NGSHandson2017 Hi-C解析

事前準備

元論文

http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867414014974
A 3D Map of the Human Genome at Kilobase Resolution Reveals Principles of Chromatin Looping
Rao et al, 2014

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE63525
から
サンプルHIC020 （GSM1551569）: SRR1658592
サンプルHIC022 （GSM1551571）: SRR1658594, SRR1658595
をダウンロード

SRA Toolkit のダウンロード
https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software
fastq-dump --origfmt --gzip --split-files --accession SRR1658592
などでダウンロード、R1R2に分解。

ヒトゲノムリファレンス配列hg19の各染色体配列をダウンロード。
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chr*.fa.gz
chr1-22, chrX, chrY, chrM
ギャップ情報も
wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/gap.txt.gz
でダウンロードしておく。

ソースコードは http://samtools.sourceforge.net 中段のダウンロードページから。
configureしてmake

macの場合はbrew install hdf5でもOK.
Ubuntuの場合はsudo apt-get install libhdf5-serial-dev も必要。

condaやpipで以下をインストール
cython
biopython
joblib
pysam
bx-python
numpyは必要に応じて適宜、環境を区切って特定のバージョンを入れることが必要かも

https://bitbucket.org/mirnylab/mirnylib/get/tip.zip
python install_linux.py
fopenmpなどがない場合は適宜インストール。
PYTHONPATHを通しておく。

https://bitbucket.org/mirnylab/hiclib/get/85979ac69b55.zip
からダウンロード。
ドキュメントは https://mirnylab.bitbucket.io/hiclib/
python install_linux.py
PYTHONPATHを通しておく。

bowtie2-build ./chr*.fa hg19
環境によってはヒトゲノムで２時間弱かかる。