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日本神経学会主催 産官学教育研修会 「脳神経内科医のためのバイオインフォマティクス・ハンズオン 2021」

準備

Dockerを用いない場合

以下のツールをインストール。

  1. sra-tools (fastq files ダウンロード)
  2. Trim Galore! (トリミング)
  3. salmon (遺伝子発現定量)
  4. R (library tximport, tidyverseをインストール)
  5. STAR (アラインメントの確認用。定量には使用しない。)
  6. samtools (アラインメントの確認用。定量には使用しない。)

anacondaを用いた例

  1. anaconda 公式サイトより適切なインストーラーをダウンロードし、インストール。
  2. conda等を用いてツールをインストール。
conda install -c bioconda sra-tools -y
conda install -c bioconda trim-galore -y
conda install -c bioconda salmon==1.6.0 -y
conda install -c bioconda samtools -y
conda install -c bioconda star -y
# R
conda install -c conda-forge r-base bioconductor-tximport==1.22.0 -y

Rscript -e 'install.packages("tidyverse", dependencies=TRUE, repos = "https://cran.ism.ac.jp/")'

Dockerを用いる場合

Docker 公式サイトを参照の上、Dockerをインストールしてください。

clone

git clone https://github.com/yyoshiaki/2022_shinkei_handson.git

run all scripts

bash scripts.sh

ikra

上記の結果はikraを用いて再現できる

# install docker
git clone https://github.com/yyoshiaki/ikra.git
ikra/ikra.sh design.csv human --protein-coding --threads 4 --align star --gencode 37

Citation : Hiraoka Yu, Yamada Kohki, Ryuichiro Yamsasaki, YusukeKawasaki, Kitabatake Ryoko, Matsumoto Yasunari, Ishikawa Kaito, Umezu Yuto, Hirose Haruka, & Yoshiaki Yasumizu. (2021). yyoshiaki/ikra: ikra v2.0.1 (v2.0.1). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.5541399

Dockerを用いた環境構築

Docker HubからPullの場合

docker pull yyasumizu/2022shinkeihandson:latest

Buildする場合

docker build -t 2022shinkeihandson:latest .

使用例 (現在のディレクトリをマウント)

  1. Docker HubからPullする場合
docker run --rm -it -v $PWD:/home --workdir /home yyasumizu/2022shinkeihandson:latest bash
  1. buildする場合
docker build -t 2022shinkeihandson:latest .
docker run --rm -it -v $PWD:/home --workdir /home 2022shinkeihandson:latest bash

Permission Errorが出る場合（主にlinuxを使用する場合）

ローカルからディレクトリのパーミッションを777に変更した後にdockerを起動

chmod 777 .
docker run --rm -it -v $PWD:/home --workdir /home yyasumizu/2022shinkeihandson:latest bash

下流解析

iDEPを紹介します。

Q&A

  1. anacondaがインストールできない : macOSをアップデート。10.13以降必須。もしくはM1 Macの場合dockerを使用する。
  2. fasterq-dumpが動かない場合 : vdb-config -i は実行済みか確認。
  3. WSLがうまく動かない : 公式サイトをよくご確認ください。特に、OSが前提条件を満たしているかなど慎重にご確認ください。
  4. conda installがコンフリクトする。 : conda createで新しく環境を作るか、各ツールの公式サイトのインストール手順を参照してください。
  5. Mac docker環境で処理が止まる。 : Dockerのリソースを確認、メモリへの割付を増加する。https://docs.docker.com/desktop/mac/#resources

おすすめの参考書籍

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