Lesson 1 (raw notebook) (script)
Lesson 2 (raw notebook) (script)
Lesson 3 (raw notebook) (script)
Lesson 4 (raw notebook) (script)
Lesson 5 (raw notebook) (script)
mycoplasma_genitalium_G37.gff3
Lesson 6 (raw notebook) (script)
A breve termine (1-7), a medio termine (8-14), simil ricerca(15-18)
- Hapaxicità su genomi random con varie distribuzioni
- 1 gruppo
- Correlazione nei genomi random tra HB e alcune distanze tra distribuzioni
- 1 gruppo
- Implementazione di SA ed LCP in cython (+ N array in c)
- Caratterizzazione di pangenome per specie
- 1 gruppo
- Divergenze e similarità su genomi e pangenome
- 1 gruppo
- Usare l’indice di coding C3 per distinguere protein coding da non-protein coding
- 1 gruppo
- Word elongation per classi di regioni genomice (es. Geni, promotori, non-coding, etc…)
- 1 gruppo
- Segmentazione, modi di segmentare, segmentazione e coverage, segmentazione e similarità
- 1 gruppo
- Caratterizzazione di genomi (pangenomini) tramite grafi di de Brujin
- Confronto di genomi (pangenomini) tramite grafi di de Brujin
- 1 gruppo
- TAD (topological association domains) e creodi
- 1 gruppo
- Sostituire l’N array con rank(select) (in collaborazione con Dott. M. Rossi)
- Un framework avanzato for la genomica informazionale puramente in python
- 1 gruppo
- Implementazione di un framework per la genomica informazionale basato su biopython
- 1 gruppo
- Unione e intersezione di dizionari tramite strutture dati avanzate (in collaborazione con Dott. M. Rossi)
- Differental k-mers e pangenoma
- Differential k-mers e ortologhi
- Differential k-mers e biomarcatori