No file generated in the output folder

[recervictory]

I follow the steps given on the readme file. The program run perfectly but no file is generated in the output folder. I tried with the test file which you provide on the Github repo. also facing the same issues.

The ImGQfinder will generate quadruplets, quadruplexes, groups and ranges files.
Loading .\test\chr1_chunk1.fasta
This fasta file contains 1 sequences.
Processing chr1_chunk1:
Quadrupleting: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 199996/199996 [00:00<00:00, 320467.19it/s]
Qadruplexing: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 3310/3310 [00:00<00:00, 186343.45it/s]
Grouping: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 8/8 [00:00<?, ?it/s]
Converting to ranges: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 3/3 [00:00<?, ?it/s]
Postprocessing quadruplets: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 3310/3310 [00:00<00:00, 3354227.17it/s]
Postprocessing quadruplexes: 100%|████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<?, ?it/s]
Postprocessing groups: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 3/3 [00:00<?, ?it/s]
Saving tables:   0%|                                                                                                                                                                                                  | 0/1 [00:00<?, ?it/s]C:\Github\G4orce\algo\ImGQfinder\imgqfinder.py:583: VisibleDeprecationWarning: Creating an ndarray from ragged nested sequences (which is a list-or-tuple of lists-or-tuples-or ndarrays with different lengths or shapes) is deprecated. If you meant to do this, you must specify 'dtype=object' when creating the ndarray.
  data = np.array([(quadruplets_toprint, columns_set1, fasta_id, 'quadruplets.csv'),
Saving tables: 100%|██████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████████| 1/1 [00:00<00:00,  1.37it/s]
Finished

[recervictory]

The ImGQfinder will generate quadruplets, quadruplexes, groups and ranges files.
Loading chr1.fasta
This fasta file contains 1 sequences.
Processing chr1_chunk1:
Quadrupleting: 100%|████████████████████████████████████████████████████████| 199996/199996 [00:00<00:00, 331781.18it/s]
Qadruplexing: 100%|█████████████████████████████████████████████████████████████| 3310/3310 [00:00<00:00, 280632.01it/s]
Grouping: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████████████████| 8/8 [00:00<00:00, 172960.99it/s]
Converting to ranges: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████| 3/3 [00:00<00:00, 149796.57it/s]
Postprocessing quadruplets: 100%|██████████████████████████████████████████████| 3310/3310 [00:00<00:00, 2270714.14it/s]
Postprocessing quadruplexes: 100%|█████████████████████████████████████████████████████| 9/9 [00:00<00:00, 48333.85it/s]
Postprocessing groups: 100%|███████████████████████████████████████████████████████████| 3/3 [00:00<00:00, 24720.85it/s]
Saving tables:   0%|                                                                              | 0/1 [00:00<?, ?it/s]imgqfinder.py:586: VisibleDeprecationWarning: Creating an ndarray from ragged nested sequences (which is a list-or-tuple of lists-or-tuples-or ndarrays with different lengths or shapes) is deprecated. If you meant to do this, you must specify 'dtype=object' when creating the ndarray.
  (ranges, ['Fasta ID', 'Start', 'End'], fasta_id, 'ranges.bed')])[output_type]
Saving tables:   0%|                                                                              | 0/1 [00:00<?, ?it/s]
multiprocessing.pool.RemoteTraceback:
"""
Traceback (most recent call last):
  File "/home/recervictory/anaconda3/envs/imgqfinder_env/lib/python3.7/multiprocessing/pool.py", line 121, in worker
    result = (True, func(*args, **kwds))
  File "/home/recervictory/anaconda3/envs/imgqfinder_env/lib/python3.7/multiprocessing/pool.py", line 44, in mapstar
    return list(map(*args))
  File "imgqfinder.py", line 442, in save_tables_wrapper
    return self.save_tables(*args)
  File "imgqfinder.py", line 420, in save_tables
    with open('{}/{}_{}'.format(self.output_path, fasta_id, which_table), 'w') as f:
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/chr1_chunk1_quadruplets.csv'
"""

The above exception was the direct cause of the following exception:

Traceback (most recent call last):
  File "imgqfinder.py", line 646, in <module>
    main()
  File "imgqfinder.py", line 643, in main
    finder.run(print_sequences= not args.no_sequences, output_type = output_type)
  File "imgqfinder.py", line 587, in run
    pool.map(self.save_tables_wrapper, data)
  File "/home/recervictory/anaconda3/envs/imgqfinder_env/lib/python3.7/multiprocessing/pool.py", line 268, in map
    return self._map_async(func, iterable, mapstar, chunksize).get()
  File "/home/recervictory/anaconda3/envs/imgqfinder_env/lib/python3.7/multiprocessing/pool.py", line 657, in get
    raise self._value
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/chr1_chunk1_quadruplets.csv'

[PollyTikhonova]

Hello, According to your second comment you try to save file in a root folder - where the permission is denied
For the first comment, do you mind to send a code string which generated this output?

[recervictory]

Thanks, @PollyTikhonova, I find typo in the code, I am writing
python imgqfinder.py -i data.fasta -o test
The correct code format should be
python imgqfinder.py -i data.fasta -o test\

I am missing \ on the end of the line that creates all the problems, please change the readme file, so that others don't face the same issue.

Really Thanks.

[PollyTikhonova]

oh, thank you for finding this!