/CNCFlora

Repositório com scripts R para preparação e pre-validação de dados para avaliação de risco de extinção da flora

Repositório com scripts R para download, pre-validação e preparação de dados para avaliação de risco de extinção da flora

Contexto e motivação

O Brasil é signatário da Estratégia Global de Conservação de Plantas (Global Strategy for Plant Conservation - GSPC) que norteia as ações de conservação dos países pela Convenção da Diversidade Biológica. A meta 2 da GSPC prevê avaliar o risco de extinção de toda a flora do planeta até 2020. O Centro Nacional de Conservação da Flora (CNCFlora) foi criado em 2008 como referência brasileira em geração, coordenação e difusão de informação sobre biodiversidade e estado de conservação da flora ameaçada de extinção do país. Apesar dos enormes avanços conduzidos pelo CNCFlora na avaliação do estado de conservação das espécies da flora nativa, o Brasil ainda está longe de atingir a meta 2 da GSPC contando atualmente com aproximadamente 20% de toda sua flora avaliada.

Objetivos

Otimizar e agilizar o processamento de informações das espécies para avaliação do risco de extinção.

Índice scripts

  1. Baixar e formatar dados Flora do Brasil 2020 (FB202; IPT)
  2. Cruzar inforamações FB2020
  3. Baixar, organizar, juntar e limpar dados do GBIF, speciesLink e REFLORA
    03.1. GBIF utilizando o pacote rgbif
    03.2. speciesLink utilizando API
    03.3. REFLORA utilizando API
    03.4. Junção das ocorrências
  4. Limpezas espaciais e adicionar centróides dos municípios nas coordenadas
  5. Estimando EOO e AOO
  6. Buscando uso das espécies (fonte: Useful Tropical Plants Database)
  7. Cruzar o tipo de vegetação com código IUCN
  8. Apêndice CITES (Convention on International Trade in Endangered Species of Wild Fauna and Flora)
  9. Ocorrência em Unidades de Conservação
  10. Juntando todos os dados

Funções

  1. FB2020_get_taxon_scientificname_from_API
  2. GlobalTreeSearch_Check_Specie
  3. IUCNRedList_Check_Specie
  4. reflora_get_all_records_scientificname_HTML_API
  5. splink_get_record_scientificname_API

Desenvolvedores