Cy_model
Краткая сводка информации по циановым меткам, которые мы используем
Циановые метки
| Флюорофоры | Ex(nm) | Em(nm) | Qy | Радиус красителя (Å) |
|---|---|---|---|---|
| Cy3 | 5531 | 5681 | 0,152 | 73 |
| Cy5 | 6531 | 6721 | 0,272 | 83 |
- Ex (нм): длина волны возбуждения в нанометрах
- Em (нм): длина волны излучения в нанометрах
- Qy: квантовый выход
- Мы используем Cy3 и Cy5 с линкерами от Lumiprobe и Syntol
3 - Радиусы крсителей измерялся в програме Avogadro как указано на рисунке ниже:
Циановые метки от Lumiprobe
Циановые метки от Syntol
| Компания | Флюорофоры | Радиус красителя (Å) | Длина линкера(Å) | Число связей | Медианная длина красителя с линкером (Å) |
|---|---|---|---|---|---|
| Lumiprobe | Cy3 | 73 | 104 | 255 | 256 |
| Lumiprobe | Cy5 | 83 | 104 | 255 | 286 |
| Syntol | Cy3 | 73 | 94 | 195 | 186 |
| Syntol | Cy5 | 83 | 94 | 195 | 206 |
4 - Расчеты длины линкера были произведены по упрощенной модели (где линке представлен в виде алкана), из кол-ва связей и длины связи С-С рассчитывалась средняя длина линкера7, 8.
Формула:
Где N - число связий; l - длинна связи = 0,15 нм(1.5 A); θ - внешний угол связи = 70.33°
5 - Количество связей от кольца основания до N красителя
Стосит отметить что в линкере от lumiprobe помимо большего количества связий, в центре линкера присудствует 5-ти членное кольцо с тремя N.
6 - Медианная длина красителя с линкером расчитывалась по коду лежащему на Jupyter по пути: _projects/2020_MD_FRET_modelling_NV/Md_analysis/FRETstein (1).ipynb