Downloading cgMLST profiles
JFsanchezherrero opened this issue · 13 comments
Dear Ignacio,
Great work solving the issue #8 that quick. I guess it would work for everybody.
I am writing here because I am having a problem when downloading cgMLST profiles.
I tried for a simple MLST (7 genes from Staphylococcus aureus):
> downloadPubmlst_profile(org="saureus", scheme=1, dir="DATA/test/PubMLST_scheme1/prf/")
[1] "/home/jsanchez/DATA/test/PubMLST_scheme1/prf/profile_scheme1.tab"
and it worked for me.
But if I try:
> downloadPubmlst_profile(org="saureus", scheme=2, dir="DATA/test/PubMLST_scheme2/prf/")
Error in downloadPubmlst_profile(org = "saureus", scheme = 2, dir = "DATA/test/PubMLST_scheme2/prf/"):
Could not download profile - Invalid input.
I tried to download the sequences using:
downloadPubmlst_seq(org="saureus", scheme=1, dir="DATA/test/PubMLST_scheme1/seq/")
downloadPubmlst_seq(org="saureus", scheme=2, dir="DATA/test/PubMLST_scheme2/seq/")
And both of them worked just perfect.
Finally, I tried with another organism: Salmonella. This one has 4 schemes: 1,3 and 4 are cgMLST and scheme 2 is MLST. I tried:
downloadPubmlst_profile(org="salmonella", scheme=1, dir="DATA/test/PubMLST_scheme2/prf_salmo1/")
downloadPubmlst_profile(org="salmonella", scheme=3, dir="DATA/test/PubMLST_scheme2/prf_salmo2/")
downloadPubmlst_profile(org="salmonella", scheme=4, dir="DATA/test//PubMLST_scheme2/prf_salmo3/")
It only work for me scheme 3 and it downloaded the whole cgMLST profile in just a few minutes. Scheme 1 and 4 failed with the same error output as for Saureus example.
Do you have any idea what is going on? Do you have any suggestion?
Thanks,
Jose
Hi @JFsanchezherrero. It seems that the PubMLST RESTful API is not as standardized as one may think. When we draft the paper we removed cgMLST and wgMLST from the capabilities of MLSTar (with respect to previous pre-prints) because we were aware that the API is different for these big schemes. I think it is fundamentally due to a size problem (the servers have to manage much more information when dealing with cgMLSTs..). The solution is to study the API and to try to programmatically sort all the possible exceptions to the standard 7 loci scheme interphase.
I also think that dealing with these extended MLST would require a more intelligent look up implementation, since I originally crafted MLSTar as a little project for some colleagues in my institute when I was just starting my MSc, and they were analyzing few strains with small 7 loci schemes. Today I have several ideas to improve MLSTar (capabilities, performance, and visualization) but I haven't had the time to implement them during my PhD. Comparing lots of strains against big databases of extended MLST schemes may require to design a better heuristic, and may be to use a better search engine than BLAST (e.g DIAMOND).
Fixing this issue for this particular case I think is trivial since the PubMLST API is quite easy to understand, and it has a very good design. But I'm not sure it will cope with all possible exceptions and I'm a little reticent to implement a partial solution. I will label this issue with a "help wanted" tag, and wait for a good soul to help us while I can't properly address it.
Sorry for the inconvenience.
Hello Ignacio
Is it possible to run the MLSTAR package if we have a pre-downloaded cgmlst or wgmlst scheme?
Thank you
BALA
Hi @balags1, it depends on the file formats you downloaded. The format for cgmlst and wgmlst can vary from the classic 7 loci schemes, as discussed in this thread above. If the format is the same, then you should be able to pass the files to schemeFastas and schemeProfile arguments in the main function.
Dear Ignacio,
I hope you are doing well.
Thanks for this wonderful tool.
I used it around March to identify some STs of my candida albicans strains and it worked perfectly. Although non of my 43 clinical strains were associated with any of the over 3600 profiles.
I tried replicating the analyses recently and I realized the database has been expectedly updated.
so I do
x <- doMLST(infiles = genomes, org = lst[24], scheme = 1)
instead of the previous
x <- doMLST(infiles = genomes, org = lst[21], scheme = 1)
This run successfully to generate the object with all it attributes.
However, when I attempt plotting with plot(x), I get Error in double(n * (n - 1)/2) : invalid 'length' argument as an error.
Any help with this?
Thank you,
Abdul-Rahman
Hi @Rahmmy.
I think C albicans is the number 24, not 21, at least is what I see as today. Check if x contains data:
x$result
x$profileThey should return numeric matrices. If they don't, then it's probably an igraph bug.
Oh, I forgot. I recommend to update the package since I've just merge a pull request fixing a bug.
Thanks for you response.
Yes
x$result x$profile
give numeric matrices. Also, I updated the package this morning too.
`> x$result
AAT1a ACC1 ADP1 MPIb SYA1 VPS13 ZWF1b ST
HSC002 13 7 14 19 34 u18 12 NA
HSC007 33 43 6 4 2 u19 u21 NA
HSC008 33 7 4 34 13 35 NA
HSC012 8 3 6 4 10 3 22 NA
HSC014 13 7 10 4 34 55 271 NA
HSC015 13 43 14 u8 34 32 12 NA
HSC020 13 7 10 19 u18 u23 NA
HSC028 33 u4 93 NA
HSC029 33 7 106 9 53 93 161 NA
HSC030 8 2 2 9 2 24 20 NA
HSC034 8 2 6 9 2 24 20 NA
HSC038 33 7 106 9 30 93 12 NA
HSC041 13 43 14 u9 2 32 271 NA
HSC042 u1 2 u5 9 2 24 20 NA
HSC043 8 3 2 9 2 24 12 NA
HSC044 8 2 2 4 2 24 u24 NA
HSC046 3 2 2 9 2 24 20 NA
HSC047 8 3 2 u10 2 24 u25 NA
HSC048 8 u6 u11 2 u26 NA
HSC050 3 3 6 4 2 24 161 NA
HSC051 3 2 2 9 2 20 u20 NA
HSC054 13 8 14 9 53 47 u24 NA
HSC055 13 13 14 19 u13 274 22 NA
HSC057 13 3 14 19 u14 205 u22 NA
HSC058 36 7 6 4 u15 58 22 NA
HSC059 8 8 6 9 2 24 27 NA
HSC061 13 7 14 4 u16 55 22 NA
HSC062 98 2 106 4 u17 24 u24 NA
HSC063 3 3 2 9 2 24 27 NA
HSC074 33 3 106 9 53 47 22 NA
HSC077 u2 3 6 4 34 13 35 NA
HSC078 3 8 6 9 2 24 12 NA
HSC080 13 7 10 u8 34 32 12 NA
HSC081 3 2 6 9 2 24 27 NA
HSC082 3 2 6 4 2 24 27 NA
HSC083 33 7 106 4 53 93 22 NA
HSC090 3 2 2 9 2 20 u20 NA
HSC094 13 34 u18 NA
HSC097 u3 7 u7 36 29 24 12 NA
HSC098 13 13 10 u8 76 32 22 NA
HSC099 8 3 6 4 34 13 35 NA
HSC100 33 3 30 4 76 3 22 NA
HSC105 13 3 14 4 u12 32 12 NA
tail(x$profile)
AAT1a ACC1 ADP1 MPIb SYA1 VPS13 ZWF1b ST
3594 74 7 16 7 13 165 14 3595
3595 70 7 8 4 7 10 22 3596
3596 105 3 5 2 2 24 5 3597
3597 6 3 37 2 38 50 12 3598
3598 74 7 16 7 13 19 296 3599
3599 21 114 21 19 30 307 22 3600`
May be write here the output of:
dput(x)so I can better look at it.
PS: The update was about an hour ago.
The output is quite verbose see below
`"5", "5", "15", "12", "12", "107", "5", "5", "15", "15",
"12", "15", "49", "84", "4", "15", "22", "20", "84",
"4", "5", "22", "15", "114", "115", "8", "5", "15", "15",
"14", "8", "116", "4", "4", "15", "12", "15", "22", "13",
"8", "8", "35", "8", "8", "8", "5", "117", "4", "40",
"4", "95", "95", "71", "118", "35", "5", "8", "12", "12",
"15", "8", "15", "15", "15", "15", "5", "4", "5", "14",
"37", "15", "12", "35", "8", "22", "4", "8", "27", "15",
"119", "15", "8", "15", "8", "5", "22", "15", "8", "120",
"111", "13", "22", "121", "113", "112", "40", "121",
"13", "119", "95", "13", "113", "1", "113", "15", "15",
"19", "108", "113", "113", "121", "113", "19", "112",
"112", "22", "3", "3", "109", "113", "110", "110", "8",
"121", "1", "15", "113", "113", "113", "113", "113",
"112", "8", "122", "8", "8", "95", "44", "15", "22",
"71", "5", "22", "71", "8", "8", "15", "5", "15", "37",
"52", "15", "5", "15", "22", "95", "16", "8", "20", "22",
"8", "6", "27", "123", "18", "35", "5", "13", "124",
"66", "12", "125", "8", "8", "126", "126", "126", "126",
"126", "18", "4", "126", "5", "12", "127", "14", "6",
"13", "15", "15", "128", "14", "129", "130", "15", "22",
"8", "6", "6", "5", "5", "4", "48", "15", "47", "37",
"8", "6", "15", "5", "20", "131", "5", "4", "40", "132",
"12", "11", "6", "8", "4", "4", "8", "12", "5", "22",
"6", "133", "4", "8", "128", "12", "134", "90", "135",
"128", "5", "6", "95", "5", "6", "5", "5", "136", "22",
"6", "6", "6", "4", "20", "4", "20", "8", "22", "22",
"4", "5", "8", "47", "22", "12", "8", "15", "4", "26",
"26", "12", "8", "16", "15", "137", "8", "2", "8", "5",
"84", "84", "4", "4", "22", "2", "49", "20", "22", "8",
"22", "4", "138", "15", "22", "27", "49", "49", "5",
"4", "4", "35", "6", "22", "22", "4", "4", "4", "22",
"15", "5", "22", "22", "22", "22", "139", "4", "4", "4",
"4", "27", "6", "4", "22", "4", "4", "15", "5", "4",
"4", "22", "4", "4", "4", "4", "22", "22", "20", "25",
"8", "8", "4", "8", "95", "14", "27", "20", "15", "66",
"8", "15", "8", "8", "15", "15", "95", "140", "111",
"95", "6", "6", "6", "4", "20", "5", "20", "20", "111",
"111", "8", "5", "5", "22", "8", "5", "4", "5", "15",
"15", "5", "4", "119", "15", "4", "27", "4", "141", "15",
"8", "15", "4", "5", "4", "5", "8", "31", "5", "22",
"22", "5", "5", "4", "142", "7", "35", "12", "12", "49",
"6", "4", "4", "15", "5", "14", "12", "14", "22", "22",
"12", "15", "5", "4", "22", "125", "22", "15", "40",
"4", "20", "8", "16", "18", "4", "12", "5", "84", "4",
"6", "117", "5", "5", "27", "12", "11", "111", "5", "20",
"22", "4", "4", "6", "136", "5", "5", "15", "15", "11",
"15", "12", "5", "15", "4", "95", "143", "5", "5", "4",
"95", "12", "15", "58", "4", "5", "15", "22", "15", "12",
"4", "12", "22", "5", "15", "4", "12", "16", "5", "8",
"5", "95", "72", "27", "4", "264", "145", "111", "8",
"143", "48", "15", "119", "95", "5", "5", "12", "12",
"4", "4", "6", "4", "27", "15", "15", "5", "146", "5",
"5", "49", "5", "12", "4", "22", "4", "12", "4", "12",
"15", "8", "5", "95", "12", "12", "37", "14", "6", "70",
"15", "5", "15", "15", "6", "15", "5", "147", "15", "15",
"90", "5", "148", "6", "6", "6", "6", "6", "12", "111",
"15", "5", "15", "5", "4", "82", "30", "40", "25", "15",
"97", "30", "20", "5", "5", "5", "5", "52", "52", "8",
"5", "20", "152", "12", "153", "12", "152", "20", "157",
"81", "5", "5", "111", "15", "154", "154", "5", "136",
"155", "156", "5", "15", "5", "37", "8", "5", "5", "15",
"5", "5", "95", "5", "3", "5", "5", "5", "4", "37", "22",
"5", "6", "5", "15", "6", "14", "84", "59", "15", "4",
"16", "16", "4", "50", "4", "5", "12", "12", "20", "20",
"84", "15", "8", "8", "22", "10", "55", "119", "95",
"3", "97", "5", "15", "5", "4", "5", "22", "158", "4",
"8", "15", "12", "12", "8", "15", "5", "5", "15", "20",
"4", "5", "15", "6", "4", "4", "4", "6", "22", "3", "111",
"8", "5", "111", "5", "5", "5", "12", "5", "15", "15",
"22", "95", "8", "55", "22", "5", "15", "4", "15", "12",
"5", "4", "5", "55", "5", "5", "105", "40", "35", "15",
"72", "143", "8", "159", "159", "159", "159", "19", "19",
"19", "66", "66", "87", "4", "4", "84", "50", "87", "4",
"52", "95", "25", "20", "4", "87", "8", "8", "8", "3",
"4", "5", "5", "5", "35", "22", "4", "4", "8", "7", "160",
"22", "4", "4", "8", "12", "5", "12", "95", "22", "95",
"22", "95", "4", "22", "22", "35", "162", "95", "84",
"95", "5", "15", "95", "22", "15", "5", "22", "165",
"27", "30", "13", "29", "20", "15", "95", "94", "64",
"15", "30", "12", "5", "137", "5", "14", "14", "5", "12",
"5", "15", "144", "4", "15", "94", "4", "5", "8", "67",
"4", "22", "5", "5", "22", "4", "22", "14", "6", "28",
"8", "5", "5", "8", "8", "95", "22", "25", "61", "5",
"4", "197", "198", "5", "5", "119", "12", "22", "22",
"8", "14", "22", "52", "4", "22", "28", "26", "19", "5",
"20", "28", "15", "151", "15", "3", "3", "94", "15",
"22", "165", "21", "25", "20", "95", "5", "200", "202",
"22", "12", "22", "22", "22", "22", "22", "22", "36",
"62", "156", "156", "22", "12", "22", "12", "12", "12",
"12", "12", "12", "12", "12", "12", "22", "12", "82",
"12", "12", "82", "12", "82", "12", "82", "12", "194",
"22", "82", "20", "12", "12", "12", "82", "22", "20",
"20", "12", "12", "12", "20", "20", "20", "12", "201",
"20", "203", "160", "8", "5", "123", "5", "4", "22",
"4", "96", "96", "12", "15", "205", "55", "204", "84",
"31", "87", "52", "4", "84", "15", "65", "208", "207",
"12", "82", "22", "22", "82", "60", "60", "82", "12",
"136", "11", "22", "82", "82", "156", "15", "15", "15",
"15", "56", "56", "56", "15", "5", "3", "8", "3", "22",
"12", "3", "12", "15", "22", "119", "6", "152", "12",
"211", "3", "95", "209", "13", "13", "197", "206", "12",
"12", "6", "112", "112", "112", "5", "5", "5", "20",
"15", "15", "119", "22", "119", "119", "206", "12", "22",
"6", "5", "8", "22", "201", "212", "12", "15", "15",
"15", "12", "8", "5", "160", "15", "5", "5", "22", "49",
"5", "5", "25", "5", "5", "5", "119", "15", "119", "119",
"35", "119", "119", "130", "35", "130", "119", "15",
"22", "22", "12", "22", "22", "13", "22", "22", "15",
"15", "15", "15", "15", "95", "15", "8", "14", "15",
"13", "22", "66", "8", "15", "161", "95", "162", "22",
"8", "15", "8", "8", "22", "8", "5", "5", "6", "20",
"94", "5", "4", "12", "15", "15", "15", "5", "5", "27",
"55", "4", "5", "12", "67", "8", "8", "4", "118", "201",
"4", "2", "47", "22", "20", "4", "89", "14", "15", "15",
"201", "95", "15", "20", "4", "15", "213", "22", "3",
"10", "214", "12", "215", "216", "159", "15", "111",
"214", "6", "12", "111", "217", "12", "15", "14", "15",
"95", "111", "6", "13", "119", "130", "218", "15", "6",
"95", "3", "111", "119", "219", "6", "10", "111", "119",
"108", "111", "119", "6", "22", "119", "119", "119",
"5", "119", "15", "14", "15", "111", "5", "16", "6",
"111", "15", "112", "3", "4", "119", "111", "30", "15",
"5", "6", "15", "15", "108", "111", "6", "111", "5",
"112", "111", "47", "119", "4", "35", "95", "12", "15",
"6", "8", "4", "219", "5", "15", "221", "117", "2", "201",
"2", "201", "5", "19", "5", "5", "6", "6", "12", "12",
"22", "15", "12", "13", "22", "37", "112", "12", "202",
"219", "222", "20", "202", "25", "220", "20", "221",
"14", "222", "223", "224", "45", "16", "225", "5", "4",
"31", "5", "2", "2", "15", "22", "226", "8", "12", "107",
"4", "15", "8", "8", "15", "15", "58", "15", "27", "19",
"227", "4", "112", "4", "15", "22", "22", "22", "22",
"12", "5", "149", "5", "5", "5", "22", "59", "15", "12",
"12", "112", "18", "5", "5", "6", "15", "12", "8", "15",
"12", "35", "5", "5", "65", "5", "12", "5", "148", "5",
"48", "15", "5", "15", "8", "48", "5", "5", "111", "12",
"15", "5", "5", "119", "15", "95", "12", "15", "22",
"15", "112", "139", "8", "228", "5", "229", "15", "15",
"22", "108", "95", "152", "22", "15", "22", "22", "15",
"22", "47", "15", "119", "230", "15", "5", "14", "119",
"12", "12", "5", "231", "232", "233", "14", "15", "5",
"5", "12", "12", "13", "37", "15", "47", "12", "234",
"12", "15", "235", "12", "15", "15", "3", "15", "5",
"12", "16", "112", "15", "15", "139", "90", "15", "12",
"160", "5", "13", "22", "12", "22", "6", "8", "212",
"15", "15", "162", "13", "5", "5", "12", "8", "5", "12",
"8", "119", "8", "8", "5", "107", "4", "22", "8", "8",
"8", "4", "8", "22", "13", "13", "22", "8", "8", "8",
"12", "5", "15", "119", "49", "33", "5", "14", "5", "5",
"112", "236", "13", "5", "109", "15", "33", "8", "5",
"3", "15", "22", "6", "15", "22", "6", "15", "30", "97",
"30", "22", "5", "5", "20", "5", "84", "84", "87", "12",
"12", "87", "15", "5", "15", "15", "144", "5", "5", "15",
"15", "5", "5", "161", "12", "35", "35", "60", "60",
"60", "20", "60", "12", "161", "60", "22", "12", "68",
"20", "15", "35", "98", "4", "4", "4", "84", "84", "4",
"18", "4", "95", "87", "159", "15", "159", "159", "159",
"8", "8", "95", "5", "55", "4", "6", "20", "12", "44",
"8", "5", "95", "35", "8", "15", "12", "8", "35", "6",
"12", "8", "15", "237", "15", "201", "4", "201", "4",
"5", "12", "15", "26", "5", "15", "5", "5", "12", "204",
"12", "5", "15", "15", "4", "5", "22", "12", "4", "8",
"12", "22", "4", "19", "4", "16", "65", "63", "65", "5",
"12", "18", "22", "4", "8", "72", "4", "15", "5", "4",
"8", "8", "22", "239", "239", "239", "22", "240", "15",
"5", "40", "12", "12", "12", "8", "25", "22", "22", "8",
"8", "8", "8", "8", "4", "8", "5", "12", "8", "8", "233",
"8", "241", "8", "8", "4", "8", "8", "242", "8", "5",
"48", "18", "22", "15", "14", "25", "4", "15", "15",
"37", "29", "15", "15", "6", "37", "15", "40", "15",
"95", "15", "15", "15", "13", "37", "37", "15", "5",
"47", "47", "111", "15", "37", "37", "243", "15", "94",
"140", "27", "29", "71", "5", "197", "18", "94", "4",
"100", "12", "12", "12", "12", "15", "15", "15", "110",
"1", "8", "8", "8", "15", "15", "15", "15", "15", "90",
"90", "15", "70", "90", "15", "15", "15", "12", "12",
"15", "105", "15", "5", "13", "12", "12", "12", "22",
"20", "12", "20", "15", "12", "8", "15", "15", "244",
"5", "15", "8", "19", "15", "8", "8", "12", "8", "15",
"22", "35", "95", "8", "12", "22", "8", "12", "5", "15",
"22", "95", "12", "15", "19", "8", "8", "8", "5", "5",
"12", "15", "15", "95", "5", "22", "12", "92", "148",
"245", "22", "8", "246", "247", "248", "249", "14", "15",
"234", "15", "250", "15", "13", "119", "136", "111",
"111", "12", "8", "6", "15", "5", "15", "15", "165",
"12", "15", "12", "8", "15", "8", "95", "8", "5", "8",
"8", "19", "239", "15", "20", "8", "5", "19", "14", "15",
"5", "19", "33", "5", "5", "22", "5", "15", "95", "20",
"15", "16", "12", "108", "15", "22", "6", "5", "15",
"90", "6", "6", "15", "6", "66", "12", "251", "251",
"111", "111", "112", "197", "111", "111", "197", "22",
"111", "112", "112", "22", "15", "13", "15", "112", "13",
"13", "15", "254", "22", "12", "5", "136", "109", "12",
"5", "255", "5", "12", "27", "20", "6", "22", "6", "90",
"20", "6", "112", "15", "6", "110", "22", "95", "111",
"130", "111", "40", "111", "112", "5", "112", "111",
"12", "12", "256", "112", "251", "119", "58", "257",
"90", "111", "15", "15", "70", "6", "8", "5", "111",
"111", "95", "13", "10", "14", "5", "84", "6", "15",
"15", "197", "14", "105", "15", "6", "13", "119", "12",
"197", "111", "258", "22", "3", "259", "5", "119", "15",
"15", "6", "165", "15", "22", "40", "130", "33", "165",
"5", "165", "33", "15", "15", "119", "15", "111", "15",
"22", "10", "20", "25", "244", "12", "22", "13", "95",
"9", "260", "165", "6", "20", "6", "84", "95", "6", "136",
"90", "95", "15", "58", "15", "58", "15", "112", "12",
"119", "111", "119", "165", "15", "15", "13", "6", "136",
"15", "3", "15", "35", "5", "5", "15", "119", "6", "25",
"12", "5", "48", "15", "45", "7", "20", "261", "261",
"5", "15", "47", "5", "66", "20", "15", "22", "50", "5",
"20", "263", "8", "22", "20", "5", "4", "15", "15", "8",
"5", "5", "94", "12", "262", "4", "15", "22", "8", "95",
"22", "20", "5", "22", "4", "111", "40", "25", "12",
"5", "144", "22", "22", "95", "15", "136", "12", "5",
"22", "58", "90", "181", "15", "5", "3", "5", "163",
"22", "12", "22", "22", "22", "37", "22", "111", "15",
"13", "4", "170", "13", "8", "8", "15", "3", "15", "15",
"8", "5", "15", "14", "33", "65", "5", "15", "22", "5",
"12", "202", "15", "12", "262", "22", "15", "15", "15",
"15", "15", "22", "58", "22", "8", "184", "112", "8",
"15", "22", "15", "47", "15", "35", "58", "15", "8",
"58", "14", "22", "15", "6", "15", "22", "8", "8", "22",
"8", "95", "18", "15", "15", "8", "6", "148", "6", "13",
"13", "18", "112", "15", "13", "12", "15", "8", "8",
"5", "5", "13", "22", "5", "15", "15", "12", "15", "35",
"35", "8", "40", "22", "12", "5", "8", "12", "13", "119",
"119", "35", "35", "3", "58", "4", "15", "35", "8", "15",
"15", "12", "12", "3", "15", "6", "22", "5", "15", "22",
"8", "5", "5", "15", "12", "15", "18", "22", "8", "15",
"22", "12", "15", "15", "22", "244", "15", "210", "70",
"22", "8", "18", "12", "12", "90", "15", "6", "202",
"22", "15", "264", "12", "12", "15", "15", "12", "15",
"15", "15", "15", "15", "37", "15", "6", "8", "13", "5",
"265", "58", "15", "10", "13", "123", "112", "197", "8",
"22", "13", "15", "15", "5", "15", "37", "15", "35",
"15", "15", "5", "15", "22", "15", "22", "8", "119",
"15", "8", "12", "12", "18", "37", "35", "5", "19", "193",
"119", "12", "15", "22", "22", "15", "12", "119", "119",
"40", "95", "22", "139", "12", "12", "12", "14", "15",
"5", "15", "15", "5", "4", "239", "12", "15", "3", "15",
"12", "12", "15", "6", "15", "15", "5", "15", "12", "12",
"4", "252", "12", "5", "253", "15", "15", "15", "5",
"148", "5", "22", "12", "22", "97", "35", "4", "5", "8",
"5", "5", "12", "49", "5", "5", "58", "162", "5", "5",
"5", "15", "6", "37", "72", "15", "6", "15", "12", "184",
"184", "95", "5", "6", "12", "92", "22", "13", "10",
"15", "15", "16", "22", "22", "15", "6", "15", "12",
"112", "158", "15", "5", "22", "15", "22", "146", "5",
"266", "15", "267", "71", "13", "8", "95", "95", "12",
"5", "13", "5", "247", "5", "30", "5", "15", "5", "249",
"15", "139", "15", "12", "15", "247", "15", "5", "6",
"15", "5", "5", "5", "15", "12", "13", "13", "5", "5",
"5", "5", "5", "5", "13", "5", "13", "13", "13", "47",
"18", "12", "15", "15", "5", "22", "22", "15", "15",
"22", "37", "29", "15", "37", "15", "15", "15", "22",
"15", "15", "15", "15", "15", "15", "13", "12", "15",
"140", "15", "247", "15", "249", "15", "13", "8", "15",
"95", "95", "15", "58", "12", "15", "13", "90", "5",
"5", "15", "37", "12", "37", "15", "15", "5", "22", "5",
"5", "5", "37", "15", "6", "5", "112", "22", "15", "22",
"22", "13", "13", "14", "12", "20", "67", "12", "48",
"48", "22", "4", "112", "112", "5", "48", "22", "15",
"22", "20", "56", "119", "22", "16", "22", "5", "15",
"112", "5", "12", "5", "146", "15", "20", "22", "72",
"114", "95", "5", "16", "16", "8", "72", "72", "17",
"4", "15", "15", "12", "27", "4", "4", "22", "4", "5",
"84", "4", "268", "4", "5", "12", "5", "16", "270", "269",
"20", "5", "112", "209", "15", "15", "112", "209", "8",
"112", "15", "95", "12", "40", "4", "15", "15", "13",
"47", "272", "271", "13", "47", "12", "12", "8", "15",
"48", "5", "19", "15", "112", "15", "5", "4", "5", "8",
"12", "8", "5", "15", "5", "12", "12", "12", "22", "159",
"22", "22", "89", "12", "192", "192", "161", "95", "5",
"15", "5", "5", "5", "15", "30", "5", "5", "5", "12",
"60", "161", "32", "22", "12", "60", "12", "161", "22",
"22", "95", "25", "4", "14", "42", "22", "89", "12",
"22", "89", "12", "35", "82", "35", "10", "35", "82",
"37", "90", "111", "9", "8", "273", "274", "20", "5",
"123", "20", "5", "15", "12", "89", "22", "81", "195",
"22", "22", "12", "22", "82", "15", "37", "5", "15",
"6", "5", "5", "12", "15", "15", "148", "13", "18", "37",
"12", "5", "226", "5", "137", "15", "19", "15", "5",
"15", "111", "5", "89", "195", "35", "35", "89", "35",
"12", "52", "12", "52", "12", "12", "5", "5", "22", "8",
"1", "261", "249", "275", "5", "20", "216", "261", "5",
"2", "276", "5", "15", "15", "12", "277", "137", "47",
"278", "37", "13", "279", "3", "119", "15", "12", "22",
"15", "15", "280", "4", "5", "15", "15", "15", "281",
"40", "15", "4", "40", "15", "13", "6", "13", "95", "12",
"12", "15", "5", "15", "12", "5", "58", "137", "15",
"15", "95", "5", "282", "283", "12", "5", "5", "5", "162",
"15", "5", "284", "8", "5", "12", "95", "5", "15", "15",
"95", "15", "13", "6", "15", "95", "5", "37", "15", "136",
"95", "15", "15", "15", "15", "162", "15", "95", "165",
"44", "12", "5", "15", "15", "12", "236", "5", "285",
"4", "8", "20", "4", "8", "12", "22", "15", "12", "8",
"8", "8", "48", "14", "8", "13", "15", "5", "12", "22",
"22", "12", "20", "286", "12", "22", "4", "12", "12",
"22", "287", "287", "12", "22", "276", "12", "22", "188",
"53", "22", "22", "53", "12", "53", "22", "249", "22",
"22", "288", "15", "15", "171", "29", "63", "137", "89",
"48", "12", "12", "261", "22", "12", "15", "152", "291",
"18", "15", "5", "137", "48", "71", "12", "5", "292",
"15", "15", "15", "5", "5", "25", "137", "12", "5", "22",
"148", "289", "289", "5", "15", "9", "15", "5", "44",
"9", "37", "22", "10", "15", "12", "13", "5", "5", "137",
"6", "12", "290", "251", "5", "13", "20", "92", "12",
"12", "15", "29", "5", "95", "12", "8", "15", "12", "94",
"95", "95", "8", "12", "15", "15", "6", "15", "202",
"8", "12", "6", "293", "8", "294", "72", "261", "15",
"12", "7", "25", "1", "95", "8", "5", "8", "12", "8",
"15", "42", "6", "15", "12", "95", "94", "97", "15",
"61", "5", "94", "95", "8", "295", "12", "218", "5",
"8", "249", "89", "15", "48", "12", "5", "15", "89",
"8", "119", "8", "4", "15", "249", "14", "15", "89",
"6", "5", "12", "247", "12", "10", "20", "15", "8", "12",
"22", "37", "22", "22", "12", "244", "22", "22", "12",
"276", "8", "137", "15", "15", "22", "218", "218", "22",
"22", "22", "194", "188", "8", "14", "22", "5", "12",
"296", "22"), ST = c("1", "2", "3", "4", "5", "6", "7",
"8", "9", "10", "11", "12", "13", "14", "15", "16", "17",
"18", "19", "20", "21", "22", "23", "24", "25", "26",
"27", "28", "29", "30", "31", "32", "33", "34", "35",
"36", "37", "38", "39", "40", "41", "42", "43", "44",
"45", "46", "47", "48", "49", "50", "51", "52", "53",
"54", "55", "56", "57", "58", "59", "60", "61", "62",
"63", "64", "65", "66", "67", "68", "69", "70", "71",
"72", "73", "74", "75", "76", "77", "78", "79", "80",
"81", "82", "83", "84", "85", "86", "87", "88", "89",
"90", "91", "92", "93", "94", "95", "96", "97", "98",
"99", "100", "101", "102", "103", "104", "105", "106",
"107", "108", "109", "110", "111", "112", "113", "114",
"115", "116", "117", "118", "119", "120", "121", "122",
"123", "124", "125", "126", "127", "128", "129", "130",
"131", "132", "133", "134", "135", "136", "137", "138",
"139", "140", "141", "142", "143", "144", "145", "146",
"147", "148", "149", "150", "151", "152", "153", "154",
"155", "156", "157", "158", "159", "160", "161", "162",
"163", "164", "165", "166", "167", "168", "169", "170",
"171", "172", "173", "174", "175", "176", "177", "178",
"179", "180", "181", "182", "183", "184", "185", "186",
"187", "188", "189", "190", "191", "192", "193", "194",
"195", "196", "197", "198", "199", "200", "201", "202",
"203", "204", "205", "206", "207", "208", "209", "210",
"211", "212", "213", "214", "215", "216", "217", "218",
"219", "220", "221", "222", "223", "224", "225", "226",
"227", "228", "229", "230", "231", "232", "233", "234",
"235", "236", "237", "238", "239", "240", "241", "242",
"243", "244", "245", "246", "247", "248", "249", "250",
"251", "252", "253", "254", "255", "256", "257", "258",
"259", "260", "261", "262", "263", "264", "265", "266",
"267", "268", "269", "270", "271", "272", "273", "274",
"275", "276", "277", "278", "279", "280", "281", "282",
"283", "284", "285", "286", "287", "288", "289", "290",
"291", "292", "293", "294", "295", "296", "297", "298",
"299", "300", "301", "302", "303", "304", "305", "306",
"307", "308", "309", "310", "311", "312", "313", "314",
"315", "316", "317", "318", "319", "320", "321", "322",
"323", "324", "325", "326", "327", "328", "329", "330",
"331", "332", "333", "334", "335", "336", "337", "338",
"339", "340", "341", "342", "343", "344", "345", "346",
"347", "348", "349", "350", "351", "352", "353", "354",
"355", "356", "357", "358", "359", "360", "361", "362",
"363", "364", "365", "366", "367", "368", "369", "370",
"371", "372", "373", "374", "375", "376", "377", "378",
"379", "380", "381", "382", "383", "384", "385", "386",
"387", "388", "389", "390", "391", "392", "393", "394",
"395", "396", "397", "398", "399", "400", "401", "402",
"403", "404", "405", "406", "407", "408", "409", "410",
"411", "412", "413", "414", "415", "416", "417", "418",
"419", "420", "421", "422", "423", "424", "425", "426",
"427", "428", "429", "430", "431", "432", "433", "434",
"435", "436", "437", "438", "439", "440", "441", "442",
"443", "444", "445", "446", "447", "448", "449", "450",
"451", "452", "453", "454", "455", "456", "457", "458",
"459", "460", "461", "462", "463", "464", "465", "466",
"467", "468", "469", "470", "471", "472", "473", "474",
"475", "476", "477", "478", "479", "480", "481", "482",
"483", "484", "485", "486", "487", "488", "489", "490",
"491", "492", "493", "494", "495", "496", "497", "498",
"499", "500", "501", "502", "503", "504", "505", "506",
"507", "508", "509", "510", "511", "512", "513", "514",
"515", "516", "517", "518", "519", "520", "521", "522",
"523", "524", "525", "526", "527", "528", "529", "530",
"531", "532", "533", "534", "535", "536", "537", "538",
"539", "540", "541", "542", "543", "544", "545", "546",
"547", "548", "549", "550", "551", "552", "553", "554",
"555", "556", "557", "558", "559", "560", "561", "562",
"563", "564", "565", "566", "567", "568", "569", "570",
"571", "572", "573", "574", "575", "576", "577", "578",
"579", "580", "581", "582", "583", "584", "585", "586",
"587", "588", "589", "590", "591", "592", "593", "594",
"595", "596", "597", "598", "599", "600", "601", "602",
"603", "604", "605", "606", "607", "608", "609", "610",
"611", "612", "613", "614", "615", "616", "617", "618",
"619", "620", "621", "622", "623", "624", "625", "626",
"627", "628", "629", "630", "631", "632", "633", "634",
"635", "636", "637", "638", "639", "640", "641", "642",
"643", "644", "645", "646", "647", "648", "649", "650",
"651", "652", "653", "654", "655", "656", "657", "658",
"659", "660", "661", "662", "663", "664", "665", "666",
"667", "668", "669", "670", "671", "672", "673", "674",
"675", "676", "677", "678", "679", "680", "681", "682",
"683", "684", "685", "686", "687", "688", "689", "690",
"691", "692", "693", "694", "695", "696", "697", "698",
"699", "700", "701", "702", "703", "704", "705", "706",
"707", "708", "709", "710", "711", "712", "713", "714",
"715", "716", "717", "718", "719", "720", "721", "722",
"723", "724", "725", "726", "727", "728", "729", "730",
"731", "732", "733", "734", "735", "736", "737", "738",
"739", "740", "741", "742", "743", "744", "745", "746",
"747", "748", "749", "750", "751", "752", "753", "754",
"755", "756", "757", "758", "759", "760", "761", "762",
"763", "764", "765", "766", "767", "768", "769", "770",
"771", "772", "773", "774", "775", "776", "777", "778",
"779", "780", "781", "782", "783", "784", "785", "786",
"787", "788", "789", "790", "791", "792", "793", "794",
"795", "796", "797", "798", "799", "800", "801", "802",
"803", "804", "805", "806", "807", "808", "809", "810",
"811", "812", "813", "814", "815", "816", "817", "818",
"819", "820", "821", "822", "823", "824", "825", "826",
"827", "828", "829", "830", "831", "832", "833", "834",
"835", "836", "837", "838", "839", "840", "841", "842",
"843", "844", "845", "846", "847", "848", "849", "850",
"851", "852", "853", "854", "855", "856", "857", "858",
"859", "860", "861", "862", "863", "864", "865", "866",
"867", "868", "869", "870", "871", "872", "873", "874",
"875", "876", "877", "878", "879", "880", "881", "882",
"883", "884", "885", "886", "887", "888", "889", "890",
"891", "892", "893", "894", "895", "896", "897", "898",
"899", "900", "901", "902", "903", "904", "905", "906",
"907", "908", "909", "910", "911", "912", "913", "914",
"915", "916", "917", "918", "919", "920", "921", "922",
"923", "924", "925", "926", "927", "928", "929", "930",
"931", "932", "933", "934", "935", "936", "937", "938",
"939", "940", "941", "942", "943", "944", "945", "946",
"947", "948", "949", "950", "951", "952", "953", "954",
"955", "956", "957", "958", "959", "960", "961", "962",
"963", "964", "965", "966", "967", "968", "969", "970",
"971", "972", "973", "974", "975", "976", "977", "978",
"979", "980", "981", "982", "983", "984", "985", "986",
"987", "988", "989", "990", "991", "992", "993", "994",
"995", "996", "997", "998", "999", "1000", "1001", "1002",
"1003", "1004", "1005", "1006", "1007", "1008", "1009",
"1010", "1011", "1012", "1013", "1014", "1015", "1016",
"1017", "1018", "1019", "1020", "1021", "1022", "1023",
"1024", "1025", "1026", "1027", "1028", "1029", "1030",
"1031", "1032", "1033", "1034", "1035", "1036", "1037",
"1038", "1039", "1040", "1041", "1042", "1043", "1044",
"1045", "1046", "1047", "1048", "1049", "1050", "1051",
"1052", "1053", "1054", "1055", "1056", "1057", "1058",
"1059", "1060", "1061", "1062", "1063", "1064", "1065",
"1066", "1067", "1068", "1069", "1070", "1071", "1072",
"1073", "1074", "1075", "1076", "1077", "1078", "1079",
"1080", "1081", "1082", "1083", "1084", "1085", "1086",
"1087", "1088", "1089", "1090", "1091", "1092", "1093",
"1094", "1095", "1096", "1097", "1098", "1099", "1100",
"1101", "1102", "1103", "1104", "1105", "1106", "1107",
"1108", "1109", "1110", "1111", "1112", "1113", "1114",
"1115", "1116", "1117", "1118", "1119", "1120", "1121",
"1122", "1123", "1124", "1125", "1126", "1127", "1128",
"1129", "1130", "1131", "1132", "1133", "1134", "1135",
"1136", "1137", "1138", "1139", "1140", "1141", "1142",
"1143", "1144", "1145", "1146", "1147", "1148", "1149",
"1150", "1151", "1152", "1153", "1154", "1155", "1156",
"1157", "1158", "1159", "1160", "1161", "1162", "1163",
"1164", "1165", "1166", "1167", "1168", "1169", "1170",
"1171", "1172", "1173", "1174", "1175", "1176", "1177",
"1178", "1179", "1180", "1181", "1182", "1183", "1184",
"1185", "1186", "1187", "1188", "1189", "1190", "1191",
"1192", "1193", "1194", "1195", "1196", "1197", "1198",
"1199", "1200", "1201", "1202", "1203", "1204", "1205",
"1206", "1207", "1208", "1209", "1210", "1211", "1212",
"1213", "1214", "1215", "1216", "1217", "1218", "1219",
"1220", "1221", "1222", "1223", "1224", "1225", "1226",
"1227", "1228", "1229", "1230", "1231", "1232", "1233",
"1234", "1235", "1236", "1237", "1238", "1239", "1240",
"1241", "1242", "1243", "1244", "1245", "1246", "1247",
"1248", "1249", "1250", "1251", "1252", "1253", "1254",
"1255", "1256", "1257", "1258", "1259", "1260", "1261",
"1262", "1263", "1264", "1265", "1266", "1267", "1268",
"1269", "1270", "1271", "1272", "1273", "1274", "1275",
"1276", "1277", "1278", "1279", "1280", "1281", "1282",
"1283", "1284", "1285", "1286", "1287", "1288", "1289",
"1290", "1291", "1292", "1293", "1294", "1295", "1296",
"1297", "1298", "1299", "1300", "1301", "1302", "1303",
"1304", "1305", "1306", "1307", "1308", "1309", "1310",
"1311", "1312", "1313", "1314", "1315", "1316", "1317",
"1318", "1319", "1320", "1321", "1322", "1323", "1324",
"1325", "1326", "1327", "1328", "1329", "1330", "1331",
"1332", "1333", "1334", "1335", "1336", "1337", "1338",
"1339", "1340", "1341", "1342", "1343", "1344", "1345",
"1346", "1347", "1348", "1349", "1350", "1351", "1352",
"1353", "1354", "1355", "1356", "1357", "1358", "1359",
"1360", "1361", "1362", "1363", "1364", "1365", "1366",
"1367", "1368", "1369", "1370", "1371", "1372", "1373",
"1374", "1375", "1376", "1377", "1378", "1379", "1380",
"1381", "1382", "1383", "1384", "1385", "1386", "1387",
"1388", "1389", "1390", "1391", "1392", "1393", "1394",
"1395", "1396", "1397", "1398", "1399", "1400", "1401",
"1402", "1403", "1404", "1405", "1406", "1407", "1408",
"1409", "1410", "1411", "1412", "1413", "1414", "1415",
"1416", "1417", "1418", "1419", "1420", "1421", "1422",
"1423", "1424", "1425", "1426", "1427", "1428", "1429",
"1430", "1431", "1432", "1433", "1434", "1435", "1436",
"1437", "1438", "1439", "1440", "1441", "1442", "1443",
"1444", "1445", "1446", "1447", "1448", "1449", "1450",
"1451", "1452", "1453", "1454", "1455", "1456", "1457",
"1458", "1459", "1460", "1461", "1462", "1463", "1464",
"1465", "1466", "1467", "1468", "1469", "1470", "1471",
"1472", "1473", "1474", "1475", "1476", "1477", "1478",
"1479", "1480", "1481", "1482", "1483", "1484", "1485",
"1486", "1487", "1488", "1489", "1490", "1491", "1492",
"1493", "1494", "1495", "1496", "1497", "1498", "1499",
"1500", "1501", "1502", "1503", "1504", "1505", "1506",
"1507", "1508", "1509", "1510", "1511", "1512", "1513",
"1514", "1515", "1516", "1517", "1518", "1519", "1520",
"1521", "1522", "1523", "1524", "1525", "1526", "1527",
"1528", "1529", "1530", "1531", "1532", "1533", "1534",
"1535", "1536", "1537", "1538", "1539", "1540", "1541",
"1542", "1543", "1544", "1545", "1546", "1547", "1548",
"1549", "1550", "1551", "1552", "1553", "1554", "1555",
"1556", "1557", "1558", "1559", "1560", "1561", "1562",
"1563", "1564", "1565", "1566", "1567", "1568", "1569",
"1570", "1571", "1572", "1573", "1574", "1575", "1576",
"1577", "1578", "1579", "1580", "1581", "1582", "1583",
"1584", "1585", "1586", "1587", "1588", "1589", "1590",
"1591", "1592", "1593", "1594", "1595", "1596", "1597",
"1598", "1599", "1600", "1601", "1602", "1603", "1604",
"1605", "1606", "1607", "1608", "1609", "1610", "1611",
"1612", "1613", "1614", "1615", "1616", "1617", "1618",
"1619", "1620", "1621", "1622", "1623", "1624", "1625",
"1626", "1627", "1628", "1629", "1630", "1631", "1632",
"1633", "1634", "1635", "1636", "1637", "1638", "1639",
"1640", "1641", "1642", "1643", "1644", "1645", "1646",
"1647", "1648", "1649", "1650", "1651", "1652", "1653",
"1654", "1655", "1656", "1657", "1658", "1659", "1660",
"1661", "1662", "1663", "1664", "1665", "1666", "1667",
"1668", "1669", "1670", "1671", "1672", "1673", "1674",
"1675", "1676", "1677", "1678", "1679", "1680", "1681",
"1682", "1683", "1684", "1685", "1686", "1687", "1688",
"1689", "1690", "1691", "1692", "1693", "1694", "1695",
"1696", "1697", "1698", "1699", "1700", "1701", "1702",
"1703", "1704", "1705", "1706", "1707", "1708", "1709",
"1710", "1711", "1712", "1713", "1714", "1715", "1716",
"1717", "1718", "1719", "1720", "1721", "1722", "1723",
"1724", "1725", "1726", "1727", "1728", "1729", "1730",
"1731", "1732", "1733", "1734", "1735", "1736", "1737",
"1738", "1739", "1740", "1741", "1742", "1743", "1744",
"1745", "1746", "1747", "1748", "1749", "1750", "1751",
"1752", "1753", "1754", "1755", "1756", "1757", "1758",
"1759", "1760", "1761", "1762", "1763", "1764", "1765",
"1766", "1767", "1768", "1769", "1770", "1771", "1772",
"1773", "1774", "1775", "1776", "1777", "1778", "1779",
"1780", "1781", "1782", "1783", "1784", "1785", "1786",
"1787", "1788", "1789", "1790", "1791", "1792", "1793",
"1794", "1795", "1796", "1797", "1798", "1799", "1800",
"1801", "1802", "1803", "1804", "1805", "1806", "1807",
"1808", "1809", "1810", "1811", "1812", "1813", "1814",
"1815", "1816", "1817", "1818", "1819", "1820", "1821",
"1822", "1823", "1824", "1825", "1826", "1827", "1828",
"1829", "1830", "1831", "1832", "1833", "1834", "1835",
"1836", "1837", "1838", "1839", "1840", "1841", "1842",
"1843", "1844", "1845", "1846", "1847", "1848", "1849",
"1850", "1851", "1852", "1853", "1854", "1855", "1856",
"1857", "1858", "1859", "1860", "1861", "1862", "1863",
"1864", "1865", "1866", "1867", "1868", "1869", "1870",
"1871", "1872", "1873", "1874", "1875", "1876", "1877",
"1878", "1879", "1880", "1881", "1882", "1883", "1884",
"1885", "1886", "1887", "1888", "1889", "1890", "1891",
"1892", "1893", "1894", "1895", "1896", "1897", "1898",
"1899", "1900", "1901", "1902", "1903", "1904", "1905",
"1906", "1907", "1908", "1909", "1910", "1911", "1912",
"1913", "1914", "1915", "1916", "1917", "1918", "1919",
"1920", "1921", "1922", "1923", "1924", "1925", "1926",
"1927", "1928", "1929", "1930", "1931", "1932", "1933",
"1934", "1935", "1936", "1937", "1938", "1939", "1940",
"1941", "1942", "1943", "1944", "1945", "1946", "1947",
"1948", "1949", "1950", "1951", "1952", "1953", "1954",
"1955", "1956", "1957", "1958", "1959", "1960", "1961",
"1962", "1963", "1964", "1965", "1966", "1967", "1968",
"1969", "1970", "1971", "1972", "1973", "1974", "1975",
"1976", "1977", "1978", "1979", "1980", "1981", "1982",
"1983", "1984", "1985", "1986", "1987", "1988", "1989",
"1990", "1991", "1992", "1993", "1994", "1995", "1996",
"1997", "1998", "1999", "2000", "2001", "2002", "2003",
"2004", "2005", "2006", "2007", "2008", "2009", "2010",
"2011", "2012", "2013", "2014", "2015", "2016", "2017",
"2018", "2019", "2020", "2021", "2022", "2023", "2024",
"2025", "2026", "2027", "2028", "2029", "2030", "2031",
"2032", "2033", "2034", "2035", "2036", "2037", "2038",
"2039", "2040", "2041", "2042", "2043", "2044", "2045",
"2046", "2047", "2048", "2049", "2050", "2051", "2052",
"2053", "2054", "2055", "2056", "2057", "2058", "2059",
"2060", "2061", "2062", "2063", "2064", "2065", "2066",
"2067", "2068", "2069", "2070", "2071", "2072", "2073",
"2074", "2075", "2076", "2077", "2078", "2079", "2080",
"2081", "2082", "2083", "2084", "2085", "2086", "2087",
"2088", "2089", "2090", "2091", "2092", "2093", "2094",
"2095", "2096", "2097", "2098", "2099", "2100", "2101",
"2102", "2103", "2104", "2105", "2106", "2107", "2108",
"2109", "2110", "2111", "2112", "2113", "2114", "2115",
"2116", "2117", "2118", "2119", "2120", "2121", "2122",
"2123", "2124", "2125", "2126", "2127", "2128", "2129",
"2130", "2131", "2132", "2133", "2134", "2135", "2136",
"2137", "2138", "2139", "2140", "2141", "2142", "2143",
"2144", "2145", "2146", "2147", "2148", "2149", "2150",
"2151", "2152", "2153", "2154", "2155", "2156", "2157",
"2158", "2159", "2160", "2161", "2162", "2163", "2164",
"2165", "2166", "2167", "2168", "2169", "2170", "2171",
"2172", "2173", "2174", "2175", "2176", "2177", "2178",
"2179", "2180", "2181", "2182", "2183", "2184", "2185",
"2186", "2187", "2188", "2189", "2190", "2191", "2192",
"2193", "2194", "2195", "2196", "2197", "2198", "2199",
"2200", "2201", "2202", "2203", "2204", "2205", "2206",
"2207", "2208", "2209", "2210", "2211", "2212", "2213",
"2214", "2215", "2216", "2217", "2218", "2219", "2220",
"2221", "2222", "2223", "2224", "2225", "2226", "2227",
"2228", "2229", "2230", "2231", "2232", "2233", "2234",
"2235", "2236", "2237", "2238", "2239", "2240", "2241",
"2242", "2243", "2244", "2245", "2246", "2247", "2248",
"2249", "2250", "2251", "2252", "2253", "2254", "2255",
"2256", "2257", "2258", "2259", "2260", "2261", "2262",
"2263", "2264", "2265", "2266", "2267", "2268", "2269",
"2270", "2271", "2272", "2273", "2274", "2275", "2276",
"2277", "2278", "2279", "2280", "2281", "2282", "2283",
"2284", "2285", "2286", "2287", "2288", "2289", "2290",
"2291", "2292", "2293", "2294", "2295", "2296", "2297",
"2298", "2299", "2300", "2301", "2302", "2303", "2304",
"2305", "2306", "2307", "2308", "2309", "2310", "2311",
"2312", "2313", "2314", "2315", "2316", "2317", "2318",
"2319", "2320", "2321", "2322", "2323", "2324", "2325",
"2326", "2327", "2328", "2329", "2330", "2331", "2332",
"2333", "2334", "2335", "2336", "2337", "2338", "2339",
"2340", "2341", "2342", "2343", "2344", "2345", "2346",
"2347", "2348", "2349", "2350", "2351", "2352", "2353",
"2354", "2355", "2356", "2357", "2358", "2359", "2360",
"2361", "2362", "2363", "2364", "2365", "2366", "2367",
"2368", "2369", "2370", "2371", "2372", "2373", "2374",
"2375", "2376", "2377", "2378", "2379", "2380", "2381",
"2382", "2383", "2384", "2385", "2386", "2387", "2388",
"2389", "2390", "2391", "2392", "2393", "2394", "2395",
"2396", "2397", "2398", "2399", "2400", "2401", "2402",
"2403", "2404", "2405", "2406", "2407", "2408", "2409",
"2410", "2411", "2412", "2413", "2414", "2415", "2416",
"2417", "2418", "2419", "2420", "2421", "2422", "2423",
"2424", "2425", "2426", "2427", "2428", "2429", "2430",
"2431", "2432", "2433", "2434", "2435", "2436", "2437",
"2438", "2439", "2440", "2441", "2442", "2443", "2444",
"2445", "2446", "2447", "2448", "2449", "2450", "2451",
"2452", "2453", "2454", "2455", "2456", "2457", "2458",
"2459", "2460", "2461", "2462", "2463", "2464", "2465",
"2466", "2467", "2468", "2469", "2470", "2471", "2472",
"2473", "2474", "2475", "2476", "2477", "2478", "2479",
"2480", "2481", "2482", "2483", "2484", "2485", "2486",
"2487", "2488", "2489", "2490", "2491", "2492", "2493",
"2494", "2495", "2496", "2497", "2498", "2499", "2500",
"2501", "2502", "2503", "2504", "2505", "2506", "2507",
"2508", "2509", "2510", "2511", "2512", "2513", "2514",
"2515", "2516", "2517", "2518", "2519", "2520", "2521",
"2522", "2523", "2524", "2525", "2526", "2527", "2528",
"2529", "2530", "2531", "2532", "2533", "2534", "2535",
"2536", "2537", "2538", "2539", "2540", "2541", "2542",
"2543", "2544", "2545", "2546", "2547", "2548", "2549",
"2550", "2551", "2552", "2553", "2554", "2555", "2556",
"2557", "2558", "2559", "2560", "2561", "2562", "2563",
"2564", "2565", "2566", "2567", "2568", "2569", "2570",
"2571", "2572", "2573", "2574", "2575", "2576", "2577",
"2578", "2579", "2580", "2581", "2582", "2583", "2584",
"2585", "2586", "2587", "2588", "2589", "2590", "2591",
"2592", "2593", "2594", "2595", "2596", "2597", "2598",
"2599", "2600", "2601", "2602", "2603", "2604", "2605",
"2606", "2607", "2608", "2609", "2610", "2611", "2612",
"2613", "2614", "2615", "2616", "2617", "2618", "2619",
"2620", "2621", "2622", "2623", "2624", "2625", "2626",
"2627", "2628", "2629", "2630", "2631", "2632", "2633",
"2634", "2635", "2636", "2637", "2638", "2639", "2640",
"2641", "2642", "2643", "2644", "2645", "2646", "2647",
"2648", "2649", "2650", "2651", "2652", "2653", "2654",
"2655", "2656", "2657", "2658", "2659", "2660", "2661",
"2662", "2663", "2664", "2665", "2666", "2667", "2668",
"2669", "2670", "2671", "2672", "2673", "2674", "2675",
"2676", "2677", "2678", "2679", "2680", "2681", "2682",
"2683", "2684", "2685", "2686", "2687", "2688", "2689",
"2690", "2691", "2692", "2693", "2694", "2695", "2696",
"2697", "2698", "2699", "2700", "2701", "2702", "2703",
"2704", "2705", "2706", "2707", "2708", "2709", "2710",
"2711", "2712", "2713", "2714", "2715", "2716", "2717",
"2718", "2719", "2720", "2721", "2722", "2723", "2724",
"2725", "2726", "2727", "2728", "2729", "2730", "2731",
"2732", "2733", "2734", "2735", "2736", "2737", "2738",
"2739", "2740", "2741", "2742", "2743", "2744", "2745",
"2746", "2747", "2748", "2749", "2750", "2751", "2752",
"2753", "2754", "2755", "2756", "2757", "2758", "2759",
"2760", "2761", "2762", "2763", "2764", "2765", "2766",
"2767", "2768", "2769", "2770", "2771", "2772", "2773",
"2774", "2775", "2776", "2777", "2778", "2779", "2780",
"2781", "2782", "2783", "2784", "2785", "2786", "2787",
"2788", "2789", "2790", "2791", "2792", "2793", "2794",
"2795", "2796", "2797", "2798", "2799", "2800", "2801",
"2802", "2803", "2804", "2805", "2806", "2807", "2808",
"2809", "2810", "2811", "2812", "2813", "2814", "2815",
"2816", "2817", "2818", "2819", "2820", "2821", "2822",
"2823", "2824", "2825", "2826", "2827", "2828", "2829",
"2830", "2831", "2832", "2833", "2834", "2835", "2836",
"2837", "2838", "2839", "2840", "2841", "2842", "2843",
"2844", "2845", "2846", "2847", "2848", "2849", "2850",
"2851", "2852", "2853", "2854", "2855", "2856", "2857",
"2858", "2859", "2860", "2861", "2862", "2863", "2864",
"2865", "2866", "2867", "2868", "2869", "2870", "2871",
"2872", "2873", "2874", "2875", "2876", "2877", "2878",
"2879", "2880", "2881", "2882", "2883", "2884", "2885",
"2886", "2887", "2888", "2889", "2890", "2891", "2892",
"2893", "2894", "2895", "2896", "2897", "2898", "2899",
"2900", "2901", "2902", "2903", "2904", "2905", "2906",
"2907", "2908", "2909", "2910", "2911", "2912", "2913",
"2914", "2915", "2916", "2917", "2918", "2919", "2920",
"2921", "2922", "2923", "2924", "2925", "2926", "2927",
"2928", "2929", "2930", "2931", "2932", "2933", "2934",
"2935", "2936", "2937", "2938", "2939", "2940", "2941",
"2942", "2943", "2944", "2945", "2946", "2947", "2948",
"2949", "2950", "2951", "2952", "2953", "2954", "2955",
"2956", "2957", "2958", "2959", "2960", "2961", "2962",
"2963", "2964", "2965", "2966", "2967", "2968", "2969",
"2970", "2971", "2972", "2973", "2974", "2975", "2976",
"2977", "2978", "2979", "2980", "2981", "2982", "2983",
"2984", "2985", "2986", "2987", "2988", "2989", "2990",
"2991", "2992", "2993", "2994", "2995", "2996", "2997",
"2998", "2999", "3000", "3001", "3002", "3003", "3004",
"3005", "3006", "3007", "3008", "3009", "3010", "3011",
"3012", "3013", "3014", "3015", "3016", "3017", "3018",
"3019", "3020", "3021", "3022", "3023", "3024", "3025",
"3026", "3027", "3028", "3029", "3030", "3031", "3032",
"3033", "3034", "3035", "3036", "3037", "3038", "3039",
"3040", "3041", "3042", "3043", "3044", "3045", "3046",
"3047", "3048", "3049", "3050", "3051", "3052", "3053",
"3054", "3055", "3056", "3057", "3058", "3059", "3060",
"3061", "3062", "3063", "3064", "3065", "3066", "3067",
"3068", "3069", "3070", "3071", "3072", "3073", "3074",
"3075", "3076", "3077", "3078", "3079", "3080", "3081",
"3082", "3083", "3084", "3085", "3086", "3087", "3088",
"3089", "3090", "3091", "3092", "3093", "3094", "3095",
"3096", "3097", "3098", "3099", "3100", "3101", "3102",
"3103", "3104", "3105", "3106", "3107", "3108", "3109",
"3110", "3111", "3112", "3113", "3114", "3115", "3116",
"3117", "3118", "3119", "3120", "3121", "3122", "3123",
"3124", "3125", "3126", "3127", "3128", "3129", "3130",
"3131", "3132", "3133", "3135", "3136", "3137", "3138",
"3139", "3140", "3141", "3142", "3143", "3144", "3145",
"3146", "3147", "3148", "3149", "3150", "3151", "3152",
"3153", "3154", "3155", "3156", "3157", "3158", "3159",
"3160", "3161", "3162", "3163", "3164", "3165", "3166",
"3167", "3168", "3169", "3170", "3171", "3172", "3173",
"3174", "3175", "3176", "3177", "3178", "3179", "3180",
"3181", "3182", "3183", "3184", "3185", "3186", "3187",
"3188", "3189", "3190", "3191", "3192", "3193", "3194",
"3195", "3196", "3197", "3198", "3199", "3200", "3201",
"3202", "3203", "3204", "3205", "3206", "3207", "3208",
"3209", "3210", "3211", "3212", "3213", "3214", "3215",
"3216", "3217", "3218", "3219", "3220", "3221", "3222",
"3223", "3224", "3225", "3226", "3227", "3228", "3229",
"3230", "3231", "3232", "3233", "3234", "3235", "3236",
"3237", "3238", "3239", "3240", "3241", "3242", "3243",
"3244", "3245", "3246", "3247", "3248", "3249", "3250",
"3251", "3252", "3253", "3254", "3255", "3256", "3257",
"3258", "3259", "3260", "3261", "3262", "3263", "3264",
"3265", "3266", "3267", "3268", "3269", "3270", "3271",
"3272", "3273", "3274", "3275", "3276", "3277", "3278",
"3279", "3280", "3281", "3282", "3283", "3284", "3285",
"3286", "3287", "3288", "3289", "3290", "3291", "3292",
"3293", "3294", "3295", "3296", "3297", "3298", "3299",
"3300", "3301", "3302", "3303", "3304", "3305", "3306",
"3307", "3308", "3309", "3310", "3311", "3312", "3313",
"3314", "3315", "3316", "3317", "3318", "3319", "3320",
"3321", "3322", "3323", "3324", "3325", "3326", "3327",
"3328", "3329", "3330", "3331", "3332", "3333", "3334",
"3335", "3336", "3337", "3338", "3339", "3340", "3341",
"3342", "3343", "3344", "3345", "3346", "3347", "3348",
"3349", "3350", "3351", "3352", "3353", "3354", "3355",
"3356", "3357", "3358", "3359", "3360", "3361", "3362",
"3363", "3364", "3365", "3366", "3367", "3368", "3369",
"3370", "3371", "3372", "3373", "3374", "3375", "3376",
"3377", "3378", "3379", "3380", "3381", "3382", "3383",
"3384", "3385", "3386", "3387", "3388", "3389", "3390",
"3391", "3392", "3393", "3394", "3395", "3396", "3397",
"3398", "3399", "3400", "3401", "3402", "3403", "3404",
"3405", "3406", "3407", "3408", "3409", "3410", "3411",
"3412", "3413", "3414", "3415", "3416", "3417", "3418",
"3419", "3420", "3421", "3422", "3423", "3424", "3425",
"3426", "3427", "3428", "3429", "3430", "3431", "3432",
"3433", "3434", "3435", "3436", "3437", "3438", "3439",
"3440", "3441", "3442", "3443", "3444", "3445", "3446",
"3447", "3448", "3449", "3450", "3451", "3452", "3453",
"3454", "3455", "3456", "3457", "3458", "3459", "3460",
"3461", "3462", "3463", "3464", "3465", "3466", "3467",
"3468", "3469", "3470", "3471", "3472", "3473", "3474",
"3475", "3476", "3477", "3478", "3479", "3480", "3481",
"3482", "3483", "3484", "3485", "3486", "3487", "3488",
"3489", "3490", "3491", "3492", "3493", "3494", "3495",
"3496", "3497", "3498", "3499", "3500", "3501", "3502",
"3503", "3504", "3505", "3506", "3507", "3508", "3509",
"3510", "3511", "3512", "3513", "3514", "3515", "3516",
"3517", "3518", "3519", "3520", "3521", "3522", "3523",
"3524", "3525", "3526", "3527", "3528", "3529", "3530",
"3531", "3532", "3533", "3534", "3535", "3536", "3537",
"3538", "3539", "3540", "3541", "3542", "3543", "3544",
"3545", "3546", "3547", "3548", "3549", "3550", "3551",
"3552", "3553", "3554", "3555", "3556", "3557", "3558",
"3559", "3560", "3561", "3562", "3563", "3564", "3565",
"3566", "3567", "3568", "3569", "3570", "3571", "3572",
"3573", "3574", "3575", "3576", "3577", "3578", "3579",
"3580", "3581", "3582", "3583", "3584", "3585", "3586",
"3587", "3588", "3589", "3590", "3591", "3592", "3593",
"3594", "3595", "3596", "3597", "3598", "3599", "3600"
)), class = "data.frame", row.names = c(NA, -3599L))), infiles = c("HSC002.fa",
"HSC007.fa", "HSC008.fa", "HSC012.fa", "HSC014.fa", "HSC015.fa",
"HSC020.fa", "HSC028.fa", "HSC029.fa", "HSC030.fa", "HSC034.fa",
"HSC038.fa", "HSC041.fa", "HSC042.fa", "HSC043.fa", "HSC044.fa",
"HSC046.fa", "HSC047.fa", "HSC048.fa", "HSC050.fa", "HSC051.fa",
"HSC054.fa", "HSC055.fa", "HSC057.fa", "HSC058.fa", "HSC059.fa",
"HSC061.fa", "HSC062.fa", "HSC063.fa", "HSC074.fa", "HSC077.fa",
"HSC078.fa", "HSC080.fa", "HSC081.fa", "HSC082.fa", "HSC083.fa",
"HSC090.fa", "HSC094.fa", "HSC097.fa", "HSC098.fa", "HSC099.fa",
"HSC100.fa", "HSC105.fa"), org = "calbicans", scheme = 1, write = "new", pid = 90L, scov = 0.9, class = "mlst")
$result
AAT1a ACC1 ADP1 MPIb SYA1 VPS13 ZWF1b ST
HSC002 13 7 14 19 34 u18 12 NA
HSC007 33 43 6 4 2 u19 u21 NA
HSC008 33 7 4 34 13 35 NA
HSC012 8 3 6 4 10 3 22 NA
HSC014 13 7 10 4 34 55 271 NA
HSC015 13 43 14 u8 34 32 12 NA
HSC020 13 7 10 19 u18 u23 NA
HSC028 33 u4 93 NA
HSC029 33 7 106 9 53 93 161 NA
HSC030 8 2 2 9 2 24 20 NA
HSC034 8 2 6 9 2 24 20 NA
HSC038 33 7 106 9 30 93 12 NA
HSC041 13 43 14 u9 2 32 271 NA
HSC042 u1 2 u5 9 2 24 20 NA
HSC043 8 3 2 9 2 24 12 NA
HSC044 8 2 2 4 2 24 u24 NA
HSC046 3 2 2 9 2 24 20 NA
HSC047 8 3 2 u10 2 24 u25 NA
HSC048 8 u6 u11 2 u26 NA
HSC050 3 3 6 4 2 24 161 NA
HSC051 3 2 2 9 2 20 u20 NA
HSC054 13 8 14 9 53 47 u24 NA
HSC055 13 13 14 19 u13 274 22 NA
HSC057 13 3 14 19 u14 205 u22 NA
HSC058 36 7 6 4 u15 58 22 NA
HSC059 8 8 6 9 2 24 27 NA
HSC061 13 7 14 4 u16 55 22 NA
HSC062 98 2 106 4 u17 24 u24 NA
HSC063 3 3 2 9 2 24 27 NA
HSC074 33 3 106 9 53 47 22 NA
HSC077 u2 3 6 4 34 13 35 NA
HSC078 3 8 6 9 2 24 12 NA
HSC080 13 7 10 u8 34 32 12 NA
HSC081 3 2 6 9 2 24 27 NA
HSC082 3 2 6 4 2 24 27 NA
HSC083 33 7 106 4 53 93 22 NA
HSC090 3 2 2 9 2 20 u20 NA
HSC094 13 34 u18 NA
HSC097 u3 7 u7 36 29 24 12 NA
HSC098 13 13 10 u8 76 32 22 NA
HSC099 8 3 6 4 34 13 35 NA
HSC100 33 3 30 4 76 3 22 NA
HSC105 13 3 14 4 u12 32 12 NA
$profile
AAT1a ACC1 ADP1 MPIb SYA1 VPS13 ZWF1b ST
1 1 1 1 1 1 1 1 1
2 2 2 2 2 2 2 2 2
3 3 3 3 3 3 3 3 3
4 4 4 4 4 4 4 4 4
5 5 5 2 2 2 5 5 5
6 5 3 5 2 2 6 2 6
7 6 3 6 3 5 7 6 7
8 7 3 7 1 6 8 7 8
9 2 5 2 2 2 9 5 9
10 8 6 8 4 7 10 8 10
11 9 7 6 1 8 11 9 11
12 10 7 9 5 9 12 10 12
13 11 8 6 4 10 13 8 13
14 12 9 10 3 11 14 3 14
15 13 10 11 6 7 15 9 15
16 7 3 3 4 3 16 11 16
17 13 10 10 6 7 17 12 17
18 13 6 12 4 12 18 13 18
19 4 7 13 7 13 19 14 19
20 2 2 5 2 2 20 5 20
21 2 5 6 2 2 21 5 21
22 13 7 14 6 7 22 15 22
23 13 10 15 6 7 23 15 23
24 2 5 5 2 2 24 5 24
25 2 5 5 2 2 24 16 25
26 14 3 6 8 7 3 8 26
27 8 3 6 4 10 3 8 27
28 8 3 6 4 7 3 17 28
29 2 5 5 2 2 5 2 29
30 2 2 5 9 2 5 5 30
31 5 2 2 10 2 6 5 31
32 8 5 5 2 2 6 2 32
33 13 10 15 6 7 17 9 33
34 15 7 13 7 13 19 14 34
35 4 7 16 11 13 19 14 35
36 13 3 4 6 10 20 18 36
37 2 5 5 2 2 21 5 37
38 2 5 5 2 2 21 19 38
39 2 5 2 2 2 25 12 39
40 2 5 5 2 14 20 5 40
41 4 7 17 4 15 26 20 41
42 2 3 2 2 2 25 21 42
43 2 2 5 12 2 27 5 43
44 8 2 5 12 2 28 5 44
45 13 11 15 6 16 29 15 45
46 16 12 18 13 17 30 22 46
47 8 3 5 9 2 24 5 47
48 17 3 19 14 18 30 23 48
49 2 5 5 4 2 6 20 49
50 5 5 5 9 2 31 2 50
51 13 10 20 15 19 32 24 51
52 2 3 5 9 2 24 5 52
53 18 5 21 16 20 33 12 53
54 8 2 2 16 2 34 5 54
55 19 5 6 17 21 35 12 55
56 13 13 14 6 7 32 15 56
57 8 13 8 4 7 10 8 57
58 20 14 6 2 22 36 20 58
59 2 5 2 2 2 6 5 59
60 2 2 5 2 2 24 5 60
61 13 7 15 2 23 37 15 61
62 4 5 5 2 2 20 5 62
63 2 5 5 2 2 6 25 63
64 20 3 22 9 24 30 26 64
65 2 15 5 2 2 6 5 65
66 2 3 5 2 2 6 5 66
67 4 4 6 4 4 4 4 67
68 21 2 6 18 4 38 27 68
69 2 5 5 2 2 6 5 69
70 3 5 6 2 2 27 28 70
71 22 3 3 3 3 39 13 71
72 23 3 22 3 3 40 13 72
73 2 3 2 2 2 6 5 73
74 13 10 15 6 7 32 29 74
75 2 5 2 2 4 6 5 75
76 8 5 2 9 2 6 30 76
77 4 4 23 2 25 41 31 77
78 2 5 6 9 2 6 5 78
79 2 5 5 9 2 6 5 79
80 8 16 6 4 7 42 32 80
81 2 5 6 2 2 5 20 81
82 24 7 16 2 13 43 33 82
83 8 2 6 2 2 6 28 83
84 2 5 5 9 2 6 34 84
85 20 5 6 3 26 6 34 85
86 8 2 6 2 2 5 5 86
87 8 14 8 4 7 10 35 87
88 4 17 21 19 27 32 22 88
89 14 7 8 4 7 44 36 89
90 25 7 6 3 6 27 37 90
91 5 18 24 20 28 20 38 91
92 2 5 5 2 2 6 12 92
93 26 3 3 3 3 39 3 93
94 2 5 5 2 2 6 39 94
95 8 14 8 4 7 3 8 95
96 2 2 6 2 2 20 5 96
97 4 4 14 4 4 26 4 97
98 27 7 4 3 6 45 15 98
99 2 3 5 21 2 20 5 99
100 2 3 5 2 29 6 5 100
101 6 3 21 4 30 46 12 101
102 2 5 5 2 29 6 5 102
103 2 3 6 2 2 6 5 103
104 2 5 5 2 2 6 16 104
105 28 7 6 4 31 47 40 105
106 8 5 5 2 2 21 5 106
107 4 2 14 4 32 41 4 107
108 29 2 6 2 26 35 5 108
109 30 3 3 3 3 48 3 109
110 2 3 5 2 2 21 5 110
111 30 3 3 3 3 39 3 111
112 2 5 2 2 2 21 5 112
113 13 19 10 6 7 49 15 113
114 3 20 25 3 33 45 6 114
115 2 5 5 2 2 50 5 115
116 2 5 5 21 2 21 5 116
117 8 14 8 4 34 20 35 117
118 2 21 5 2 2 10 5 118
119 4 7 4 4 4 4 4 119
120 31 3 5 22 2 6 5 120
121 4 7 16 23 13 51 41 121
122 32 3 6 1 6 4 4 122
123 31 5 5 12 2 20 5 123
124 8 14 8 4 7 10 8 124
125 3 5 5 9 18 24 5 125
[ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 3474 rows ]`
Ok, would you mind to put the output in a file and send it to my email (find it on my github profile)?
dput(x, file = "bug.txt")The problem is fixed now. Thanks very much.
Hi @iferres, I'm also getting the same issue as above. Is there a way I can get your email address so that I can share the output file? Much appreciated and Thanks.