Error: all(file.exists(files)) is not TRUE
ykohki opened this issue · 1 comments
ykohki commented
+ [[ ! -f output.tsv ]]
+ docker run -u 501:20 --rm -v /Users/yamada/ikra/test/Illumina_SE:/home -e HOME=/home --workdir /home fjukstad/tximport Rscript tximport_R.R gencode.vM19.metadata.MGI.gz Illumina_SE_SRR.csv output.tsv
Parsed with column specification:
cols(
TXNAME = col_character(),
GENEID = col_character()
)
Error: all(file.exists(files)) is not TRUE
Execution halted
Illumina_SEのテストなのですが、最後のここでとまってしまいます。
調べたら、https://support.bioconductor.org/p/87545/
PATHの問題のようなので、自分の環境含め見直してみます。
また解決し次第共有します。