierDidelot/status/1257305244146360320 Xavier Didelot on Twitter: "I'm pleased to have contributed a chapter with @LassalleFlo to this great new book on pangenome evolution and even more pleased that it is completely open access! https://t.co/EBytWHZVnn https://t.co/kPDXGWcZqQ" / Twitter
2023.06.13 https://scienceportal.jst.go.jp/newsflash/20230613_n01/ 遺伝子の消えやすさ、ゲノムの特徴も関係か 遺伝研など | Science Portal - 科学技術の最新情報サイト「サイエンスポータル」
進化の過程で生物から遺伝子が消えていく要因には、機能の要不要だけでなくDNA配列などゲノム(遺伝情報)の物理化学的な特徴も絡んでいる可能性があることを、国立遺伝学研究所などが発表した。研究チームが哺乳類の遺伝子情報を解析し、明らかにした。将来的には、病気を引き起こしやすい遺伝子の探索に応用できる可能性がある。
生物進化において、生存に有利な遺伝子は広がりやすく、機能がいらなくなった遺伝子は消えやすいとされる。東京都医学総合研究所の原雄一郎主席研究員(ゲノム科学)と遺伝研の工樂樹洋教授は、理化学研究所で分子進化学を専門としてゲノム解読などに取り組む中、「遺伝子の消えやすさにゲノムの物理化学的特徴も影響するのではないか」と研究を発案。欧米のゲノム情報データベースにある遺伝子の中から消えやすい遺伝子を探し、その特徴を調べることにした。
5:10 PM · Apr 25, 2023 https://twitter.com/sabifo4/status/1650774282387988480 Sandra Álvarez on Twitter: "Using PAML to detect positive selection but need some guidance? @PKapli , @zihengyang , and I have been working on a protocol that we hope you find useful. The "Beginner's Guide on the Use of PAML to Detect Positive Selection" is now available! https://t.co/JW7e0uQXF3 (1/n)" / Twitter https://academic.oup.com/mbe/article/40/4/msad041/7140562 Beginner's Guide on the Use of PAML to Detect Positive Selection | Molecular Biology and Evolution | Oxford Academic
8:00 PM · May 26, 2023 https://twitter.com/Amamino_Kurousa/status/1662051012293668870 Amamino Kurousagi on Twitter: "『なんでHPV🦠感染が子宮頸がんの原因だと分かるの?』 素晴らしい質問だ。たった一言の質問だが、これがわかるまでには、仮説として提出されてからの、無数の科学者と(研究に参加した患者たち)の20年にわたるエビデンスの蓄積があるわけだ。 追体験してみる?😊 →" / Twitter
9:14 AM · Nov 23, 2022 https://twitter.com/y_tambe/status/1595209086001238016 Y Tambe on Twitter: "講談社webブルーバックスでコラム公開されました。 ありがたくない冬の風物詩「ノロウイルス」寒い時期になぜ流行る?(旦部 幸博,北川 善紀) | ブルーバックス | 講談社(1/3) https://t.co/BvUh0qJIyH" / Twitter https://gendai.media/articles/-/100934 ありがたくない冬の風物詩「ノロウイルス」寒い時期になぜ流行る?(旦部 幸博,北川 善紀) | ブルーバックス | 講談社(1/3)
9:24 AM · Nov 17, 2022 https://twitter.com/y_tambe/status/1593037409972731904 Y Tambe on Twitter: "講談社WEBブルーバックスでコラムが公開されました。 なぜ生物兵器に利用される? 細菌学の由緒正しき微生物「炭疽菌」(旦部 幸博,北川 善紀) | ブルーバックス | 講談社(1/4) https://t.co/mL1sTP4uCm" / Twitter 2022.11.16 https://gendai.media/articles/-/100721 なぜ生物兵器に利用される? 細菌学の由緒正しき微生物「炭疽菌」(旦部 幸博,北川 善紀) | ブルーバックス | 講談社(1/4)
2022-08-18
https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000368928 『最小にして人類最大の宿敵 病原体の世界 歴史をも動かすミクロの攻防』(旦部 幸博,北川 善紀):ブルーバックス|講談社BOOK倶楽部